GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9102025652014 | Fitopatolojide Moleküler Yöntemler | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Moleküler düzeyde temel bilgileri, bitki patojenlerinin moleküler özelliklerini, Konukçu-patojen ilişkisininin moleküler yönlerini, bitki Patojenlerinin tanılanmasında kullanılan moleküler yöntemlerin temel prensiplerini, nasıl ve ne zaman kullanılacağını öğretmek, DNA-RNA izolasyonu, elektroforetik analizler, farklı PCR teknikleri, PCR testlerinde etkili olan faktörler ile Primer dizaynı, sekans analizleri, dendogram oluşturma gibi konular hakkında bilgi vermektir. Moleküler bir çalışmada nasıl bir yol izlenmesi gerektiğini göstermektir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç. Dr. İsmail Can PAYLAN
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Nükleik asitler, DNA ve RNA’nın moleküler yapısı, Bitki patojenlerinin moleküler özellikleri, konukçu patojen ilişkilerinin moleküler düzeyde incelenmesi gibi temel konuların öğrenilmesi |
| 2 | Fitopatoloji alanında kullanılan moleküler yöntemlerin öğrenilmesi |
| 3 | Moleküler çalışmalar ile ilgili literatürün okunabilmesi ve anlaşılabilmesi |
| 4 | Bitki patojenlerine karşı moleküler düzeyde problem çözme ve sentez yapma yeteneğinin kazanılması |
| 5 | Primer dizayn etmenin öğrenilmesi |
| 6 | Farklı PCR tiplerinin, modifikasyonlarının ve uygulamalarının öğrenilmesi |
| 7 | Gen bankalarının, moleküler analizlerde bilinmesi gereken çeşitli bilgisayar programlarının kullanımının öğrenilmesi (primer dizayn programları, PCR döngü programları vs.) |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Moleküler biyoloji ile ilgili temel bilgiler, Nükleik asitler, DNA ve RNA’nın moleküler yapısı, Hastalık etmenlerinin genel ve moleküler özellikleri, Konukçu-Patojen ilişkisinin moleküler düzeyde incelenmesi, Bitki Hastalık etmenlerinin tanısında kullanılan moleküler yöntemler ve kıyaslamaları, PCR yöntemleri, PCR tipleri, PCR uygulamalarında karşılaşılan sorunlar, PCR testlerinde etkili olan faktörler, PCR modifikasyonları, Bu bilgilerin Bitki patojenlerine karşı kullanım olanakları, primer dizaynı ve primer dizaynında karşılaşılabilecek muhtemel problemler, sekans analizleri, Gen bankaları ve çeşitli primer programlarının kullanılması dersin içeriğini oluşturmaktadır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Uygulama | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Temel Bilgiler, Nükleik Asitler, Proteinler, DNA ve RNA’nın Moleküler Yapısı | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 2 | Bitki patojeni etmenlerin genel ve moleküler özellikleri | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 3 | Konukçu-Patojen ilişkisinin moleküler düzeyde incelenmesi, Temel Moleküler Analizler | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 4 | Bitki Hastalık etmenlerinin tanısında kullanılan yöntemler, bu yöntemlerin seçilmesinde dikkat edilmesi gereken kriterler ve kıyaslamaları | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 5 | Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), Prensipleri, Tipleri | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 6 | Reverse-Transcription PCR, Real-Time PCR | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 7 | Nested PCR, Co-Operational PCR, Multiplex PCR | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 8 | RFLP, RAPD, AFLP, DNA probları | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 9 | Arasınav | |||
| 10 | NASBA (Nucleic Acid Sequence Based Amp.), MCH-PCR (Magnetic capture Hybridisation PCR), MikroArray teknolojisi, in situ PCR | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 11 | Moleküler teknikleri etkileyen faktörler , PCR yöntemlerinin optimizasyonu | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 12 | DNA- RNA ekstraksiyon yöntemleri | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 13 | Primer ve Prop Dizaynı, Primer Tipleri, Primer dizaynında hatalar ve sorunlar | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 14 | PCR ürünlerinin analizi, kıyaslama, haritalandırma – Dendogram ve uygulamaları, Sekans analizi | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 15 | Bitki patojenlerine karşı moleküler tanılamada yeni ve gelecek yöntemler | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
• Genetik Kavramlar – William S. Klug, Michael R. Cummings • Principles of Diagnostic Techniques in Plant Pathology- R.T.V. Fox • Gene Cloning and DNA Analysis – T. A. Brown, 2009 • Principles of Diagnostic Techniques in Plant Pathology R.T.V. Fox , 1993 • Bitki Biyoteknolojisi Sebahattin Özcan-Ekrem Gürel-Mehmet Babaoğlu, 2001 • Moleküler Biyoloji, Semih ERKAN, 1992 • The Nucleic Acid Protocols, Ralph Rapley , 2000 • Moleküler Biyoloji, Ahmet Yıldırım-Fevzi Bardakçı Mehtmet Karataş-Bahattin Tanyolaç ,2010 • Handbook of Molecular Technologies in Crop Disease Management, P.Vidhyasekaran , 2006 • Biyoteknolojide hızlı yöntemler ve Çalışma Prensipleri – Prof. Dr. İsmail KARABOZ-2002 • Plant Pathology , George N. Agrios, 2004, • Testing Methods For Seed-Transmitted Viruses : Principles and Protocols, S.E.Albrechtsen 2005 • Gen Bankaları • DNA KÜTÜPHANELERİ • Bilgisayar programları
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Uygulama/Pratik | 14 | 4 | 56 |
| Laboratuvar | 14 | 2 | 28 |
| Bireysel Çalışma | 9 | 4 | 36 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 40 | 40 |
| Okuma | 14 | 1 | 14 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 240 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 3 | 3 | 4 | 5 | 4 | 4 | 4 |
| ÖÇ 2 | 3 | 4 | 3 | 5 | 5 | 5 | 3 |
| ÖÇ 3 | 5 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 4 |
| ÖÇ 4 | 4 | 4 | 5 | 3 | 4 | 3 | 4 |
| ÖÇ 5 | 3 | 5 | 5 | 3 | 3 | 4 | 4 |
| ÖÇ 6 | 4 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 |
| ÖÇ 7 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 3 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek