GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101045842013 | Moleküler Simülasyon II | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Dersin amacı, simülasyonların ve analizlerinin nasıl yapılacağını öğretmek, ileri simülasyon yöntemlerini açıklamak ve simülasyonların basit ve kompleks sıvılar için bazı uygulamalarını vermektir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Yard.Doç.Dr. E. Mine Çapar
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Moleküler dinamik ve Monte Carlo bilgisayar simülasyon yöntemlerinin püf noktalarını öğrenmek. |
| 2 | Simülasyon sonuçlarını analiz edebilme. |
| 3 | Simülasyon yöntemlerini basit ve kompleks sıvılara uygulayabilme. |
Öğretim Sistemi
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Simülasyonun püf noktaları, başlangıç konfigürayonu ve ilk hızlar, sistemi dengeye getirme, simülasyonun oluşturulması, sonuçların analizi, İleri simülasyon teknikleri, denge-dışı moleküler dinamik, Brownian dinamik, kuantum simülasyonları, bazı uygulamalar.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Simülasyonun püf noktaları-1: kuvvet, enerji ve basınç hesabı, kaydırılmış kuvvet potansiyelleri. | ||
| 2 | Simülasyonun püf noktaları-2: Uzun mesafeli kuvvetlerin hesabı için Ewald toplamı, reaksiyon alan metodu, iyonik sistemler için particle-particle ve particle-mesh metodu. | ||
| 3 | Başlangıç konfigürayonu, ilk hızlar, dengeye getirme. | ||
| 4 | Simülasyonun oluşturulması-1: input/output dosyaları, yapı dosyaları. | ||
| 5 | Simülasyonun oluşturulması-2: simülasyon detayları, program yapısı. | ||
| 6 | Sonuçların analizi-1: zaman korelasyon fonksiyonları, hata tahminleri. | ||
| 7 | Sonuçların analizi-2: sonuçların düzeltilmesi. | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | İleri simülasyon teknikleri-1: Serbest enerji hesabı | ||
| 10 | İleri simülasyon teknikleri-2: smarter Monte Carlo, sabit-sıcaklıkta moleküler dinamik, sabit-basınçta moleküler dinamik. | ||
| 11 | Denge-dışı moleküler dinamik-1: makaslama akışı, genişleme ve daralma | ||
| 12 | Denge-dışı moleküler dinamik-2: ısı akışı, difüzyon, diğer pertürbasyonlar. | ||
| 13 | Brownian dinamik. | ||
| 14 | Kuantum simülasyonları. | ||
| 15 | Bazı uygulamalar: sıvı damlası, erime, sıvı kristaller, dönme dinamiği, arayüzler. | ||
| 16 | Final |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1. Michael P. Allen and Dominic J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Clarendon Press-Oxford, 1991. 2. Daan Frenkel and Berend Smith, Understanding Molecular Simulation, Academic Press, 2002.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 8 | 112 |
| Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma | 1 | 10 | 10 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 30 | 30 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 30 | 30 |
| Ev Ödevi | 1 | 10 | 10 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 238 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | |||||||
| ÖÇ 2 | |||||||
| ÖÇ 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek