GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı


Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
BKM202 BİYOKİMYA-I Ders 2 4 6,00

Lisans


Türkçe


Biyolojik bilimlerde büyük reformlar gerçekleşmektedir ve biyokimya bu gelişimlerin başında yer almaktadır. Biyokimya I dersi ile canlı materyalin yapı, organizasyon ve fonksiyonu hakkında moleküler düzeyde bilgi sağlamak temel hedeftir. Bu giriş dersinde; biyolojik bileşenlerin kimyası ve biyolojik fonksiyon ile ilişkilendirilmesi ve biyolojik enformasyon hakkında temel bilgilerin verilmesi amaçlanmıştır.


Prof.Dr. Ali KILINÇ


1 Canlı sistemlerdeki Biyomoleküllerin temel bilgilerini kullanabilme becerisi
2 Biyomoleküllerin yapı, fonksiyon ve organizmal fonksiyonlarını anlayabilme
3 Farklı biyomolekülleri tanıyabilme ve yaşam için vazgeçilmez özelliklerini anlayabilme becerisi
4 Genetik bilgi depolanması, aktarımı ve gen ekpresyonunu regülasyonunu kavrayabilme
5 Biyolojik proseslerdeki reaksiyon mekanizmalarını anlayabilme

Birinci Öğretim


Yok


Yok


Biyokimyaya giriş, biyolojik sistemlerde yapılanmalar, Biyomoleküllerin yapı ve fonksiyonları; Aminoasitler, peptidler, proteinler, enzim, koenzimler, nükleik asitler, biyokimyasal evrim, protein sentezi(DNA replikasyonu, trankripsiyon ve translasyon) protein katlanması ve post-translasyonel modifikasyonlar detaylı olarak anlatılmaktadır.


Hafta Konular (Teorik) Öğretim Yöntem ve Teknikleri Ön Hazırlık
1 Biyokimyaya giriş, sulu ortamlardaki zayıf etkileşimler, non-kovalent etkileşimler, biyolojik proseslerde suyun önemi, makroiyonların solüsyonlardaki etkileşimleri
2 Amino asitler; yapı/stereokimya, sınıflandırma ve yanzincirlerin özellikleri, esansiyal amino asitler, amino asitlerin iyonizasyonları ve izoelektrik nokta, amino asit reaksiyonları ve amino asit kompozisyon analizi
3 Peptidler: sınıflandırma, peptid bağı ve yapısı; stabilite ve peptid bağı oluşumu, rotasyonlar, konformasyonlar, peptidlerin poliampolit özelliği, Peptid N-, C- Terminal analizi: Sanger ve Edman Degredasyonu, Merrifield peptid sentezi, Biyoaktif Peptidler
4 Proteinler; fonksiyonel ve yapısal sınıflandırma, Protein yapısının organizasyonu, Primer Yapı: protein dizilerinin tabiatı, Sekonder yapı: heliksler, tabaka yapılar, β-Döngü, düzensiz sarmal yapılar, stabilite, karakteristik özellikler, Ramachandran eğrileri, süpersekonder yapı, protein motifleri ve domainleri
5 Tersiyer yapı:Tersiyer yapı oluşumunu etkileyen faktörler, Protein katlanmasının termodinamiği, Şaperonlar, Denaturasyon, Kuarternar yapı:multimerik yapılar, fibröz proteinlere örnekler; fibroin, keratin, kollogen, elastin, Protein izolasyon ve saflaştırmasına genel bakış
6 Protein fonksiyonu: Oksijen transportu ve depolanması; Hemoglobin/Miyoglobin, kooperativite ve allosteri, allosterik değişim modelleri, Allosterik davranışa diğer ligantların etkileri, Bohr etkisi, İmmunoglobulinler: Antijenler ve antikorlar, motor proteinler
7 Enzimler: Terminoloji, sınıflandırma ve genel özellikler, Katalizin prensipleri, enzim kataliz kinetiği ve kinetik parametreler, enzim inhibisyonu, enzim aktivitesinin düzenlenmesi, Enzim kataliz mekanizmaları, Ribozimler, Katalitik antikorlar, enzimlerin endüstriyel ve medikal uygulamaları
8 Ara sınav
9 Koenzimler, vitaminler ve esansiyal metaller; Sınıflandırma, metabolit ve vitamin türevi koenzimlerin yapıları, enzim fonksiyonundaki rolleri, protein koenzimler, Esansiyal prekürsör olarak vitaminler, suda ve yağda çözünür vitaminler
10 Nükleik asitler: Nükleik asitlerin tabiatı, primer, sekonder ve tersiyer yapıları; baz eşleşmesi, ikili heliksler, dairesel DNA ve super sarmallar, Denaturasyon ve renaturasyon, DNA’nın erime noktası, Nükleik asit dizi analizinin prensipleri; Maxam-Gilbert ve Sanger Metodu
11 Nükleik asitlerin biyolojik fonksiyonları, Moleküler biyolojiye bakış, genetik bilginin depolanması, genom, merkezi dogma, terminology; recombinant DNA, PCR, Southern Blotlama, genetik varyasyonlar ve mutasyonların belirlenmesi
12 Protein Biyosentezi; Gen ekspresyonuna genel bakış, Replikasyon: semikonservatif replikasyon, replikasyon mekanizmaları,Telomerler ve telomerazlar, DNA hasarı ve tamiri, mutasyonlar, Transkripsiyon: genler ve operonlar, trankripsyonun regülasyonu ve inhibisyonu, intron ve ekzonlar, RNA prosesleme: caping, yarılmalar, poliadenilasyon
13 Translasyon:genetik kod, kodon/antikodon etkileşimi, Wobble hipotezi ve baz çiftleri, aktivasyon, başlama, uzama ve sonlanma, protein sentezinin kontrolü, translasyon sonrası modifikasyonlar, proteolitik prosesleme, protein turnover ve protein degredasyon sistemleri
14 Rehberli Problem Çözme ve Tartışma
15 Rehberli Problem Çözme ve Tartışma
16

Lehninger Principles of Biochemistry”, 5 th Edn. Palgrave Macmillan, (2008) Voet D., Fundamentals of Biochemistry: Life at the molecular Level.(2008) Horton R., Principles of Biochemistry, Prentis Hall (2005) Boyer R. Interactive Concepts in Biochemistry 2/e, Wiley (2008)



Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 75
Laboratuvar 1 25
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60

Yok


Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 2 2
Final Sınavı 1 2 2
Quiz 10 1 10
Derse Katılım 14 4 56
Laboratuvar 13 3 39
Rehberli Problem Çözümü 6 2 12
Takım/Grup Çalışması 10 3 30
Deney 10 3 30
Rapor Hazırlama 8 1 8
Toplam İş Yükü (saat) 189

PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7 PÇ 8 PÇ 9 PÇ 10 PÇ 11 PÇ 12 PÇ 13 PÇ 14 PÇ 15
ÖÇ 1 5 5 5 5 5 5 4
ÖÇ 2 5 5 4 4 4 5 5 4 4 4
ÖÇ 3 5 4 5 4 4 5 4 4
ÖÇ 4 5 4 4 4 5 3 4 4 4 5 4
ÖÇ 5 5 4 5 4 3
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek