GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı


Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
9101035252008 Biyolojik Sistemlerde Moleküler Modelleme Seçmeli Ders Grubu 1 1 8,00

Yüksek Lisans


Türkçe


Biyolojik sistemlerde yapılan moleküler modelleme çalışmalarının öğretilmesi.


Assoc. Prof. Dr. Cenk Selçuki


1 Çıkan sonuçları yorumlayabilme
2 Kullanılan yöntemlerin avantajlarını/dezavantajlarını irdeleyebilme ve karşılaştırabilme
3 Biyolojik sistemlerdeki moleküler modelleme çalışmalarının temel prensiplerinin anlaşılması
4 Moleküler modelleme çalışmalarında hangi yöntemin kullanılacağına karar verme yetisi kazanılması
5 Üç boyutlu görüş ve düşünce yeteneklerinin gelişmesi
6 Moleküler modelleme ile ilgili terminolojinin kavranması
7 Anlatılan yöntemler arasındaki temel benzerlik ve farklılıkların anlaşılması
8 Moleküler modelleme için gerekli yazılımları kullanma becerisinin kazanılması


Yok


Yok


Moleküler modellemede yararlı kavramlar. Kuantum mekaniksel yöntemler. Moleküler mekanik yöntemleri. Moleküler dinamik metodları. Monte Carlo metodları. Konformasyonel analiz. Protein yapı tayini. Moleküler modelleme metodlarının uygulamaları.


Hafta Konular (Teorik) Öğretim Yöntem ve Teknikleri Ön Hazırlık
1 Moleküler Modellemede Yararlı Kavramlar
2 Kuantum Kimyasal Metodlar (Yarı-ampirik Metodlar)
3 Kuantum Kimyasal Metodlar (Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT) Yöntemleri)
4 Kuantum Kimyasal Metodlar (Ab initio Yöntemleri)
5 Klasik Mekanik Yöntemleri (Moleküler Mekanik)
6 Klasik Mekanik Yöntemleri (Moleküler Dinamik)
7 Klasik Mekanik Yöntemleri (Monte Carlo)
8 Arasınav
9 Konformasyonel Analiz
10 Protein Yapı Tayini
11 Biyoinformatik’e Giriş
12 Homoloji Modellemesi ve Threading
13 Biyolojik Yapıların Sınıflandırılması (Veritabanları)
14 Moleküler Modelleme Uygulamaları
15 Dönem Projesi Sunumu
16 Final sınavı

A. R. Leach, Molecular Modelling Principles and Applications, 2. Ed., Prentice Hall, (2001) T. Schlick, Molecular Modeling and Simulation, Springer, (2002) K. I. Ramachandran, G. Deepa, K. Namboori, Computational Chemistry and Molecular Modeling-Principles and Applications, Springer-Verlag, (2008) A. Warshel, Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley & Sons, Inc., (1991)


Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.


Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60

Yok


Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 2 2
Final Sınavı 1 2 2
Derse Katılım 14 3 42
Uygulama/Pratik 7 2 14
Proje Hazırlama 1 20 20
Proje Sunma 1 2 2
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 30 30
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 45 45
Okuma 14 6 84
Toplam İş Yükü (saat) 241

PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7 PÇ 8 PÇ 9
ÖÇ 0 4 4 4 5
ÖÇ 1 4 4 5 5 4
ÖÇ 2 5 5
ÖÇ 3 5 4 4 4 3 4
ÖÇ 4 4 4 5
ÖÇ 5 4 5 4 4 3 4
ÖÇ 6 5 4 5 4 4 4
ÖÇ 7 5 4 4 5 4
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek