Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
---|---|---|---|---|---|
9101035252008 | Biyolojik Sistemlerde Moleküler Modelleme | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 8,00 |
Yüksek Lisans
Türkçe
Biyolojik sistemlerde yapılan moleküler modelleme çalışmalarının öğretilmesi.
Assoc. Prof. Dr. Cenk Selçuki
1 | Çıkan sonuçları yorumlayabilme |
2 | Kullanılan yöntemlerin avantajlarını/dezavantajlarını irdeleyebilme ve karşılaştırabilme |
3 | Biyolojik sistemlerdeki moleküler modelleme çalışmalarının temel prensiplerinin anlaşılması |
4 | Moleküler modelleme çalışmalarında hangi yöntemin kullanılacağına karar verme yetisi kazanılması |
5 | Üç boyutlu görüş ve düşünce yeteneklerinin gelişmesi |
6 | Moleküler modelleme ile ilgili terminolojinin kavranması |
7 | Anlatılan yöntemler arasındaki temel benzerlik ve farklılıkların anlaşılması |
8 | Moleküler modelleme için gerekli yazılımları kullanma becerisinin kazanılması |
Yok
Yok
Moleküler modellemede yararlı kavramlar. Kuantum mekaniksel yöntemler. Moleküler mekanik yöntemleri. Moleküler dinamik metodları. Monte Carlo metodları. Konformasyonel analiz. Protein yapı tayini. Moleküler modelleme metodlarının uygulamaları.
Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
---|---|---|---|
1 | Moleküler Modellemede Yararlı Kavramlar | ||
2 | Kuantum Kimyasal Metodlar (Yarı-ampirik Metodlar) | ||
3 | Kuantum Kimyasal Metodlar (Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT) Yöntemleri) | ||
4 | Kuantum Kimyasal Metodlar (Ab initio Yöntemleri) | ||
5 | Klasik Mekanik Yöntemleri (Moleküler Mekanik) | ||
6 | Klasik Mekanik Yöntemleri (Moleküler Dinamik) | ||
7 | Klasik Mekanik Yöntemleri (Monte Carlo) | ||
8 | Arasınav | ||
9 | Konformasyonel Analiz | ||
10 | Protein Yapı Tayini | ||
11 | Biyoinformatik’e Giriş | ||
12 | Homoloji Modellemesi ve Threading | ||
13 | Biyolojik Yapıların Sınıflandırılması (Veritabanları) | ||
14 | Moleküler Modelleme Uygulamaları | ||
15 | Dönem Projesi Sunumu | ||
16 | Final sınavı |
A. R. Leach, Molecular Modelling Principles and Applications, 2. Ed., Prentice Hall, (2001) T. Schlick, Molecular Modeling and Simulation, Springer, (2002) K. I. Ramachandran, G. Deepa, K. Namboori, Computational Chemistry and Molecular Modeling-Principles and Applications, Springer-Verlag, (2008) A. Warshel, Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley & Sons, Inc., (1991)
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
---|---|---|
Ara Sınav | 1 | 100 |
Toplam | 100 | |
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
Final Sınavı | 1 | 100 |
Toplam | 100 | |
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 |
Yok
Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
---|---|---|---|
Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
Uygulama/Pratik | 7 | 2 | 14 |
Proje Hazırlama | 1 | 20 | 20 |
Proje Sunma | 1 | 2 | 2 |
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 30 | 30 |
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 45 | 45 |
Okuma | 14 | 6 | 84 |
Toplam İş Yükü (saat) | 241 |
PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
ÖÇ 0 | 4 | 4 | 4 | ||||
ÖÇ 1 | 4 | 4 | 5 | 5 | |||
ÖÇ 2 | 5 | ||||||
ÖÇ 3 | 5 | 4 | 4 | 4 | |||
ÖÇ 4 | 4 | 4 | 5 | ||||
ÖÇ 5 | 4 | 5 | 4 | 4 | |||
ÖÇ 6 | 5 | 4 | 5 | 4 | 4 | ||
ÖÇ 7 | 5 | 4 | 4 | 5 |