GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101045832012 | Moleküler Dinamik Simülasyonu | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Moleküler dinamik simülasyonu öğrenimi ve bazı önemli uygulamaları.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Dr. Öğr. Üyesi Metin Bilge
Öğrenme Çıktıları
| 1 | |
| 2 | |
| 3 | |
| 4 | |
| 5 |
Öğretim Sistemi
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Hartree-Fock teorisi, Yoğunluk fonksiyonu teorisi, Baz setleri, Data bank kullanımı, VMD programının genel yapısı, VMD programının uygulamaları, NAMD programının genel yapısı, NAMD programının uygulamaları.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Hartree-Fock teorisi. | ||
| 2 | Yoğunluk fonksiyonu teorisi. | ||
| 3 | Baz setleri. | ||
| 4 | Data bank kullanımı. | ||
| 5 | VMD programının genel yapısı. | ||
| 6 | VMD programının uygulamaları-1. | ||
| 7 | VMD programının uygulamaları-2. | ||
| 8 | Ara Sınav | ||
| 9 | NAMD programının genel yapısı-1. | ||
| 10 | NAMD programının genel yapısı-2. | ||
| 11 | NAMD programının uygulamaları-1. | ||
| 12 | NAMD programının uygulamaları-2. | ||
| 13 | Uygulamalar. | ||
| 14 | Uygulamalar. | ||
| 15 | Tekrar. | ||
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
DERS KİTABI: Molecular dynamics simulations (elementary methods), J. M. Haide, A Wiley intersicience publication, 1997. YARDIMCI KİTAPLAR: The art of molecular dynamics simulation, D. C. Rapaport, Cambridge University press, 2002. VMD User’s Guide, version 1.9, University of Illinois.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 3 | 3 |
| Final Sınavı | 1 | 3 | 3 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 35 | 35 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 35 | 35 |
| Ev Ödevi | 14 | 8 | 112 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 230 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | |||||||
| ÖÇ 2 | |||||||
| ÖÇ 3 | |||||||
| ÖÇ 4 | |||||||
| ÖÇ 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek