GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı


Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
BKM2311 MAKROMOLEKÜLERDE YAPISAL ANAZLİZLER Seçmeli Ders Grubu 3 5 4,00

Lisans


Türkçe


Günümüzde en önemli bilimsel çalışma alanlarından bir tanesi de biyomoleküllerin yapı analizleridir. Biyolojik diziler hakkında bulunan detaylı bilgiler elde edildikçe veri tabanlarında toplanmaktadırlar. Dersin amacı, bu alanda özellikle protein ve nükleik asit dizi analizine ilişkin temel prensip ve yöntemlerin verilmesi ve özellikle genomik ve proteomik alanında çalışacaklarda temel bilgilerin oluşturulması hedeflenmiştir.


Prof. Dr. Figen ZİHNİOĞLU


1 Biyomoleküllerin genel özellikleri bilgilerini yapı tayini için kullanabilme becerisi
2 Temel biyokimya bilgilerini biyomoleküllerin yapılarının belirlenmesinde kullanabilme becerisi
3 Yapı, konformasyon, fiziksel özellikler ve biyolojik fonksiyon arasında bağlantı kurabilme
4 Biyomoleküllerin yapılarının belirlenmesi ve tahmini için gerekli çağdaş teknikleri ve komputasyonel araçları kullanma becerisi
5 Takım çalışması yapabilme ve güncel konular hakkında gelişmeleri izleyerek kendini geliştirebilme
6 Çağdaş sonuçları takip edebilme, değerlendirme ve yorumlayabilme

Birinci Öğretim


Yok


Yok


Biyomolekülerde primer yapı tayinine ilişkin yöntemler; protein ve nükleik asit dizi analizleri, konjuge proteinlerde yapı tayini( glikobiyolji; glikıprotein, lipoprotein vb.) sekonder ve tersiyer yapının tahmini ve tayininde kullanılan yöntemler, bilgisayar veri analiz sisteminin kullanımı ve veri tabanları, genom, proteom, glikom, vb. çalışmaları


Hafta Konular (Teorik) Öğretim Yöntem ve Teknikleri Ön Hazırlık
1 Protein dizi analizine giriş; protein primer yapısının genel özellikleri, protein yapılarında amino asit dizi analizinin rolü
2 Klasik protein kimyasal metodlar ile protein yapı analizi, doğal yapının bozundurulması, Amino acid analizleri; Peptid bağı hidrolizi,PITC, OPA, DABSYL-CI, DANSYL-CL, FMOC-Cl vb. ile pre- ve post- kolon türevlendirme,
3 Terminal amino asitlerin belirlenmesi, Proteinlerin kimyasal ve enzimatik metodlar ile fragmantasyonu,
4 Fragmanların ayrılması ve dizi analizi; Edman Degradasyonu, katı-faz ve kütle spektrometrik dizi analizleri
5 Çakışan dizilerin bulunması ve total dizi analizi, veri tabanı tarama, translasyon sonrası modifikasyonlar ve biyolojik rolleri
6 Proteinlerin üç boyutlu yapılarının belirlenmesi: Deneysel Yöntemler; X-ışınları kristalografisi, NMR, CD ve diğer tekniklerin temel prensipleri ve uygulamaları
7 Üç boyutlu yapının tahmini: In-silico yöntemler: Biyoinformatik yaklaşım; SCOP, CATH terminolojisi, protein yapı modellemenin temelleri ve protein yapı-fonksiyon ilişkisi
8 Ara sınav
9 Nükleik asit dizi analizine giriş, Nükleik asitlerin izolasyonu, ökaryotik gen izolasyonu, in vivo ve in vitro amplifikasyon
10 DNA dizi analizi; Maxam-Gilbert Yöntemi (kimyasal parçalanma) ve Sanger Yöntemi (Dideoksi zincir sonlandırma) DNA mikroarrayler, karşılaştırmalı genom analizi
11 Genomik, proteomik ve Transkriptomik yaklaşım: teknoloji ve uygulamalar
12 Glikomik ve lipidomik yaklaşım: teknoloji ve uygulamalar
13 Sistem Biyolojisi: Entegrasyon ve karşılaştırma
14 Rehberli problem çözümü
15 Rehberli problem çözümü
16 Final sınavı

M. J. Bishop, C. J. Rawlings, Nucleic Acid and Protein Sequence Analysis; A Practical Approach, (D. Rickwood, B. D. Harmes Eds.), IRL Press, (1987) B. Wittmann-Liebold, J. Salnikow, V. Erdman(Eds.), Advanced Methods in Protein Microsequence Analysis, Springer Verlag, (1986) C.A.Graham, A.J.M. Hill, DNA Sequencing Protocols, 2nd Ed., Humana Press, (2001) Campbell a.M. and Heyer L.J., Discovering Genomics, proteomics and Bioinformatics, CSHL Pres,(2003) Lesk, A. M., Introduction to protein Architecture, Oxford University Press, (2001) Bernot A., Genome, Proteome and Proteome Analysis, Wiley Press, (2005) Miller, A. Taner J, Essentials of Chemical Biology, Structure and Dynamics of Biological Macromolecules, Wiley Press, (2009)


Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.


Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 60
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 40

Yok


Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 2 2
Final Sınavı 1 1 1
Derse Katılım 14 2 28
Rehberli Problem Çözümü 6 4 24
Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma 2 10 20
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 10 10
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 15 15
Okuma 5 4 20
Toplam İş Yükü (saat) 120

PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7 PÇ 8 PÇ 9 PÇ 10 PÇ 11 PÇ 12 PÇ 13 PÇ 14 PÇ 15
ÖÇ 1 5
ÖÇ 2 5
ÖÇ 3 5 4
ÖÇ 4 5
ÖÇ 5 5 5
ÖÇ 6 5
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek