GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| BKM403 | INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS | Seçmeli Ders Grubu | 4 | 7 | 4,00 |
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
İngilizce
Dersin Amacı
Bu dersin ana hedefi Biyoinformatik becerilerin geliştirilmesinde Web sitelerinin tanımlanması ve biyoinformatik araçların kullanımı ile farklı organizmaların genomları arasındaki ilişkinin anlaşılabilmesi becerilerinin geliştirilmesidir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Cenk SELÇUKİ
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Biyoinformatiğin ve ilgili alanların temel prensiplerinin anlaşılması |
| 2 | Veritabanlarının öneminin ve özelliklerinin anlaşılması |
| 3 | Veritabanlarının nasıl oluşturulduğunun ve kullanıldığının kavranması |
| 4 | Biyomoleküllerin yapıları ile fonksiyonları arasındaki ilişkinin anlaşılması |
| 5 | Genom ile organizmaların biyolojik özellikleri arasındaki ilşkinin kavranması |
| 6 | Çağdaş sonuçları takip edebilme |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Giriş, Bilgi ağları, Protein Bilgi kaynakları, Genom transformasyon kaynakları, DNA dizi analizi, Çiftli çakıştırma teknikleri, Çoklu dizi analizleri, Sekonder veri tabanı tarama, Dizi arama protokolü yapılandırılması, Analiz paketleri.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Peptid ve Protein Yapılarının Modellenmesi ve Belirlenmesi-I (Enerji Modelleri) | ||
| 2 | Peptid ve Protein Yapılarının Modellenmesi ve Belirlenmesi-II (Karşılaştırmalı Modeller) | ||
| 3 | Genomik | ||
| 4 | Biyoinformatik-I | ||
| 5 | Biyoinformatik-II | ||
| 6 | Veritabanları-I | ||
| 7 | Veritabanları-II | ||
| 8 | Arasınav | ||
| 9 | Çoklu dizi analizi | ||
| 10 | Hidden Markov modelleri | ||
| 11 | Genom-I (Genom analizi) | ||
| 12 | Genom-II (Genom karşılaştırması ve ötesi) | ||
| 13 | Metabolik Ağlar | ||
| 14 | Moleküler Filogenetik-I (Moleküler Sistematiğin özellikleri ve varsayımları) | ||
| 15 | Moleküler Filogenetik-II (Yöntemler ve uygulamalar) | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
M. A. Lesk, “Introduction to Bioinformatics”, 2nd edition, Oxford University Press, (2005) D. E. Krane, “Fundemental Concepts of Bioinformatics”, Benjamin Cummings Press, (2003) A. Polanski, M. Kimmel “Bioinformatics”, Springer, (2007) P. Clote, R. Backofen, “Computational Molecular Biology-An Introduction”, John Wiley ve Sons, (2002)
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 2 | 28 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 10 | 10 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 10 | 10 |
| Okuma | 7 | 10 | 70 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 122 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | |
| ÖÇ 0 | 5 | 4 | |||||||||||||
| ÖÇ 1 | 5 | 5 | 3 | 5 | 5 | ||||||||||
| ÖÇ 2 | 4 | 5 | |||||||||||||
| ÖÇ 3 | 5 | 5 | 4 | ||||||||||||
| ÖÇ 4 | 5 | 5 | 4 | ||||||||||||
| ÖÇ 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek