GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9105065282019 | Geometrik Morfometriye Giriş | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Dersin amacı; modern morfometri yöntemlerinin tanıtılması, geometrik morfometri ile ilgili temel yaklaşımların kavranması, uygulama süreçleri ile ilgili veri oluşturma, analize etme, değerlendirme ve karar verme süreçleri bilgi sahibi olunmasıdır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Kerim ÇİÇEK
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Geometrik morfometride (GM) uygulanabilecek temel yöntemleri öğrenebilme |
| 2 | GM ile ilgili veri analizi ve değerlendirme yöntemlerini kavrayabilme |
| 3 | GM ile ilgili veri analizi ve değerlendirme süreçlerini birbiri ile ilişkilendirebilme |
| 4 | Öğrenilen analiz ve yöntemlerin farklı canlı grupları üzerinde uygulayabilme |
| 5 | Öğrenilen bilgilerle temel analizleri uygulayabilme ve bir çalışma tasarlayabilme |
| 6 | GM ile ilgili yapılabilecek çalışmalar ile ilgili veri tabanını araştırabilme, elde ettiği bilgileri sözlü ya da yazılı aktarabilme |
| 7 | GM ile ilgili öğrenilen araştırma yöntemleri arasındaki bağlantının sorgulanmasını sağlayabilme |
| 8 | GM ile ilgili öğrenilen teknik ve bilgilerin klasik taksonomi ile özdeşleştirebilme |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Geometrik Morfometriye Giriş dersi kapsamında: • Geometrik morfometrinin (GM) tarihçesi ve teorisi, • GM’de kullanılacak verinin hazırlanması, • GM’de kullanılan yöntem ve programların tanıtımı ve kullanımı, • GM’nin kullanım alanları, • GM’ile bir çalışma planlanması hakkında bilgiler verilecektir.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Uygulama | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Giriş: temel kavramlar, geometrik morfometrinin tarihçesi ve teorisi | Gerekli bilgisayar programlarının (Rstudio, geomorph, MorphoJ, TPS serisi vs.) kurulması tanıtımı | ||
| 2 | Giriş: Şekil, boyut ve biyolojik morfoloji | Morfometrik Verilerin Toplanması ve Düzenlenmesi | ||
| 3 | Morfometrik veriler: ekipman, nirengi noktaları, ana hatlar ve yüzeyler | Veri Girişi: nirengi noktası verilerinin içe aktarılması | ||
| 4 | Şekilleri ve şekil değişimlerini görselleştirme | Nirengi noktası verileri: nirengi noktası elde etme ve etiketleme | ||
| 5 | Süperimpozisyon yöntemleri | Nirengi noktası verileri: çeviri, döndürme, üst üste binme ve iki şekli karşılaştırma | ||
| 6 | Varyasyonun belirlenmesi: Temel Bileşenler Analizi (PCA). | Nirengi noktası verileri: Şekil Farklılıklarını, İnce Levha Eğrilerini ve Eğrilmiş Şekilleri | ||
| 7 | Grupların ayrımı: Kanonik değişkenler ve ayrım analiz | Nirengi noktası verileri: Genelleştirilmiş Procrustes Analizi | ||
| 8 | Arasınav | |||
| 9 | Simetri ve asimetri | Şekil Değişimlerini Analiz Etme: Temel Bileşenler Analizi | ||
| 10 | Regresyon ve allometri | Çok Değişkenli Doğrusal Modelleme | ||
| 11 | Morfolojik entegrasyon ve modülerlik 1 | Lineer ayrım ve kanonik analizler | ||
| 12 | Morfolojik entegrasyon ve modülerlik 2 | Vaka çalışmaları: öğrenci sunumları | ||
| 13 | Anahat analizi | Vaka çalışmaları: öğrenci sunumları | ||
| 14 | GM'nin geleceği | Vaka çalışmaları: öğrenci sunumları | ||
| 15 | Ödev ve Sunumların Rapor edilmesi | Vaka çalışmaları: öğrenci sunumları | ||
| 16 | Final Sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Adams D.C., Otárola-Castillo E., 2013. geomorph: an R package for the collection and analysis of geometric morphometric shape data. Methods in Ecology and Evolution 4: 393–399. http://cran.r-project.org/package=geomorph. Adams, D. C., & Rohlf, F. J. (2000). Ecological character displacement in Plethodon: biomechanical differences found from a geometric morphometric study. Proceedings of the National Academy of Sciences, 97(8), 4106-4111. Adams, D. C., Rohlf, F. J., & Slice, D. E. (2013). A field comes of age: geometric morphometrics in the 21st century. Hystrix, 24(1), 7. Adams, D.C., Rohlf, F.J. & Slice, D.E. 2004. Geometric morphometrics: ten years of progress following the ‘revolution’. Italian Journal of Zoology, 71, 5–16. Bookstein, F. L. (1997). Morphometric tools for landmark data: geometry and biology. Cambridge University Press. Bookstein, F. L., B. Chernoff, R. L. Elder, J. M. Humphries, Jr., G. R. Smith, and R. E. Strauss. 1985. Morphometrics in Evolutionary Biology: The geometry of size and shape change, with examples from fishes. Academy of Natural Sciences of Philadelphia Special Publication 15. Elewa, A. M. (Ed.). (2004). Morphometrics: applications in biology and paleontology (Vol. 14). Springer Science & Business Media. F. James Rohlf. Morphometrics [http://life.bio.sunysb.edu/morph/], 02 2019. Klingenberg, C. P. (2011). MorphoJ: an integrated software package for geometric morphometrics. Molecular ecology resources, 11(2), 353-357. Marcus, L. F., E. Bello, and A. Garica-Valdecasas. (eds.) 1993. Contributions to morphometrics. Museo Nacional de Ciencias Naturales, Madrid, Spain. 264 pp. Mitteroecker, P., & Gunz, P. (2009). Advances in geometric morphometrics. Evolutionary Biology, 36(2), 235-247. Rohlf, F. J. and F. L. Bookstein. (eds.) 1990. Proceedings of the Michigan Morphometrics Workshop. Special Publ. No. 2, The University of Michigan Museum of Zoology. 380 pp. Slice, D. E. (2007). Geometric morphometrics. Annual Review of Anthropology, 36. Viscosi, V., & Cardini, A. (2011). Leaf morphology, taxonomy and geometric morphometrics: a simplified protocol for beginners. PloS one, 6(10), e25630. Zelditch ML, Swiderski DL, Sheets HD, Fink WL (2004) Geometric Morphometrics for Biologists: A Primer. Elsevier, San Diego.Anderson, R. P. (2012). Harnessing the world's biodiversity data: promise and peril in ecological niche modeling of species distributions. Annals of the New York Academy of Sciences. 1260: 66-80.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 90 |
| Laboratuvar Sınavı | 1 | 10 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 1 | 1 |
| Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 14 | 4 | 56 |
| Proje Hazırlama | 3 | 5 | 15 |
| Proje Sunma | 1 | 1 | 1 |
| Makale Kritik Etme | 5 | 4 | 20 |
| Bireysel Çalışma | 10 | 6 | 60 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 18 | 18 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Okuma | 8 | 6 | 48 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 240 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 4 | 5 | 5 | ||||
| ÖÇ 2 | 5 | 5 | 5 | ||||
| ÖÇ 3 | 5 | ||||||
| ÖÇ 4 | 5 | 5 | 5 | ||||
| ÖÇ 5 | 4 | 4 | |||||
| ÖÇ 6 | 5 | 5 | |||||
| ÖÇ 7 | 5 | 4 | 4 | ||||
| ÖÇ 8 | 4 | 5 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek