GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 509004912019 | MOLEKÜLER DİZAYN, MODELLEME VE İNFORMATİK | Seçmeli Ders Grubu | 4 | 7 | 3,00 |
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Biyomühendislik öğrencilerine Bilgisayar Destekli Moleküler Tasarım konusunda temel seviyede bilgiler vermek. Biyomühendislik öğrencilerinin konu ile ilgili literatürü anlama ve analiz edebilmesini sağlamak. Biyomühendislik öğrencilerinin temel seviyede bilgisayar destekli moleküler tasarımlar yapabilmelerini sağlamak.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Dr. Öğr. Üyesi İsmail Hakkı AKGÜN
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Organik molekül yapılarını bilir ve fonksiyonel grupları tanır. |
| 2 | Bilgisayar yardımı ile iki ve üç boyutlu kimyasal yapıların oluşturabilir. |
| 3 | Moleküller modelleme ve tasarım konusunda yapılacak çalışmalar için gerekli dosyaları oluşturabilir. |
| 4 | Temel seviyede moleküler modelleme işlemlerini gerçekleştirebilir |
| 5 | Moleküler modelleme ve tasarım konusundaki literatürü okuyup, yorumlayabilir. |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
[Yok]
Dersin İçeriği
Organik Moleküller ve Yapıları Organik Kimyada Fonksiyonel Gruplar Moleküler data türleri ve iki boyutlu molekül yapılarının oluşturulması Üç boyutlu yapı optimizasyonu ve kuvvet alanları Moleküler Benzerlik Sanal kütüphaneler Proteinlerin yapısı ve modelleme Ligand Bazlı modelleme Yapı Bazlı modelleme Docking Molecular mekanik ve dinamail Kemo/Biyoinformatik uygulamaları
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Organik Moleküller ve Yapıları Organik Kimyada Fonksiyonel Gruplar | ||
| 2 | Moleküler data türleri ve iki boyutlu molekül yapılarının oluşturulması | ||
| 3 | Üç boyutlu yapı optimizasyonu ve kuvvet alanlar | ||
| 4 | Moleküler Benzerlik | ||
| 5 | Sanal kütüphaneler | ||
| 6 | Proteinlerin yapısı ve modelleme | ||
| 7 | Ligand bazlı modelleme | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | Yapı bazlı modelleme | ||
| 10 | Docking | ||
| 11 | Moleküler mekanik ve dinamik | ||
| 12 | Kemo/Bioinformatik uygulamaları | ||
| 13 | Seçme konular ve bilgisayar uygulamalar | ||
| 14 | Seçme konular ve bilgisayarı uygulamalar | ||
| 15 | Seçme konular ve bilgisayarı uygulamalar | ||
| 16 | Final Sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
. Chemical Library Design Methods in Molecular Biology, J. Z. Zhou, 2011, Springer 2. Molecular Modelling Basic Principles and Application, H.-D. Höltje, 1997, VCH Publishing 3. Molecular Modelling for Beginners, A. Hinchliffe, 2008, Wiley-VCH. 4. Virtual Screening for Bioactive Molecules, H.-J. Böhm, 2000, Wiley-VCH. 5. ACS Database 6. Wikipedia 7. Elsevier Database 8. Wiley Database 9. Springer Database
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 60 |
| Seminer | 1 | 20 |
| Bireysel Çalışma | 1 | 20 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 2 | 28 |
| Proje Hazırlama | 10 | 2 | 20 |
| Seminer | 1 | 4 | 4 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 1 | 14 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 10 | 10 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 10 | 10 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 90 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | |
| ÖÇ 1 | 4 | ||||||||||
| ÖÇ 2 | 5 | 4 | |||||||||
| ÖÇ 3 | 5 | 4 | |||||||||
| ÖÇ 4 | 5 | 4 | |||||||||
| ÖÇ 5 | 5 | 4 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek