GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 509004962022 | SİSTEMLER VE SENTETİK BİYOLOJİ | Ders | 4 | 8 | 3,00 |
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Doğayı anlama veya yaşayan sistemlerin parçalarını veya bütününü sentetik olarak taklit edebilme yaklaşımlarının anlaşılması
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. E. Esin HAMEŞ, Dr. Pınar KOCABAŞ
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Sentetik biyoloji yaklaşımını ve biyolojik sistemlerin taklit edilmesi ve doğada olmayan şekilde yeniden oluşturulması çalışmalarını anlayabilme |
| 2 | Sentetik biyolojinin önemini kavrama |
| 3 | Biyolojik sistem ve parçacıklarının ilişkilerini matematiksel olarak modelleyebilme |
| 4 | Farklı modelleme türlerini öğrenebilme |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Haftalık ayrıntılı ders içeriği kısmında verilmiştir.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Sentetik biyoloji tanımı diğer bilim dalları ile benzerlik ve farkları, Sentetik biyolojiye giriş (önemli gelişmeler ve projeler) | ||
| 2 | Sentetik Biyoloji için Temel Bilgiler (modüler yapılar, mühendislik olarak sentetik biyoloji) | ||
| 3 | Sentetik Biyoloji için Temel Bilgiler (hücreler, küçük moleküller, makromoleküller, proteinler, aminoasitler, (nükleik asitler, aptamer, riboswitch, polisakkaritler, central dogma, protein sentezi, ribozimler) | ||
| 4 | Sentetik Biyoloji için Temel Bilgiler (genetik kod, metabolomun düzenlenmesi, gen ifadesinin protein kontrolü, lac operon, gen ifadesinin RNA ile kontrolü, RNAi, DNA paketlenme, epigenetik) | ||
| 5 | Sentetik biyoloji çalışmaları (yapay hücre inşası, yolak mühendisliği, büyüyen yeryüzü genetik sistemi) | ||
| 6 | Sentetik biyoloji çalışmaları (minimal mikrop yapımı, DNA montaj hattı) | ||
| 7 | Arasınav | ||
| 8 | Modellemenin temeli: Kimyasal kinetik (M-M denklemi ve Hill fonksyonu) | ||
| 9 | Modellemenin temeli: Deterministik modeller | ||
| 10 | Modellemenin temeli: Stokastik modeller | ||
| 11 | Modellemenin temeli: Uzaysal-zamansal modeller | ||
| 12 | Gen ekspresyonunda gürültü: köken, yayılma, sonuçlar ve kontrol | ||
| 13 | Genetik ağların sağlamlığı ve evrimleşebilirliği; genetik devre tasarımı | ||
| 14 | Biyolojik ağların yapısı | ||
| 15 | FINAL |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Benner, S.A., Sismour A.M. 2005. Synthetic biology Nature rewievs/genetics 6; 533. Szostak, JW, Bartel DP, Luisi PL. 2001. Synthesizing life. Nature vol 409 Isaacs, FJ, Dwyer, DJ, Collins JJ. 2006. RNA synthetic biology. Nature biotechnpology 24;5. Drubin,DA., Way, J.C.,Silver, P.A. 2007.Designing biological systems Genes Dev. 21:242-254. Extreme genetic engineering an introduction to synthetic biology, etc group 2007 Canton, B., Labno A., Endy, D. 2008. Refinement and standardization of synthetic biological parts and devices. Nature biotechnology 26;7 Singh, SP, Pandey, A, Du, G, & Kumar, S. (Eds.). (2018). Current developments in biotechnology and bioengineering: Synthetic biology, cell engineering and bioprocessing technologies. Elsevier. El Karoui, M, Hoyos-Flight, M, & Fletcher, L. (2019). Future trends in synthetic biology—a report. Frontiers in bioengineering and biotechnology, 175. Singh, V, & Dhar, PK. (Eds.). (2015). Systems and synthetic biology. Netherlands: Springer. Uri Alon. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits (Chapman & Hall/ CRC Mathematical and Computational Biology). 1st Edition. Markus W. Covert. Fundamentals of Systems Biology. Eberhard Voit. 2017. A First Course in Systems Biology. 2nd Edition.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 50 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 50 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 2 | 28 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Okuma | 1 | 18 | 18 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 90 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | |
| ÖÇ 1 | 5 | ||||||||||
| ÖÇ 2 | 5 | ||||||||||
| ÖÇ 3 | 4 | 4 | |||||||||
| ÖÇ 4 | 4 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek