GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| BKM414 | COMPUTATIONAL BIOCHEMISTRY | Seçmeli Ders Grubu | 4 | 8 | 4,00 |
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
İngilizce
Dersin Amacı
Bu dersin ana hedefi biyokimya bilgi ve becerilerin geliştirilmesinde Web sitelerinin tanımlanması, moleküler modelleme ve biyoinformatik araçların kullanımı ile farklı organizmaların genomları arasındaki ilişkinin anlaşılabilmesi becerilerinin geliştirilmesidir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Cenk SELÇUKİ
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Hesapsal Biyokimya ve ilgili alanların temel prensiplerinin anlaşılması |
| 2 | Veritabanlarının öneminin ve özelliklerinin anlaşılması |
| 3 | Veritabanlarının nasıl oluşturulduğunun ve kullanıldığının kavranması |
| 4 | Biyomoleküllerin yapıları ile fonksiyonları arasındaki ilişkinin anlaşılması |
| 5 | Genom ile organizmaların biyolojik özellikleri arasındaki ilşkinin kavranması |
| 6 | Çağdaş sonuçları takip edebilme |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Giriş, Bilgi ağları, Protein Bilgi kaynakları, Genom transformasyon kaynakları, DNA dizi analizi, Çiftli çakıştırma teknikleri, Çoklu dizi analizleri, Sekonder veri tabanı tarama, Dizi arama protokolü yapılandırılması, Analiz paketleri, Moleküler modelleme teknikleri.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyokimyasal Veri: Analiz ve Yönetim | ||
| 2 | Biyokimyasal Araştırma: İnternet Kaynakları | ||
| 3 | Moleküler Görüntüleme Teknikleri | ||
| 4 | Biyokimyasal Bileşikler: Yapı ve Analiz | ||
| 5 | Dinamik Biyokimya: Biyokimyasal Etkileşimler | ||
| 6 | Dinamik Biyokimya: Enzim Kinetiği | ||
| 7 | Dinamik Biyokimya: Metabolik Simulasyon | ||
| 8 | Arasınav | ||
| 9 | Genomik: Nükleotid Dizileri ve Rekombinant DNA | ||
| 10 | Genomik: Gen Tanımlama | ||
| 11 | Proteomik: Protein Dizi Analizi | ||
| 12 | Proteomik: Protein Yapı Tahmini | ||
| 13 | Moleküler Modelleme: Moleküler Mekanik | ||
| 14 | Moleküler Modelleme: Protein Modellemesi | ||
| 15 | Moleküler Modelleme: Kuantum Mekaniği | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
C. Stan Tsai, “An Introduction to Computational Biochemistry”, Wiley-Liss, John Wiley ve Sons, (2002)
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 2 | 28 |
| Bireysel Çalışma | 5 | 3 | 15 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 40 | 40 |
| Okuma | 1 | 10 | 10 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 117 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 5 | 5 | 5 | 3 | 5 | 5 | 3 | 4 | 4 | |||||
| ÖÇ 2 | 5 | 5 | 4 | 5 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 5 | 5 | ||||
| ÖÇ 3 | 4 | 3 | 5 | 5 | 5 | 3 | 3 | 4 | 4 | ||||||
| ÖÇ 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 4 | 4 | |||||
| ÖÇ 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | ||||
| ÖÇ 6 | 5 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek