GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı


Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
BKM403 INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS Seçmeli Ders Grubu 4 7 4,00

Lisans


İngilizce


Bu dersin ana hedefi Biyoinformatik becerilerin geliştirilmesinde Web sitelerinin tanımlanması ve biyoinformatik araçların kullanımı ile farklı organizmaların genomları arasındaki ilişkinin anlaşılabilmesi becerilerinin geliştirilmesidir.


Prof. Dr. Cenk SELÇUKİ


1 Biyoinformatiğin ve ilgili alanların temel prensiplerinin anlaşılması
2 Veritabanlarının öneminin ve özelliklerinin anlaşılması
3 Veritabanlarının nasıl oluşturulduğunun ve kullanıldığının kavranması
4 Biyomoleküllerin yapıları ile fonksiyonları arasındaki ilişkinin anlaşılması
5 Genom ile organizmaların biyolojik özellikleri arasındaki ilşkinin kavranması
6 Çağdaş sonuçları takip edebilme

Birinci Öğretim


Yok


Yok


Giriş, Bilgi ağları, Protein Bilgi kaynakları, Genom transformasyon kaynakları, DNA dizi analizi, Çiftli çakıştırma teknikleri, Çoklu dizi analizleri, Sekonder veri tabanı tarama, Dizi arama protokolü yapılandırılması, Analiz paketleri.


Hafta Konular (Teorik) Öğretim Yöntem ve Teknikleri Ön Hazırlık
1 Peptid ve Protein Yapılarının Modellenmesi ve Belirlenmesi-I (Enerji Modelleri)
2 Peptid ve Protein Yapılarının Modellenmesi ve Belirlenmesi-II (Karşılaştırmalı Modeller)
3 Genomik
4 Biyoinformatik-I
5 Biyoinformatik-II
6 Veritabanları-I
7 Veritabanları-II
8 Arasınav
9 Çoklu dizi analizi
10 Hidden Markov modelleri
11 Genom-I (Genom analizi)
12 Genom-II (Genom karşılaştırması ve ötesi)
13 Metabolik Ağlar
14 Moleküler Filogenetik-I (Moleküler Sistematiğin özellikleri ve varsayımları)
15 Moleküler Filogenetik-II (Yöntemler ve uygulamalar)
16 Final sınavı

M. A. Lesk, “Introduction to Bioinformatics”, 2nd edition, Oxford University Press, (2005) D. E. Krane, “Fundemental Concepts of Bioinformatics”, Benjamin Cummings Press, (2003) A. Polanski, M. Kimmel “Bioinformatics”, Springer, (2007) P. Clote, R. Backofen, “Computational Molecular Biology-An Introduction”, John Wiley ve Sons, (2002)


Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.


Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60

Yok


Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 2 2
Final Sınavı 1 2 2
Derse Katılım 14 2 28
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 10 10
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 10 10
Okuma 7 10 70
Toplam İş Yükü (saat) 122

PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7 PÇ 8 PÇ 9 PÇ 10 PÇ 11 PÇ 12 PÇ 13 PÇ 14 PÇ 15
ÖÇ 0 5 4
ÖÇ 1 5 5 3 5 5
ÖÇ 2 4 5
ÖÇ 3 5 5 4
ÖÇ 4 5 5 4
ÖÇ 5 5 5 5 5 5 4 5 5
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek