GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| BKM2311 | MAKROMOLEKÜLERDE YAPISAL ANAZLİZLER | Seçmeli Ders Grubu | 3 | 5 | 4,00 |
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Günümüzde en önemli bilimsel çalışma alanlarından bir tanesi de biyomoleküllerin yapı analizleridir. Biyolojik diziler hakkında bulunan detaylı bilgiler elde edildikçe veri tabanlarında toplanmaktadırlar. Dersin amacı, bu alanda özellikle protein ve nükleik asit dizi analizine ilişkin temel prensip ve yöntemlerin verilmesi ve özellikle genomik ve proteomik alanında çalışacaklarda temel bilgilerin oluşturulması hedeflenmiştir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Figen ZİHNİOĞLU
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Biyomoleküllerin genel özellikleri bilgilerini yapı tayini için kullanabilme becerisi |
| 2 | Temel biyokimya bilgilerini biyomoleküllerin yapılarının belirlenmesinde kullanabilme becerisi |
| 3 | Yapı, konformasyon, fiziksel özellikler ve biyolojik fonksiyon arasında bağlantı kurabilme |
| 4 | Biyomoleküllerin yapılarının belirlenmesi ve tahmini için gerekli çağdaş teknikleri ve komputasyonel araçları kullanma becerisi |
| 5 | Takım çalışması yapabilme ve güncel konular hakkında gelişmeleri izleyerek kendini geliştirebilme |
| 6 | Çağdaş sonuçları takip edebilme, değerlendirme ve yorumlayabilme |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Biyomolekülerde primer yapı tayinine ilişkin yöntemler; protein ve nükleik asit dizi analizleri, konjuge proteinlerde yapı tayini( glikobiyolji; glikıprotein, lipoprotein vb.) sekonder ve tersiyer yapının tahmini ve tayininde kullanılan yöntemler, bilgisayar veri analiz sisteminin kullanımı ve veri tabanları, genom, proteom, glikom, vb. çalışmaları
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Protein dizi analizine giriş; protein primer yapısının genel özellikleri, protein yapılarında amino asit dizi analizinin rolü | ||
| 2 | Klasik protein kimyasal metodlar ile protein yapı analizi, doğal yapının bozundurulması, Amino acid analizleri; Peptid bağı hidrolizi,PITC, OPA, DABSYL-CI, DANSYL-CL, FMOC-Cl vb. ile pre- ve post- kolon türevlendirme, | ||
| 3 | Terminal amino asitlerin belirlenmesi, Proteinlerin kimyasal ve enzimatik metodlar ile fragmantasyonu, | ||
| 4 | Fragmanların ayrılması ve dizi analizi; Edman Degradasyonu, katı-faz ve kütle spektrometrik dizi analizleri | ||
| 5 | Çakışan dizilerin bulunması ve total dizi analizi, veri tabanı tarama, translasyon sonrası modifikasyonlar ve biyolojik rolleri | ||
| 6 | Proteinlerin üç boyutlu yapılarının belirlenmesi: Deneysel Yöntemler; X-ışınları kristalografisi, NMR, CD ve diğer tekniklerin temel prensipleri ve uygulamaları | ||
| 7 | Üç boyutlu yapının tahmini: In-silico yöntemler: Biyoinformatik yaklaşım; SCOP, CATH terminolojisi, protein yapı modellemenin temelleri ve protein yapı-fonksiyon ilişkisi | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | Nükleik asit dizi analizine giriş, Nükleik asitlerin izolasyonu, ökaryotik gen izolasyonu, in vivo ve in vitro amplifikasyon | ||
| 10 | DNA dizi analizi; Maxam-Gilbert Yöntemi (kimyasal parçalanma) ve Sanger Yöntemi (Dideoksi zincir sonlandırma) DNA mikroarrayler, karşılaştırmalı genom analizi | ||
| 11 | Genomik, proteomik ve Transkriptomik yaklaşım: teknoloji ve uygulamalar | ||
| 12 | Glikomik ve lipidomik yaklaşım: teknoloji ve uygulamalar | ||
| 13 | Sistem Biyolojisi: Entegrasyon ve karşılaştırma | ||
| 14 | Rehberli problem çözümü | ||
| 15 | Rehberli problem çözümü | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
M. J. Bishop, C. J. Rawlings, Nucleic Acid and Protein Sequence Analysis; A Practical Approach, (D. Rickwood, B. D. Harmes Eds.), IRL Press, (1987) B. Wittmann-Liebold, J. Salnikow, V. Erdman(Eds.), Advanced Methods in Protein Microsequence Analysis, Springer Verlag, (1986) C.A.Graham, A.J.M. Hill, DNA Sequencing Protocols, 2nd Ed., Humana Press, (2001) Campbell a.M. and Heyer L.J., Discovering Genomics, proteomics and Bioinformatics, CSHL Pres,(2003) Lesk, A. M., Introduction to protein Architecture, Oxford University Press, (2001) Bernot A., Genome, Proteome and Proteome Analysis, Wiley Press, (2005) Miller, A. Taner J, Essentials of Chemical Biology, Structure and Dynamics of Biological Macromolecules, Wiley Press, (2009)
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 60 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 40 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 14 | 2 | 28 |
| Rehberli Problem Çözümü | 6 | 4 | 24 |
| Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma | 2 | 10 | 20 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 10 | 10 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 15 | 15 |
| Okuma | 5 | 4 | 20 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 120 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | |
| ÖÇ 1 | 5 | ||||||||||||||
| ÖÇ 2 | 5 | ||||||||||||||
| ÖÇ 3 | 5 | 4 | |||||||||||||
| ÖÇ 4 | 5 | ||||||||||||||
| ÖÇ 5 | 5 | 5 | |||||||||||||
| ÖÇ 6 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek