GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101035202003 | Biyoinformatik | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu dersin ana hedefi Biyoinformatik becerilerin geliştirilmesinde Web sitelerinin tanımlanması ve biyoinformatik araçların kullanımı ile farklı organizmaların genomları arasındaki ilişkinin anlaşılabilmesi becerilerinin geliştirilmesidir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Assoc. Prof. Dr. Cenk Selçuki
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Veritabanlarının nasıl oluşturulduğunun ve kullanıldığının kavranması |
| 2 | Biyoinformatiğin ve ilgili alanların temel prensiplerinin anlaşılması |
| 3 | Biyomoleküllerin yapıları ile fonksiyonları arasındaki ilişkinin anlaşılması |
| 4 | Veritabanlarının öneminin ve özelliklerinin anlaşılması |
| 5 | Çağdaş sonuçları takip edebilme |
| 6 | Genom ile organizmaların biyolojik özellikleri arasındaki ilşkinin kavranması |
Öğretim Sistemi
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Giriş, Bilgi ağları, Protein Bilgi kaynakları, Genom transformasyon kaynakları, DNA dizi analizi, Çiftli çakıştırma teknikleri, Çoklu dizi analizleri, Sekonder veri tabanı tarama, Dizi arama protokolü yapılandırılması, Analiz paketleri.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Uygulama | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Peptid ve Protein Yapılarının Modellenmesi ve Belirlenmesi-I (Enerji Modelleri) | Rehberli problem çözümü | ||
| 2 | Peptid ve Protein Yapılarının Modellenmesi ve Belirlenmesi-II (Karşılaştırmalı Modeller) | Rehberli problem çözümü | ||
| 3 | Genomik | Rehberli problem çözümü | ||
| 4 | Biyoinformatik-I | Rehberli problem çözümü | ||
| 5 | Biyoinformatik -II | Rehberli problem çözümü | ||
| 6 | Veritabanları-I | Rehberli problem çözümü | ||
| 7 | Veritabanları-II | Rehberli problem çözümü | ||
| 8 | Arasınav | Değerlendirme | ||
| 9 | Çoklu dizi analizi | Rehberli problem çözümü | ||
| 10 | Hidden Markov modelleri | Rehberli problem çözümü | ||
| 11 | Genom-I (Genom analizi) | Rehberli problem çözümü | ||
| 12 | Genom-II (Genom karşılaştırması ve ötesi) | Rehberli problem çözümü | ||
| 13 | Metabolik Ağlar | Rehberli problem çözümü | ||
| 14 | Moleküler Filogenetik-I (Moleküler Sistematiğin özellikleri ve varsayımları) | Rehberli problem çözümü | ||
| 15 | Moleküler Filogenetik-II (Yöntemler ve uygulamalar) | Rehberli problem çözümü | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
M. A. Lesk, “Introduction to Bioinformatics”, 2nd edition, Oxford University Press, (2005) D. E. Krane, “Fundemental Concepts of Bioinformatics”, Benjamin Cummings Press, (2003) A. Polanski, M. Kimmel “Bioinformatics”, Springer, (2007) P. Clote, R. Backofen, “Computational Molecular Biology-An Introduction”, John Wiley & Sons, (2002)
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 2 | 28 |
| Uygulama/Pratik | 14 | 2 | 28 |
| Rehberli Problem Çözümü | 14 | 2 | 28 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 4 | 56 |
| Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma | 14 | 3 | 42 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 25 | 25 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 30 | 30 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 241 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 5 | |||||
| ÖÇ 2 | 5 | 5 | |||||
| ÖÇ 3 | 5 | ||||||
| ÖÇ 4 | 5 | 5 | |||||
| ÖÇ 5 | |||||||
| ÖÇ 6 | 4 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek