GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| BİYT314 | PROKARYOTİK ÇEŞİTLİLİK-II | Seçmeli Ders Grubu | 3 | 6 | 3,00 |
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Mikroorganizmaların farklılığını inceleyebilmek için benzer organizmaları gruplandırmak ve bu grupları hierarşik bir düzen içinde organize etmek gerekmektedir. Taksonomi, biyolojik sınıflandırmanın bir bilim dalıdır. Bakteriyal taksonomi ribosomal RNA yapısı ve kromozom dizilerinin karşılaştırılması gibi moleküler teknikler kullanıldığında hızlı bir şekilde değişmektedir. Bu durum yeni filogenetik sınıflandırmalara ihtiyaç gösterir. Bergey’s Manuel of Systematic Bacteriology’ nin çeşitli volümlerinde bakteriler ve archaea 25 phylum içerecek şekilde filogenetik olarak organize edilmişlerdir. Bu dersin amacı, bu filumların özeliklerini (klinik yararlı ve çevresel özellikler) anlatmaktır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof.Dr. İhsan Yaşa
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Evrim süresince genotipik ve fenotipk yöntemler kullanılarak oluşturulan Bacteria ve Archaea Domainlerinin sistematik kategorilerinin anlaşılması ve bu bilgilerin hayata uyarlanması yetisinin kazanılması |
| 2 | Filogeni ile prokaryotik hücrelerin fizyolojisi ve üremelerinin bağlantısını kurabilme ve kategorize edebilme becerisinin kazanılması |
| 3 | Doğadaki organik ve inorganik bileşiklerin prokaryotik hücreler tarafından enerji kaynağı olarak kullanılması sonucunda doğal atıkların parçalanması bağlantısının kavranması ve hayata uyarlanması |
| 4 | Güneş enerjisinin prokaryotik hücreler tarafından kullanılması ile ışık enerjisinin kimyasal enerjiye dönüşüm sürecinin fotosentez açısından öneminin algılanması ve canlıların evrimi ile bağlantısının kurulması |
| 5 | Ektrem çevrelerde yaşayan Archeae üyelerinin doğaya ve insanlığa olan katkılarının algılanması |
| 6 | Prokaryotik hücrelerin temel mekanizmalarının bilinmesi ile evrim sürecinin ilişkisinin kavranabilmesi |
| 7 | Archeae Domaini üyelerinin biyoteknolojide yararlanma potansiyellerinin kavranabilemesi ve bu bilgilerin hayata uyarlanabilmesi |
| 8 | Eğitimi, endüstri, tarım, sağlık, kimya ve çevre ile ilgili teknolojilerde prokaryotik hücrelerden yararlanabilme gerçeğini kavranması ve uygulama aşamasına geçebilme yetisinin kazanılması |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Fototrofik Proteobacteria, Cyanobacteria, Heliobacteria, yeşil kükürt bakterileri, yeşil kükürtsüz bakteriler; kemolitotrofik ve metanotrofik Proteobacteria; Anaerobik Proteobacteria; aerobik ve fakültatif aerobik kemoorganotrofik Proteobacteria, morfolojik olarak alışılmamış Proteobacteria klasislerinin (α, β, γ,) ve Δ, ε Proteobacteria sınıflarının fizyolojileri, morfolojileri ve ekolojileri; Non-Proteobacteria grubu: Aquaficea ve Thermotogae phylumu üyeleri, Deinococcus-Thermus phylumu, Chlamidia phylumu, Planctomyces phylumu, Spirochaeta phylumu, Bacterioides phylumu ve özellikleri; Düşük G+C içerikli gram (+) bakteriler; Yüksek G+C içerikli gram (+) bakteriler; Cyanobacteria;; hipertermofilik bakteriler; Arkeal hücre çeperi ve membranları, genetiği, metabolizması, taksonomisi, Phylum: Crenarchaeota; Phylum: Euryarchaeota. Metanogenler, metanogenesis mekanizması. Halobacteria, fizyolojisi, bacteriorhodopsin ve ışık aracılı ATP sentezi mekanizması, ekstrem termofilik kükürt metabolize eden ve sülfat redükleyen Euryarchaeota üyeleri ve özellikleri. Ayrıca Kültüre Edilemeyen Bakteriler, Klinik Mikrobiyoloji , Antimikrobiyal Kemoterapi , Prokaryotlarda Direnç Mekanizmaları ve ESKAPE Türleri ve Mikrobiyal Genomlar ve Uygulamaları da işlenecektir.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Laboratuvar | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Bakteri ve Archae çeşitliliği: Bakterial ve Archael filumlar; Proteobacteria grubu : alfa ve beta proteobacteria (Rhizobiales, Ricketsia, Rhodobacterales, Burkholderiales,Nitromonasadales) | Laboratuvar güvenliği ve laboratuvarda uyulması gereken kurallar Saf kültür elde etme teknikleri: Aseptik teknikler, sterilizasyon teknikleri , çizgi ekim ve dökme plaka yöntemi | ||
| 2 | Proteobacteria grubu : Gama, Epsilon, Delta ve Zeta proteobacteria (Enterik bakteriler, Beggiota, Pseudomonas Camplylobacter, Myxococcus). | Kültürel sayım teknikleri, seri seyreltme yöntemi,Zenginleştirme yöntemi , EMS yöntemi | ||
| 3 | Firmicutes , Lactobacillales, Bacilllales ve Tenericutes phylum : Mycoplasma and Spiroplasma | Mikroskobik sayım teknikleri: Thoma lamı ve Breed yöntemi | ||
| 4 | Actinobacteria Phylum: Coryneform bacteria ve Actinobacteria gurubu:Propiyonik asit bakterileri, Mycobacterium ve Streptomyces | Anaerobik kültür Teknikleri | ||
| 5 | Cytophagales, Flavobacterales ve Sphingobacteriales ;Clamidiae ve Planctomyces grupları | Mikroorganizmalardaki enzimatik aktiviteler: Ekzo ve endoenzimler | ||
| 6 | Verrumicrobia grubu, Deinococcus-Thermus grubu Ekstremofillerler: Termofiller ve Asidofiller | Biyokimyasal testler | ||
| 7 | Hipertermofilik bakteriler : Termotoga ve Aquifex | Protein ve Aminoasit Metabolizması | ||
| 8 | Arasınav | Kükürt bakterileri: çeşitlilik ve izolasyon teknikleri | ||
| 9 | Halobakterilerin fizyolojisi, bakteriorhodopsin, rodopsin bazlı fototrofik aşırı termofilik S metabolizörü ve Euryarchaeota'nın sülfat indirgeyici üyeleri. | Kükürt bakterileri | ||
| 10 | Arkeal çeşitlilik: Arkeal hücre çeperi ve membranları, genetiği, metabolizması, taksonomisi, Phylum: Crenarchaeota; Phylum: Euryarchaeota. Metanogenler, metanogenesis mekanizması. | Enterik bakteriler: izolasyon ve biyokimyasal tanılama testleri | ||
| 11 | Kültüre Edilemeyen Bakteriler | Aktinomisetler izolasyon ve kültürel tanılama | ||
| 12 | Klinik Mikrobiyoloji | Lüminesent Bakteriler: isolation ve quorum sensing | ||
| 13 | Antimikrobiyal Kemoterapi | Ekstremofillerler: Termofiller ve Asidofiller | ||
| 14 | Prokaryotlarda Direnç Mekanizmaları ve ESKAPE Türleri | Ekstremofiller :Halofilik mikroorganizmalar | ||
| 15 | Mikrobiyal Genomlar Ve Uygulamaları | 1.Saf kültür saklama Yöntemleri: Gliserol stok ve liyofilizasyon | ||
| 16 | Final sınavı | 1. Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
•Willey, J.M., Sherwood, L.M. and Woolverton, C.J. Prescott, Harley, and Klein’s Microbiology, 7th Ed, Mc Graw Hill Higher Education, 2008. •Madigan, M.T., Martinko, J.M., Dunlap, P.V. and Clark, D. P., Biology of Microorganisms 12th Ed, Pearson. USA. 2009. •Brenner, D.J., Krieg, N.R and Staley, J.T., Bergey’s Manuel of Systematic Bacteriology, Volume 2: Proteobacteria Part B: Gammaproteobacteria, Springer, 2005. •Kim, B.H. and Gadd, G.M., Bacterial Physiology and Metabolism,1th Ed, Cambridge University Press, 2008. Withman, W.B., Parte, A.C., Bergey’s Manuel of Systematic Bacteriology, Volume 3: The Firmicutes, Springer, 2009
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 60 |
| Laboratuvar | 1 | 30 |
| Rapor Hazırlama | 1 | 10 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 6 | 6 |
| Final Sınavı | 1 | 6 | 6 |
| Rapor Hazırlama | 3 | 5 | 15 |
| Rapor Sunma | 4 | 5 | 20 |
| Makale Kritik Etme | 6 | 3 | 18 |
| Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma | 2 | 3 | 6 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 6 | 6 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 6 | 6 |
| Okuma | 6 | 2 | 12 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 95 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | |
| ÖÇ 1 | 4 | 5 | 5 | 5 | 2 | ||||
| ÖÇ 2 | 5 | 4 | 4 | 3 | 4 | 4 | 4 | ||
| ÖÇ 3 | 5 | 5 | 5 | 2 | |||||
| ÖÇ 4 | 3 | 2 | 5 | 3 | 4 | 4 | 4 | 3 | |
| ÖÇ 5 | 5 | 5 | 5 | 3 | |||||
| ÖÇ 6 | 2 | 5 | 4 | ||||||
| ÖÇ 7 | 5 | 2 | 5 | 5 | 3 | 4 | |||
| ÖÇ 8 | 5 | 4 | 2 | 3 | 4 | 4 | 5 | 4 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek