GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı

Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
9101025232014 Aspergillus ve Penicillium Genuslarının Fenotipik ve Genotipik Yöntemler ile Tanılaması Seçmeli Ders Grubu 1 1 8,00

Dersin Seviyesi

Yüksek Lisans

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Dersin Amacı

Bu dersin amacı, öğrencilerin Aspergillus ve Penicillium Genuslarının sınıflandırılmasını öğrenmesini ,genusların tür düzeyinde tayin anahtarlarının kullanılmasını kavramasını , kültürel ve mikroskobik karekteristikleri, bu genusların tayininde kullanılan moleküler yöntemler hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamaktır.

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Prof.Dr.Alev Haliki Uztan Doç.Dr.Özlem Abacı Günyar

Öğrenme Çıktıları

1 Aspergilus ve Penicillium genuslarının sınıflandırılmasını ve temel kavramlarını öğrenebilme
2 Aspergillus ve Penicillium genuslarının kültür ortamları, kültür tipleri ve makroskobik ve mikroskobik karakteristiklerini öğrenebilme
3 Aspergillus ve Penicillium kültürlerinin saklanma yöntemlerini kavrayabilme
4 Aspergillus ve Penicillium türlerinin moleküler tayininde kullanılanacak yöntemler ve amaçlarını anlayabilme
5 Aspergillus ve Penicillium türlerinin moleküler tayini ile elde edilen sonuçların yorumlanması

Öğretim Sistemi

Birinci Öğretim

Dersin Ön Koşulu Olan Dersler

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

[Yok]

Dersin İçeriği

Aspergillus ve Penicillium Genuslarının sınıflandırılması, genus tanısı ve sinonimleri, Aspergillus ve Penicillium fenotipik olarak tayini ayrıntılı olarak verilecektir. Moleküler yöntemler ile tür düzeyinde tanısı amacıyla kullanılan materyaller, tayinde kullanılan yöntemler ayrıntıları ile verilecektir.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Konular (Teorik) Uygulama Öğretim Yöntem ve Teknikleri Ön Hazırlık
1 Aspergillus ve Penicillium genuslarının genel tanıtımı ve sinonimleri Aspergillus ve Penicillium genusunun yapısı hakkında genel bilgi aktarımı ve Aspergillus tanısında kullanılan besiyerlerinin özellikleri ve hazırlanması
2 Aspergillus ve Penicillium genuslarının kültür ortamları ve saklama yöntemleri Aspergillus ve Penicillium bilinmeyen türlerinin makroskobik ve mikroskobik olarak tür tayin anahtarlarına göre tanılanması
3 Penicillium genusunun kültürel ve morfolojik karakteristiklerinin incelenmesi Penicilliumun’un bilinmeyen türlerinin makroskobik ve mikroskobik olarak tür tayin anahtarlarına göre tanılanması
4 Penicillium genusunun mikroskobik karakteristiklerinin incelenmesi Penicillium genusunun yapısı hakkında genel bilgi aktarımı ve Penicillium tanısında kullanılan besiyerlerinin özellikleri ve hazırlanması
5 Aspergillus genusunun kültürel ve morfolojik karakteristiklerinin incelenmesi Aspergillus’un bilinmeyen türlerinin makroskobik ve mikroskobik olarak tür tayin anahtarlarına göre tanılanması
6 Aspergillus genusunun mikroskobik karakteristiklerinin incelenmesi Aspergillus’un bilinmeyen türlerinin makroskobik ve mikroskobik olarak tür tayin anahtarlarına göre tanılanması
7 Aspergillus ve Penicillium teleomorflarının incelenmesi Aspergiius ve Penicillium genuslarının teleomorflarının Tayini
8 Ara sınav
9 Aspergillus ve Penicillium genuslarının genetiği ve hedef genler Aspergillus ve Penicillium genuslarından tek spor izolasyonu ve kültürlerin saklama yöntemleri
10 Aspergillus ve Penicillium genuslarının tayininde kullanılan moleküler yöntemler ve temel kavramlar Fenotipik olarak tanılanan Aspergillus ve Penicilium türlerinden farklı yöntemler ile DNA izolasyonu
11 Aspergillus ve Penicillium genuslarının sekuens temelli identifikasyonu; Kültürden dizi analizine İzole edilen DNA örneklerinin kontrolü; agaroz jel elektroforezi hazırlığı ve DNA’ ın saflığının ve miktarının tayini
12 Aspergillus ve Penicillium genuslarının tayininde kullanılan moleküler yöntemler ile ilgili mevcut çalışmalar Aspergillus ve telemorflarının ITS ve Calmodulin amplifikasyonu
13 Elde edilen sonuçların yorumlanması ve Genom veri bankalarının kullanımı Penicilllium ve telemorflarının ITS ve β-Tubulin amplifikasyonu
14 Aspergillus ve Penicillium genuslarının moleküler yöntemler ile tiplendirilmesi sonucu elde edilen verilerin yorumlanması PCR ürünlerinin agaroz jel elektroforezi ile kontrolleri yapılacaktır ve ürünler dizi analizi için uygun bir merkeze gönderilecektir.
15 Aspergillus ve Penicillium genuslarının moleküler yöntemler ile tiplendirilmesi ile ilgili mevcut çalışmalar tartışılacaktır. Elde edilen diziler NCBI “National Center for Biotechnology Information”, (www.ncbi.nlm.nih.gov) gen bankasındaki verilerle BLAST programı üzerinden karşılaştırılarak filogenetik benzerlikleri incelenecektir. Her bir verinin MEGA v. 4. programındaki ClustalW kullanımı ile analizi yapılacaktır.
16 Laboratuvar Sınavı

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Dexter H. Howard, Pathogenic Fungi, in Humans and Animals, 2002, Marcel Dekker.Inc. David L. Brock, Infectious Fungi, 2006, Chelsea House, UK. P. Vidhyasekaran, Fungal Pathogenesis in Plants and Crops Molecular Biology and Host Defense Mechanisms, , 2008, CRC Press Taylor & Francis Group.

Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları

Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.

Değerlendirme

Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 90
Laboratuvar 1 10
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60

Staj Durumu

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 3 3
Final Sınavı 1 3 3
Derse Katılım 14 2 28
Uygulama/Pratik 3 6 18
Laboratuvar 14 4 56
Rapor Hazırlama 2 6 12
Rapor Sunma 2 5 10
Bireysel Çalışma 6 6 36
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 10 10
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 10 10
Okuma 10 5 50
Rapor 2 1 2
Toplam İş Yükü (saat) 238

Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7
ÖÇ 1 5 4 3 5 5
ÖÇ 2 3 4 4
ÖÇ 3 5 5 3 5
ÖÇ 4 3 4 4
ÖÇ 5 4 4 4 3 5
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek