GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| BİYB315 | BİYOLOJİDE LABORATUAR TEKNİKLERİ | Seçmeli Ders Grubu | 3 | 5 | 3,00 |
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu dersin amacı Moleküler Biyoloji ve Genetik opsiyonu öğrencilerinin; biyolojinin kapsadığı temel laboratuvar tekniklerini öğrenmesini ve uygulayabilmesini sağlamaktır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Remziye DEVECİ
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Temel laboratuvar aletlerini tanıma, Sterilizasyon ve Dezenfeksiyon yöntemlerini öğrenebilme ve uygulayabilme |
| 2 | Laboratuvarlarda kullanılan temel çözeltileri hazırlamayı öğrenme ve çözelti hazırlamada gerekli çeşitli kavramları öğrenebilme, gerekli hesaplamaları yapabilme |
| 3 | Mikroskopi çeşitleri ve temel yapıları ile mikroskopların çalışma prensiplerini ve örnek hazırlama tekniklerini öğrenebilme ve uygulayabilme |
| 4 | Biyolojide materyal hazırlama tekniklerini farklı materyaller ve farklı yöntemlerle karşılaştırmalı olarak öğrenebilme ve uygulayabilme |
| 5 | Kromatografi türleri ve çalışma prensipleri ile kullanım alanlarını öğrenme ve uygulayabilme |
| 6 | Spektroskopi türleri ve çalışma prensipleri ile kullanım alanlarını öğrenme ve uygulayabilme |
| 7 | Elektroforez türleri ve çalışma prensipleri ile kullanım alanlarını öğrenme ve uygulayabilme |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Temel laboratuar aletleri, Sterilizasyon ve Dezenfeksiyon; Temel çözeltiler ve hesaplama yöntemleri; Mikroskopi çeşitleri, temel yapıları, çalışma prensipleri, mikroskopide örnek hazırlama teknikleri; Biyolojide materyal hazırlama teknikleri; Kromatografi türleri, çalışma prensipleri ve kullanım alanları; Spektroskopi türleri, çalışma prensipleri ve kullanım alanları; Elektroforez türleri, çalışma prensipleri ve kullanım alanları.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Laboratuvar | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|---|
| 1 | STERİLİZASYON ve DEZENFEKSİYON I 1. Sterilizasyon -Sterilizasyon nedir -Sterilizasyonun amacı -Sterilizasyon Yöntemleri a.Yüksek ısı ile sterilizasyon b. Süzme ile sterilizasyon c. Kimyasal maddelerle sterilizasyon d. Işınlarla sterilizasyon | |||
| 2 | STERİLİZASYON DEZENFEKSİYON II 2. Dezenfeksiyon -Dezenfeksiyon nedir -Dezenfeksiyonun amacı -Dezenfeksiyon Yöntemleri a. Fiziksel yöntemlerle yapılan dezenfeksiyon b. Kimyasal yöntemlerle yapılan dezenfeksiyon -Dezenfektanların sınıflandırılması -Dezenfektanların kimyasal özellikleri a. Anorganik bileşikler b. Organik bileşikler -Dezenfeksiyon ve Antisepsiyi Etkileyen Faktörler -Farklı Dezenfeksiyon Düzeylerinin Mikroorganizmalar Üzerine Etkinlikleri -İdeal Bir Antiseptikte Bulunması Gereken Özellikler | |||
| 3 | TEMEL ÇÖZELTİLER, ÇÖZELTİLERİN HAZIRLANMASI VE HESAPLAMALAR -Derişim (Concentration) -Molarite (Molarity) -Molalite (Molality) -Eşdeğer gram (gram equivalent) -Tesir değerliği (TD) -Molarite-Normalite İlişkisi -Ppt (Parts Per Thousand) -Ppm (Parts Per Million) -pH ve pH ölçümleri -Tampon çözeltiler -Tampon Çözeltilerin pH Değerinin Hesaplanması -Tampon Çözeltilerin Özellikleri -Sık Kullanılan Çözeltiler | |||
| 4 | MİKROSKOPİ I -Büyüterek inceleme aygıtlarının sınıflandırılması -Işık Mikroskoplarının özellikleri Rezolüsyon (çözünürlük) nedir, nasıl hesaplanır Rezolüsyon (Çözünürlük) ve büyütmeyi sınırlayan faktörler -Işık Mikroskobu Çeşitleri: a. Aydınlık alan mikroskobu Çalışma prensibi Aydınlık alan mikroskobunun bölümleri Işık Mikroskobu İçin Preparasyon Yöntemleri b. Karanlık alan mikroskobu Çalışma prensibi Kullanım alanları c. Faz-Kontrast mikroskop Çalışma prensibi Kullanım alanları Interferans (girişim) özelliği nedir d. Diferansiyel interferans kontrast Çalışma prensibi Kullanım alanları Difraksiyon özelliği nedir e. Polarizasyon mikroskobu Çalışma prensibi Kullanım alanları Polarizasyon özelliği nedir Çift Kırılma Gösteren Maddeler f. Floresan mikroskop Çalışma prensibi Kullanım alanları Floresansı indükleme özelliği | |||
| 5 | MİKROSKOPİ II Elektron Mikroskoplarının Tipleri ve Çalışma Prensipleri Kullanım alanları Tarihçe Elektron Mikroskobunun Işık Mikroskobundan Farkları: 1. Scanning (taramalı) Elektron Mikroskobu (SEM) SEM çalışma prensibi SEM Bölümleri SEM için örnek hazırlama Teknikleri | |||
| 6 | MİKROSKOPİ III 2. Transmisyon (geçirimli) Elektron Mikroskobu (TEM) TEM çalışma prensibi TEM Bölümleri TEM için örnek hazırlama Teknikleri | |||
| 7 | MİKROSKOPİ IV Karma Tür Mikroskoplar a. Konfokal Mikroskop Konfokal mikroskobun temel yapıları Dokunun hazırlanması Uygulama Alanları Avantaj ve Dezavantajları b. Multifoton Mikroskop c. Atomik Force Microscope (AFM) (Atomik Kuvvet Mikroskobu) Genel Bilgiler Çalışma prensibi d. Tarama-Tünelleme | |||
| 8 | ARASINAV | |||
| 9 | BİYOLOJİDE MATERYAL HAZIRLAMA Özütleme (ekstraksiyon) nedir Özütleme (ekstraksiyon) basamakları: I. Parçalama (homojenizasyon) yöntemleri II. Ayırma (separasyon) yöntemleri III. Saflaştırma (pürifikasyon) yöntemleri | |||
| 10 | KROMATOGRAFİ I Tanımı Türleri I. Sıvı Kromatografi (LC) 1. Düz zemin kromatografi: a. Kağıt kromatografi b. İnce Tabaka Kromatografi (TLC) -TLC’ de sorbent seçimi -Plakaların görünür hale getirilmesi -Boyama teknikleri -TLC ile analizi yapılan bileşikler 2. Kolon kromatografi: a. Açık kolon kromatografi: -Jel Filtrasyon Kromatografi -İon exchange Kromatografi -Affinite Kromatografisi b. HPLC II. Gaz Kromatografi (GC) 1. Dolgu kolon 2. Kapiller kolon | |||
| 11 | KROMATOGRAFİ II Yüksek Basınçlı Sıvı Kromatografisi (High Pressure Liquid Chromatography-HPLC Niçin HPLC ? HPLC’ nin Özellikleri HPLC’ de Temel Parametreler HPLC’ de ayırım mekanizmaları HPLC’nin kullanım alanı HPLC’nin avantajları HPLC Sistemi Akış Diyagramı HPLC ekipmanları | |||
| 12 | SPEKTROSKOPİ I Elektromanyetik Işıma-Madde Etkileşmeleri: Spektroskopi çeşitleri: 1. Ultraviyole-Görünür Bölge (UV-VIS) Absorpsiyon Spektroskopisi: Özelliği Kullanım alanları Bölümleri Tek ışık yollu spektrofotometre Çift ışık yollu spektrofotometre Spektrofotometre nasıl kullanılır? Tercih edilen spektrofotometrik ölçüm cihazının özellikleri: Spektrofotometrelerin kalibrasyonu | |||
| 13 | SPEKTROSKOPİ II Spektroskopi çeşitleri (devam): 2. Floresans ve fosforesans spektroskopisi 3. Atomik absorpsiyon spektroskopisi 4. Atomik emisyon ve atomik floresans spektroskopisi 5. İnfrared spektroskopisi (IR) 6. Nükleer manyetik rezonans spektroskopisi (NMR) 7. Kütle spektrometrisi (MS) Kütle Spektometresinin Parçaları Kütle Spektrumu Nasıl Oluşur? Kütle Spektrumu Nedir? Kütle Spektrumu nasıl görünür? Elektronik İyonizasyon | |||
| 14 | ELEKTROFOREZ I -Temel Prensip ve Çalışma ilkesi -Elektroforez Çeşitleri: 1. Kağıt elektroforezi 2. Selüloz asetat 3. Tek boyutlu jel elektroforezi (Nişasta jel elektroforezi; Poliakrilamit jel elektroforezi-PAGE; Sodyum dodesil sülfat-Poliakrilamit jel elektroforezi-SDS-PAGE; Agar ve agaroz jel elektroforezi) | |||
| 15 | ELEKTROFOREZ II -Elektroforez Çeşitleri (devam): 4. Disk elektroforezi 5. İzoelektrik odaklama (IEF) 6. İki boyutlu jel elektroforezi 7. Kapiller elektroforez 8. Değişken alanlı (pulsed field) jel elektroforezi -Proteinlerin ve Nükleik Asitlerin Jel Üzerinde Görünür Hale Getirilmesi (Boyama İşlemi) | |||
| 16 | FİNAL SINAVI |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Altınışık, M., Laboratuvarda ölçümler ve analiz yöntemleri, spektrofotometri; Altınışık, M., Spektroskopik analiz yöntemleri; Arda, N., Ertan, H., 2004. Moleküler biyolojide kullanılan yöntemler: Genel bakış. “Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler”, genişletilmiş ikinci baskı, (editörler: Temizkan, G., Arda, N.). Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul. Bozzola, J.J., Russell, L.D., 1999. “Electron Microscopy, second edition”. Jones and Bartlett Publishers, Boston. Caner, N., Alevli atomik absorbsiyon spektrofotometresi (http://www.canerlertekstil.com/AASNAZIM.PPT#3) Davidson, M.W. and Abramowitz, M., 2002. Optical Microscopy. In, Encyclopedia of Imaging Science and Technology (ed. J.P. Hornak). Griffiths, G., 1993. “Fine Structure Immunocytochemistry”. Springer-verlag, Berlin Heidelberg. Öner, E., Enstürmantal Yöntemler - II Poyraz, Ö., Sterilizasyon, Dezenfeksiyon, Asepsi ve Antisepsi Prensipleri (http://cumhuriyet.dundar.dr.tr/Donem3/KomiteIHastaliklarinBiyolojikTemeleriI/Mikrop/sterilizasyon_prensipleri.ppt#18). Puralı, N., Profosyonel hücre görüntüleme teknikleri Hacettepe üniversitesi Reed, R., Holmes, D., Weyers, J,. Jones, A.,; Pratical skills in Biomolecular sciences; Temizkan, G., 2004. Moleküler biyolojide kullanılan yöntemler: Genel bakış. “Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler”, genişletilmiş ikinci baskı, (editörler: Temizkan, G., Arda, N.). Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul. Yıldırım, A., Bardakçı, F., Karataş, M., Tanyolaç, B.,. Moleküler Biyoloji; Yılmazer, S., Öztürk, M., Arı, Ş., Topal-Sarıkaya, A., 2004. Moleküler biyolojide kullanılan yöntemler: Genel bakış. “Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler”, genişletilmiş ikinci baskı, (editörler: Temizkan, G., Arda, N.). Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul. http://www.microscopyu.com/articles/optics/opticshome.html http://www.molbiol.ru http://www.chemguide.co.uk/physical/acidbaseeqia/buffers.html http://chimge.unil.ch/En/ph/1ph37.htm http://en.wikipedia.org/wiki/PH_indicator (pH Indicator List) http://www.microscopyu.com/articles/optics/components.html
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 75 |
| Laboratuvar Sınavı | 1 | 25 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 2 | 28 |
| Laboratuvar | 10 | 2 | 20 |
| Tartışma | 5 | 1 | 5 |
| Rapor Hazırlama | 3 | 1 | 3 |
| Rapor Sunma | 3 | 1 | 3 |
| Bireysel Çalışma | 5 | 1 | 5 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 4 | 4 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 5 | 5 |
| Okuma | 5 | 1 | 5 |
| Laboratuvar Ara Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Laboratuvar Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Deney Sonrası Quiz | 10 | 1 | 10 |
| Quiz için Bireysel Çalışma | 5 | 1 | 5 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 101 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 5 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| ÖÇ 2 | 1 | 1 | 5 | 2 | 2 | 2 | 2 | 1 | 1 |
| ÖÇ 3 | 1 | 1 | 2 | 5 | 5 | 5 | 5 | ||
| ÖÇ 4 | 1 | 1 | 2 | 5 | 2 | ||||
| ÖÇ 5 | 1 | 1 | 2 | 2 | 5 | ||||
| ÖÇ 6 | 1 | 1 | 2 | 2 | 2 | ||||
| ÖÇ 7 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek