GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101035252008 | Biyolojik Sistemlerde Moleküler Modelleme | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Biyolojik sistemlerde yapılan moleküler modelleme çalışmalarının öğretilmesi.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Assoc. Prof. Dr. Cenk Selçuki
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Çıkan sonuçları yorumlayabilme |
| 2 | Kullanılan yöntemlerin avantajlarını/dezavantajlarını irdeleyebilme ve karşılaştırabilme |
| 3 | Biyolojik sistemlerdeki moleküler modelleme çalışmalarının temel prensiplerinin anlaşılması |
| 4 | Moleküler modelleme çalışmalarında hangi yöntemin kullanılacağına karar verme yetisi kazanılması |
| 5 | Üç boyutlu görüş ve düşünce yeteneklerinin gelişmesi |
| 6 | Moleküler modelleme ile ilgili terminolojinin kavranması |
| 7 | Anlatılan yöntemler arasındaki temel benzerlik ve farklılıkların anlaşılması |
| 8 | Moleküler modelleme için gerekli yazılımları kullanma becerisinin kazanılması |
Öğretim Sistemi
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Moleküler modellemede yararlı kavramlar. Kuantum mekaniksel yöntemler. Moleküler mekanik yöntemleri. Moleküler dinamik metodları. Monte Carlo metodları. Konformasyonel analiz. Protein yapı tayini. Moleküler modelleme metodlarının uygulamaları.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Moleküler Modellemede Yararlı Kavramlar | ||
| 2 | Kuantum Kimyasal Metodlar (Yarı-ampirik Metodlar) | ||
| 3 | Kuantum Kimyasal Metodlar (Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT) Yöntemleri) | ||
| 4 | Kuantum Kimyasal Metodlar (Ab initio Yöntemleri) | ||
| 5 | Klasik Mekanik Yöntemleri (Moleküler Mekanik) | ||
| 6 | Klasik Mekanik Yöntemleri (Moleküler Dinamik) | ||
| 7 | Klasik Mekanik Yöntemleri (Monte Carlo) | ||
| 8 | Arasınav | ||
| 9 | Konformasyonel Analiz | ||
| 10 | Protein Yapı Tayini | ||
| 11 | Biyoinformatik’e Giriş | ||
| 12 | Homoloji Modellemesi ve Threading | ||
| 13 | Biyolojik Yapıların Sınıflandırılması (Veritabanları) | ||
| 14 | Moleküler Modelleme Uygulamaları | ||
| 15 | Dönem Projesi Sunumu | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
A. R. Leach, Molecular Modelling Principles and Applications, 2. Ed., Prentice Hall, (2001) T. Schlick, Molecular Modeling and Simulation, Springer, (2002) K. I. Ramachandran, G. Deepa, K. Namboori, Computational Chemistry and Molecular Modeling-Principles and Applications, Springer-Verlag, (2008) A. Warshel, Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley & Sons, Inc., (1991)
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Uygulama/Pratik | 7 | 2 | 14 |
| Proje Hazırlama | 1 | 20 | 20 |
| Proje Sunma | 1 | 2 | 2 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 30 | 30 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 45 | 45 |
| Okuma | 14 | 6 | 84 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 241 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | |
| ÖÇ 0 | 4 | 4 | 4 | 5 | |||||
| ÖÇ 1 | 4 | 4 | 5 | 5 | 4 | ||||
| ÖÇ 2 | 5 | 5 | |||||||
| ÖÇ 3 | 5 | 4 | 4 | 4 | 3 | 4 | |||
| ÖÇ 4 | 4 | 4 | 5 | ||||||
| ÖÇ 5 | 4 | 5 | 4 | 4 | 3 | 4 | |||
| ÖÇ 6 | 5 | 4 | 5 | 4 | 4 | 4 | |||
| ÖÇ 7 | 5 | 4 | 4 | 5 | 4 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek