GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101045852013 | Moleküler Simülasyon I | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Dersin amacı, moleküler dinamik ve monte carlo bilgisayar simülasyon yöntemlerini algoritmalar ile öğretmektir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Yard.Doç.Dr. E. Mine Çapar
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Moleküler dinamik bilgisayar simülasyon yöntemini öğrenmek. |
| 2 | Monte Carlo bilgisayar simülasyon yöntemini öğrenmek. |
| 3 | Simülasyon yöntemleri ile ilgili programları kullanabilmek, ilgili algoritmaları anlayabilmek ve program geliştirebilecek teorik bilgiye sahip olmak. |
Öğretim Sistemi
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Bilgisayar simülasyonlarının tarihçesi ve önemi, model sistemler ve etkileşme potansiyelleri, model potansiyellerin oluşturulması ve düzenlenmesi, küçük sistemlerin incelenmesi, istatistiksel mekanik, moleküler dinamik ve Monte Carlo Yöntemi.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Bilgisayar simülasyonlarının tarihçesi ve önemi. | ||
| 2 | Model sistemler ve etkileşme potansiyelleri. | ||
| 3 | Model potansiyellerin oluşturulması ve düzenlenmesi. | ||
| 4 | Küçük sistemlerin incelenmesi-1: periyodik sınır koşulları, potansiyel kesme. | ||
| 5 | Küçük sistemlerin incelenmesi-2: periyodik sınır koşulları için bilgisayar kodları, küresel sınır koşulları. | ||
| 6 | İstatistiksel mekanik-1: istatistiksel topluluklar, topluluklar arasında dönüşüm, termodinamik ortalamalar. | ||
| 7 | İstatistiksel mekanik-2: flüktüasyonlar, yapısal büyüklükler, zaman korelasyon fonksiyonları. | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | İstatistiksel mekanik-3: transport katsayılar, uzun-mesafeli düzeltmeler, kuantum düzeltmeleri, sınırlamalar. | ||
| 10 | Moleküler dinamik-1: atomik sistemler için hareket denklemleri, sonlu fark yöntemleri. | ||
| 11 | Moleküler dinamik-2: moleküllerdeki bağ gerilmesi, burulma ve bükülme hareketlerindeki sınırlamalar, doğruluk kontrolü. | ||
| 12 | Moleküler dinamik-3: lineer ve lineer olmayan moleküller için moleküler dinamik, sert küre ve sert siferosilindir cisimler için moleküler dinamik | ||
| 13 | Monte Carlo Yöntemi-1: ıskalama (hit-miss) yöntemi, örneklem ortalama integrasyonu, Metropolis yöntemi. | ||
| 14 | Monte Carlo Yöntemi-2: izotermal-izobarik Monte Carlo, grand kanonik Monte Carlo. | ||
| 15 | Rijit ve rijit olmayan moleküllü sistemler için Monte Carlo Simülasyonu | ||
| 16 | Final |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1. Michael P. Allen and Dominic J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Clarendon Press-Oxford, 1991. 2. Daan Frenkel and Berend Smith, Understanding Molecular Simulation, Academic Press, 2002.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 8 | 112 |
| Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma | 1 | 10 | 10 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 30 | 30 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 30 | 30 |
| Ev Ödevi | 1 | 10 | 10 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 238 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | |||||||
| ÖÇ 2 | |||||||
| ÖÇ 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek