GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı


Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
BKM414 COMPUTATIONAL BIOCHEMISTRY Seçmeli Ders Grubu 4 8 4,00

Lisans


İngilizce


Bu dersin ana hedefi biyokimya bilgi ve becerilerin geliştirilmesinde Web sitelerinin tanımlanması, moleküler modelleme ve biyoinformatik araçların kullanımı ile farklı organizmaların genomları arasındaki ilişkinin anlaşılabilmesi becerilerinin geliştirilmesidir.


Prof. Dr. Cenk SELÇUKİ


1 Hesapsal Biyokimya ve ilgili alanların temel prensiplerinin anlaşılması
2 Veritabanlarının öneminin ve özelliklerinin anlaşılması
3 Veritabanlarının öneminin ve özelliklerinin anlaşılması
4 Biyomoleküllerin yapıları ile fonksiyonları arasındaki ilişkinin anlaşılması
5 Genom ile organizmaların biyolojik özellikleri arasındaki ilşkinin kavranması
6 Çağdaş sonuçları takip edebilme


Yok


Yok


Giriş, Bilgi ağları, Protein Bilgi kaynakları, Genom transformasyon kaynakları, DNA dizi analizi, Çiftli çakıştırma teknikleri, Çoklu dizi analizleri, Sekonder veri tabanı tarama, Dizi arama protokolü yapılandırılması, Analiz paketleri, Moleküler modelleme teknikleri.


Hafta Konular (Teorik) Öğretim Yöntem ve Teknikleri Ön Hazırlık
1 Biyokimyasal Veri: Analiz ve Yönetim
2 Biyokimyasal Araştırma: İnternet Kaynakları
3 Moleküler Görüntüleme Teknikleri
4 Biyokimyasal Bileşikler: Yapı ve Analiz
5 Dinamik Biyokimya: Biyokimyasal Etkileşimler
6 Dinamik Biyokimya: Enzim Kinetiği
7 Dinamik Biyokimya: Metabolik Simulasyon
8 Arasınav
9 Genomik: Nükleotid Dizileri ve Rekombinant DNA
10 Genomik: Gen Tanımlama
11 Proteomik: Protein Dizi Analizi
12 Proteomik: Protein Yapı Tahmini
13 Moleküler Modelleme: Moleküler Mekanik
14 Moleküler Modelleme: Protein Modellemesi
15 Moleküler Modelleme: Kuantum Mekaniği
16 Final sınavı

C. Stan Tsai, “An Introduction to Computational Biochemistry”, Wiley-Liss, John Wiley ve Sons, (2002)


Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.


Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60

Yok


Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 2 2
Final Sınavı 1 2 2
Derse Katılım 14 2 28
Bireysel Çalışma 5 3 15
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 20 20
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 40 40
Okuma 1 10 10
Toplam İş Yükü (saat) 117

PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7 PÇ 8 PÇ 9 PÇ 10 PÇ 11 PÇ 12 PÇ 13 PÇ 14 PÇ 15
ÖÇ 1 5 5 5 5 3 5 5 3 4 4
ÖÇ 2 5 5 4 5 3 3 3 4 4 5 5
ÖÇ 3 4 3 5 5 5 3 3 4 4
ÖÇ 4 5 5 5 5 5 5 5 4 4 4
ÖÇ 5 5 5 5 5 5 5 5 4 4 4 4
ÖÇ 6 5 4 4 4 5 5 5 5 5 5 4 5 5
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek