GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101025122021 | Fungusların Moleküler İdentifikasyonu | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Dersin amacı, lisansüstü öğrencilere fungusların tanılanmasında kullanılan moleküler yöntemlerin öğretilmesidir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. H. Tansel YALÇIN
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Moleküler tanımlama için örnekleme yaparken kullanılan yöntemleri anlamak. |
| 2 | Çeşitli moleküler stratejiler arasındaki farklılıkları anlamak. |
| 3 | Moleküler yöntem seçme yaklaşımlarını amaçlarına bağlı olarak öğrenmek. |
| 4 | Tanılama için farklı genlerin karşılaştırılmasını öğrenmek. |
| 5 | Sekanslama verilerine anlam vermeyi öğrenmek. |
| 6 | DNA tabanlı tanımlamanın özelliklerini anlamak. |
| 7 | Mayaların moleküler sınıflandırmasını kavramak. |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Fungusların moleküler tanımlanması, mayaların moleküler tanımlanması, moleküler markörleri, DNA bazlı etiketler, DNA bazlı yöntemler, sekans analizi, farklı türlerin doğrulanması, moleküler tanılama tekniklerinin sınırlamaları.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Fungal Patojenlerin Moleküler İşaretçiler ve DNA Sekansları ile Tanılanması | ||
| 2 | DNA izolasyonu ve ITS sekans analizleri | ||
| 3 | Grup I intronların saptanması | ||
| 4 | Örnek toplama ve DNA sekanslama | ||
| 5 | Sekans analizleri | ||
| 6 | Tür doğrulama | ||
| 7 | Moleküler metodlar ile fungusların kantitatif tespiti | ||
| 8 | Real-time PCR ve Rekabetçi PCR | ||
| 9 | Gen sipesifik markörler | ||
| 10 | Kantifikasyon için hedef olarak toksin biyosentezi anahtar genleri | ||
| 11 | Moleküler tanılama ve PCR temelli tekniklerin kısıtlamaları | ||
| 12 | DGGE, RFLP, AFLP ve DNA barkodlama | ||
| 13 | Tek nükleotid polimorfizmi ve metagenomik | ||
| 14 | DNA’nın ITS ve D1/D2 bölgelerinin sekanslanması ile mayaların tanılanması |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1.Gherbawy, Youssuf, Voigt, Kerstin. 2010. Molecular Identification of Fungi. Springer Science Business Media B.V. 2. Hibbett D., Abarenkov K., Kõljalg U., Öpik M.,Benli Cha B. et al.2016. Sequence-based classification and identification of Fungi. Mycologia, 108(6):1049-1068. 3. Irinyi L, Lackner M, de Hoog GS, Meyer W. 2016. DNA barcoding of fungi causing infections in humans and animals. Fungal Biol.120(2):125-36. 4. Chalupová J, Raus M, Sedlářová M, Sebela M. 2014. Identification of fungal microorganisms by MALDI-TOF mass spectrometry. Biotechnol Adv. 32(1):230-41.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 12 | 12 |
| Final Sınavı | 1 | 5 | 5 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Rapor Hazırlama | 7 | 6 | 42 |
| Rapor Sunma | 7 | 5 | 35 |
| Makale Kritik Etme | 6 | 6 | 36 |
| Okuma | 11 | 4 | 44 |
| Ev Ödevi | 5 | 5 | 25 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 241 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 3 | 5 | 4 | |||
| ÖÇ 2 | 5 | 4 | 5 | 4 | |||
| ÖÇ 3 | 4 | 5 | 4 | 4 | 5 | ||
| ÖÇ 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | |||
| ÖÇ 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | |||
| ÖÇ 6 | 5 | 5 | 4 | 4 | |||
| ÖÇ 7 | 4 | 5 | 5 | 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek