GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı


Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
9101035202003 Biyoinformatik Seçmeli Ders Grubu 1 2 8,00

Yüksek Lisans


Türkçe


Bu dersin ana hedefi Biyoinformatik becerilerin geliştirilmesinde Web sitelerinin tanımlanması ve biyoinformatik araçların kullanımı ile farklı organizmaların genomları arasındaki ilişkinin anlaşılabilmesi becerilerinin geliştirilmesidir.


Assoc. Prof. Dr. Cenk Selçuki


1 Veritabanlarının nasıl oluşturulduğunun ve kullanıldığının kavranması
2 Biyoinformatiğin ve ilgili alanların temel prensiplerinin anlaşılması
3 Biyomoleküllerin yapıları ile fonksiyonları arasındaki ilişkinin anlaşılması
4 Veritabanlarının öneminin ve özelliklerinin anlaşılması
5 Çağdaş sonuçları takip edebilme
6 Genom ile organizmaların biyolojik özellikleri arasındaki ilşkinin kavranması


Yok


Yok


Giriş, Bilgi ağları, Protein Bilgi kaynakları, Genom transformasyon kaynakları, DNA dizi analizi, Çiftli çakıştırma teknikleri, Çoklu dizi analizleri, Sekonder veri tabanı tarama, Dizi arama protokolü yapılandırılması, Analiz paketleri.


Hafta Konular (Teorik) Uygulama Öğretim Yöntem ve Teknikleri Ön Hazırlık
1 Peptid ve Protein Yapılarının Modellenmesi ve Belirlenmesi-I (Enerji Modelleri) Rehberli problem çözümü
2 Peptid ve Protein Yapılarının Modellenmesi ve Belirlenmesi-II (Karşılaştırmalı Modeller) Rehberli problem çözümü
3 Genomik Rehberli problem çözümü
4 Biyoinformatik-I Rehberli problem çözümü
5 Biyoinformatik -II Rehberli problem çözümü
6 Veritabanları-I Rehberli problem çözümü
7 Veritabanları-II Rehberli problem çözümü
8 Arasınav Değerlendirme
9 Çoklu dizi analizi Rehberli problem çözümü
10 Hidden Markov modelleri Rehberli problem çözümü
11 Genom-I (Genom analizi) Rehberli problem çözümü
12 Genom-II (Genom karşılaştırması ve ötesi) Rehberli problem çözümü
13 Metabolik Ağlar Rehberli problem çözümü
14 Moleküler Filogenetik-I (Moleküler Sistematiğin özellikleri ve varsayımları) Rehberli problem çözümü
15 Moleküler Filogenetik-II (Yöntemler ve uygulamalar) Rehberli problem çözümü
16 Final sınavı

M. A. Lesk, “Introduction to Bioinformatics”, 2nd edition, Oxford University Press, (2005) D. E. Krane, “Fundemental Concepts of Bioinformatics”, Benjamin Cummings Press, (2003) A. Polanski, M. Kimmel “Bioinformatics”, Springer, (2007) P. Clote, R. Backofen, “Computational Molecular Biology-An Introduction”, John Wiley & Sons, (2002)


Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.


Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60

Yok


Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 2 2
Final Sınavı 1 2 2
Derse Katılım 14 2 28
Uygulama/Pratik 14 2 28
Rehberli Problem Çözümü 14 2 28
Bireysel Çalışma 14 4 56
Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma 14 3 42
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 25 25
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 30 30
Toplam İş Yükü (saat) 241

PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7 PÇ 8 PÇ 9
ÖÇ 1 5 5
ÖÇ 2 5 5
ÖÇ 3 5
ÖÇ 4 5 5
ÖÇ 5 5
ÖÇ 6 4 5 5
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek