GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı


Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
9101035292010 Protein Mühendisliğinde Yönlendirilmiş Evrim Uygulamaları Seçmeli Ders Grubu 1 1 8,00

Yüksek Lisans


Türkçe


Bu dersin amacı, proteinlerin tasarımı ve özelliklerinin geliştirilmesi amacıyla kullanılan yönlendirilmiş evrim teknikleri konusunda bilgi verilmesidir. Dersin hedefi, yönlendirilmiş evrimin protein mühendisliği açısından öneminin ve özellikleri geliştirilen proteinlerin ilaç, gıda, tıp, tarım gibi birçok alanda uygulamalarının bulunduğunun öğretilmesidir.


Doç. Dr. Serap Evran


1 Yönlendirilmiş evrim tekniklerinin deneysel uygulamalarını kavrayabilme
2 Yönlendirilmiş evrim ile ilgili gelişmeleri takip edecek bilgi düzeyine sahip olabilme
3 Rasyonel dizayn ve yönlendirilmiş evrim arasındaki farklılıkları yorumlayabilme
4 Yönlendirilmiş evrim ile ilgili bilimsel makaleleri okuyabilme, anlayabilme ve yorumlayabilme
5 Yönlendirilmiş evrim ile ilgili bilgileri tıp, gıda, tarım gibi farklı alanlarda kullanabilme
6 Proteinlerin yönlendirilmiş evrim ile özelliklerinin geliştirilmesinin önemini kavrayabilme

Birinci Öğretim


Yok


Yok


Yönlendirilmiş evrim ve rasyonel dizaynın karşılaştırılması. Rastgele mutasyonlar yoluyla gen kütüphanelerinin oluşturulması. Gen kütüphanelerinin taranması ve varyantların seçimi. Mutasyon sıklığının ve gen kütüphanesi boyutunun optimizasyonu. Yönlendirilmiş evrimin, proteinlerin yapısal ve fonksiyonel özelliklerinin geliştirilmesi amacıyla kullanıldığı örnek uygulamalar.


Hafta Konular (Teorik) Öğretim Yöntem ve Teknikleri Ön Hazırlık
1 Protein mühendisliği, rasyonel dizayn ve evolusyoner protein dizaynının tanımlanması.
2 Rastgele mutasyonlarla gen kütüphanelerinin oluşturulması.
3 DNA Shuffling ve staggered extension proses (StEP)
4 Gen kütüphanelerinden varyantların seçimi
5 Gen kütüphanelerinden varyantların taranması.
6 Gen kütüphanelerinden varyantların seçimi. Genetik komplementasyon, DNA polimerazın fonksiyonel komplementasyonu.
7 Çözünür proteinlerin GFP veya kloramfenikol asetiltransferaz füzyonu yoluyla seçimi
8 Ara sınav
9 Protein mühendisliğinde kullanılan gösterim sistemleri.
10 Terapötik enzim mühendisliği
11 Protein mühendisliğinin biyoteknolojik ve biyomedikal uygulamaları
12 Öğrenci Sunumları
13 Öğrenci Sunumları
14 Öğrenci Sunumları
15 Öğrenci Sunumları
16 Final sınavı

Lutz, S. and Bornscheuer, U., 2009. “Protein Engineering Handbook”. Wiley-VCH Verlag GmbH, Weinheim. Brakmann, S. and Schwienhorst, A., 2004. “Evolutionary Methods in Biotechnology: Clever Tricks for Directed Evolution”. Wiley-VCH Verlag GmbH, Weinheim. Brakmann, S. and Johnsson, K., 2002. “Directed Molecular Evolution of Proteins: or How to Improve Enzymes for Biocatalysis”. Wiley-VCH Verlag GmbH, Weinheim. Protein Engineering Techniques Gateways to Synthetic Protein Universe, Krishna Mohan Poluri, Khushboo Gulati, 2017, Springer Singapore. Directed Enzyme Evolution: Advances and Applications, Alcalde, Miguel (Ed.), 2017, Springer. Directed evolution of selective enzymes: catalysts for organic chemistry and biotechnology,Manfred T. Reetz, 2017, Wiley. Directed Enzyme Evolution - Screening and Selection Methods, Arnold, Frances H., Georgiou, George (Eds.), 2003.



Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ev Ödevi 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60

Yok


Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 2 2
Final Sınavı 1 2 2
Derse Katılım 14 2 28
Rapor Hazırlama 13 6 78
Rapor Sunma 4 5 20
Okuma 14 7 98
Toplam İş Yükü (saat) 228

PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7 PÇ 8 PÇ 9
ÖÇ 1 4 3 3 3 3 4
ÖÇ 2 4 3 3 5 4 3 5
ÖÇ 3 4 3 3 4 4
ÖÇ 4 4 3 3 5 4 4 4 5
ÖÇ 5 5 3 5 4 4 4 5 5
ÖÇ 6 4 3 3 4
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek