GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| BKM202 | BİYOKİMYA-I | Ders | 2 | 4 | 6,00 |
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Biyolojik bilimlerde büyük reformlar gerçekleşmektedir ve biyokimya bu gelişimlerin başında yer almaktadır. Biyokimya I dersi ile canlı materyalin yapı, organizasyon ve fonksiyonu hakkında moleküler düzeyde bilgi sağlamak temel hedeftir. Bu giriş dersinde; biyolojik bileşenlerin kimyası ve biyolojik fonksiyon ile ilişkilendirilmesi ve biyolojik enformasyon hakkında temel bilgilerin verilmesi amaçlanmıştır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof.Dr. Ali Kılınç
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Canlı sistemlerdeki Biyomoleküllerin temel bilgilerini kullanabilme becerisi |
| 2 | Biyomoleküllerin yapı, fonksiyon ve organizmal fonksiyonlarını anlayabilme |
| 3 | Farklı biyomolekülleri tanıyabilme ve yaşam için vazgeçilmez özelliklerini anlayabilme becerisi |
| 4 | Genetik bilgi depolanması, aktarımı ve gen ekpresyonunu regülasyonunu kavrayabilme |
| 5 | Biyolojik proseslerdeki reaksiyon mekanizmalarını anlayabilme |
Öğretim Sistemi
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Biyokimyaya giriş, biyolojik sistemlerde yapılanmalar, Biyomoleküllerin yapı ve fonksiyonları; Aminoasitler, peptidler, proteinler, enzim, koenzimler, nükleik asitler, biyokimyasal evrim, protein sentezi(DNA replikasyonu, trankripsiyon ve translasyon) protein katlanması ve post-translasyonel modifikasyonlar detaylı olarak anlatılmaktadır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyokimyaya giriş, sulu ortamlardaki zayıf etkileşimler, non-kovalent etkileşimler, biyolojik proseslerde suyun önemi, makroiyonların solüsyonlardaki etkileşimleri | ||
| 2 | Amino asitler; yapı/stereokimya, sınıflandırma ve yanzincirlerin özellikleri, esansiyal amino asitler, amino asitlerin iyonizasyonları ve izoelektrik nokta, amino asit reaksiyonları ve amino asit kompozisyon analizi | ||
| 3 | Peptidler: sınıflandırma, peptid bağı ve yapısı; stabilite ve peptid bağı oluşumu, rotasyonlar, konformasyonlar, peptidlerin poliampolit özelliği, Peptid N-, C- Terminal analizi: Sanger ve Edman Degredasyonu, Merrifield peptid sentezi, Biyoaktif Peptidler | ||
| 4 | Proteinler; fonksiyonel ve yapısal sınıflandırma, Protein yapısının organizasyonu, Primer Yapı: protein dizilerinin tabiatı, Sekonder yapı: heliksler, tabaka yapılar, β-Döngü, düzensiz sarmal yapılar, stabilite, karakteristik özellikler, Ramachandran eğrileri, süpersekonder yapı, protein motifleri ve domainleri | ||
| 5 | Tersiyer yapı:Tersiyer yapı oluşumunu etkileyen faktörler, Protein katlanmasının termodinamiği, Şaperonlar, Denaturasyon, Kuarternar yapı:multimerik yapılar, fibröz proteinlere örnekler; fibroin, keratin, kollogen, elastin, Protein izolasyon ve saflaştırmasına genel bakış | ||
| 6 | Protein fonksiyonu: Oksijen transportu ve depolanması; Hemoglobin/Miyoglobin, kooperativite ve allosteri, allosterik değişim modelleri, Allosterik davranışa diğer ligantların etkileri, Bohr etkisi, İmmunoglobulinler: Antijenler ve antikorlar, motor proteinler | ||
| 7 | Enzimler: Terminoloji, sınıflandırma ve genel özellikler, Katalizin prensipleri, enzim kataliz kinetiği ve kinetik parametreler, enzim inhibisyonu, enzim aktivitesinin düzenlenmesi, Enzim kataliz mekanizmaları, Ribozimler, Katalitik antikorlar, enzimlerin endüstriyel ve medikal uygulamaları | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | Koenzimler, vitaminler ve esansiyal metaller; Sınıflandırma, metabolit ve vitamin türevi koenzimlerin yapıları, enzim fonksiyonundaki rolleri, protein koenzimler, Esansiyal prekürsör olarak vitaminler, suda ve yağda çözünür vitaminler | ||
| 10 | Nükleik asitler: Nükleik asitlerin tabiatı, primer, sekonder ve tersiyer yapıları; baz eşleşmesi, ikili heliksler, dairesel DNA ve super sarmallar, Denaturasyon ve renaturasyon, DNA’nın erime noktası, Nükleik asit dizi analizinin prensipleri; Maxam-Gilbert ve Sanger Metodu | ||
| 11 | Nükleik asitlerin biyolojik fonksiyonları, Moleküler biyolojiye bakış, genetik bilginin depolanması, genom, merkezi dogma, terminology; recombinant DNA, PCR, Southern Blotlama, genetik varyasyonlar ve mutasyonların belirlenmesi | ||
| 12 | Protein Biyosentezi; Gen ekspresyonuna genel bakış, Replikasyon: semikonservatif replikasyon, replikasyon mekanizmaları,Telomerler ve telomerazlar, DNA hasarı ve tamiri, mutasyonlar, Transkripsiyon: genler ve operonlar, trankripsyonun regülasyonu ve inhibisyonu, intron ve ekzonlar, RNA prosesleme: caping, yarılmalar, poliadenilasyon | ||
| 13 | Translasyon:genetik kod, kodon/antikodon etkileşimi, Wobble hipotezi ve baz çiftleri, aktivasyon, başlama, uzama ve sonlanma, protein sentezinin kontrolü, translasyon sonrası modifikasyonlar, proteolitik prosesleme, protein turnover ve protein degredasyon sistemleri | ||
| 14 | Rehberli Problem Çözme ve Tartışma | ||
| 15 | Rehberli Problem Çözme ve Tartışma | ||
| 16 |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Lehninger Principles of Biochemistry”, 5 th Edn. Palgrave Macmillan, (2008) Voet D., Fundamentals of Biochemistry: Life at the molecular Level.(2008) Horton R., Principles of Biochemistry, Prentis Hall (2005) Boyer R. Interactive Concepts in Biochemistry 2/e, Wiley (2008)
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 75 |
| Laboratuvar | 1 | 25 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Quiz | 10 | 1 | 10 |
| Derse Katılım | 14 | 4 | 56 |
| Laboratuvar | 13 | 3 | 39 |
| Rehberli Problem Çözümü | 6 | 2 | 12 |
| Takım/Grup Çalışması | 10 | 3 | 30 |
| Deney | 10 | 3 | 30 |
| Rapor Hazırlama | 8 | 1 | 8 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 189 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | ||||||||
| ÖÇ 2 | 5 | 5 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 4 | 4 | 4 | |||||
| ÖÇ 3 | 5 | 4 | 5 | 4 | 4 | 5 | 4 | 4 | |||||||
| ÖÇ 4 | 5 | 4 | 4 | 4 | 5 | 3 | 4 | 4 | 4 | 5 | 4 | ||||
| ÖÇ 5 | 5 | 4 | 5 | 4 | 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek