GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı

Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
9101035031998 Protein Saflaştırılması ve Karakterizasyon Seçmeli Ders Grubu 1 1 8,00

Dersin Seviyesi

Yüksek Lisans

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Dersin Amacı

Protein saflaştırılması biyokimyasal araştırmalarda önemli bir yer tutmaktadır. Özellikle son yıllarda gen klonlama ve ekspresyonu ile ilgili gelişmeler ile de bu konu protein kimyacılarının yanı sıra diğer bilim dallarının da ilgi odağı olmuştur. Ancak bu konu genelde lisans eğitimi sırasında detaylı olarak anlatılan bir konu değildir. Bu derste bu alandaki yeni gelişmeler temel tekniklerin ışığı altında verilmesi amaçlandı.

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Prof. Dr. Figen Zihnioglu

Öğrenme Çıktıları

1 Hedef protein saflaştırılması ile ilgili literatür tarama ve yorumlayabilme
2 Araştırma sonuçlarını değerlendirme, karşılaştırma ve yorumlayabilme
3 Uygun yöntem seçme becerisini kazanabilme
4 Kullanım amacına yönelik protein saflaştırma stratejileri tasarlayabilme ve geliştirebilme
5 Proteinlerin genel özellikleri ile hedef protein özellikleri arasında ilişki kurabilme
6 Kromatografik ve elektroforetik teknikleri ayırma ve protein dizi analizlerinde kullanılmasını kavrayabilme
7 Kullanılan yöntemlerin avantajlarını/dezavantajlarını irdeleyebilme ve karşılaştırabilme
8 Çağdaş sonuçları takip edebilme
9 Hedef proteinin saflaştırılmasında stratejik planlama yapabilme
10 Protein saflaştırılmasına yönelik yenilikleri takip edebilme ve spesifik yöntemleri geliştirebilme
11 Protein saflaştırılmasında kullanılan konvansiyonel biyokimyasal teknikleri anlama ve kullanabilme
12 Bireysel ve grup çalışması yapabilme

Öğretim Sistemi

Dersin Ön Koşulu Olan Dersler

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Dersin İçeriği

Protein saflaştırma stratejisi ve amacı, kaynak seçimi, proteinlerin ekstraksiyonu ve subselüler fraksiyonlanması, çözünürleştirme ve berraklaştırma, ekstraktın deriştirilmesi kromatografik teknikler, elektroforetik yöntemler, RP-HPLC ile protein/peptid ayrılmaları, protein saflığının kontrolü, karakterizasyon

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Konular (Teorik) Laboratuvar Öğretim Yöntem ve Teknikleri Ön Hazırlık
1 Protein Saflaştırılmasının amacı ve ön planlama: Hedef proteinin kaynağı ve lokalizasyonu, miktarı, fizikokimyasal ve fiziksel özellikleri, saflaştırma amacı, protein saflaştırılmasının izlenmesi,
2 Protein saflaştırma stratejisi , Ön Ayırma teknikleri; 1. Hücre parçalama/ Homojenizasyon: Mekanik olmayan Teknikler: ısı ile parçalama, Freze-Thaw, Desikasyon, Osmotik şok, Litik enzimler, Alkali, Deterjanlar vb.
3 Ön Ayırma teknikleri;(Devam) Mekanik yöntemler: Blenderlar, homajenizatörler, öğütücüler, Aşındırıcılar ile agitasyon, Sıvı ve Katı Ekstrüsyon, Ultrasonikasyon
4 2. Berraklaştırma; Santrifüj; Diferansiyal Santrifüj, Yoğunluk Gradient Santrifüj, Membran Filtrasyon teknikleri
5 3. Ekstraktın deriştirilmesi: Ultrafiltrasyon, Liyofilizasyon, Çöktürme Yöntemleri( izoelektrik çöktürme, iyonik şiddeti değiştirerek çöktürme, organik çözgenler, Organik polimerler ve Denatürasyon ile çöktürme)
6 Kromatografik Yöntemler; Kromatografiye giriş ve sıvı kromatografisinde temel kavramlar, İyon değişim kromatografisi,
7 Kromatografik Yöntemler; Hidrofobik Etkileşim Kromatografisi, Jel Filtrasyon Kromatografisi,
8 Ara sınav
9 Kromatografik Yöntemler; Affinite kromatografisi: Biyospesifik, İmmunoafinite, Lektin afinite, Boya-ligant, Metal-Şelat, Kovalent afinite kromatografisi
10 Elektroforetik Yöntemler; Elektroforezin prensipleri, protein elektroforezi; PAGE, SDS-PAGE, IEF, 2D-PAGE. Blotlama, Immunustain, Görüntüleme ve değerlendirme
11 Karakterizasyon: Fonksiyonel Karakteristik; Proteinin biyolojik aktivitesine göre seçilecek teknikler,
12 Saflık kontrolü, Molekül kütle tayini ve IP tayini Amino asit analizi, N-, C- terminal analiz, vb.
13 Entegrasyon ve karşılaştırma, proteomik teknolojiler ve multidimensional teknikler
14 Dönem Projesi Sunumu
15 Dönem Projesi Sunumu
16 Final Sınavı

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

R. K. Scopes, Protein Purification: Principles and Practice, 3rd ed., Springer- Verlag, (1994) E. L. V. Harris, S. Angal Eds., Protein Purification Methods: A Practical Approach, IRL Press OUP, (1989) S. Roe , Protein Purification Methods; A Practical Approach, 2nd ed., Oxford University Press, (2001) Simpson,R.J, Purifying proteins for Proteomics: A Labarotory Manual, (2004)

Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları

Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.

Değerlendirme

Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60

Staj Durumu

Yok

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 2 2
Final Sınavı 1 2 2
Derse Katılım 14 3 42
Laboratuvar 14 3 42
Rehberli Problem Çözümü 4 3 12
Tartışma 10 1 10
Takım/Grup Çalışması 14 2 28
Rapor Hazırlama 2 5 10
Rapor Sunma 2 1 2
Proje Tasarımı /Yönetimi 1 20 20
Bireysel Çalışma 14 2 28
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 20 20
Okuma 10 2 20
Toplam İş Yükü (saat) 238

Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7
ÖÇ 1 5 4 5
ÖÇ 2 5 4
ÖÇ 3 4
ÖÇ 4 5 4
ÖÇ 5 5
ÖÇ 6 4
ÖÇ 7 3
ÖÇ 8 4
ÖÇ 9 5
ÖÇ 10 5
ÖÇ 11 4 5
ÖÇ 12 5 5
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek