GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı

Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
9308045112012 İleri Biyokimya Seçmeli Ders Grubu 1 1 8,00

Dersin Seviyesi

Yüksek Lisans

Dersin Sunulduğu Dil

Türkçe

Dersin Amacı

Biyokimyada gelişen son tekniklere dikkat çekerek laboratuar biliminde geniş tabanlı bir alt yapı sağlamak. Bu ders özelikle gelişen biyokimya/biyoteknoloji/farmasötik alanlarında kariyer peşinde olan, günümüzün modern bilimsel laboratuarlarında çalışmaya ilgi duyan öğrenciler için sağlam bir temel oluşturmaktadır. Biyokimya I, Biyokimya II ve Biyokimya III derslerinin devamı niteliğinde olmasının sonucu olarak bu dersler önkoşuldur. Öğrencinin biyokimya genel alt yapısına dayanmakta ve biyomoleküllerin yapı ve fonksiyonuna yönelik uygulamalarına ilişkin daha ayrıntılı olan konuları incelemektedir.

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Prof. Dr. Nurdan Pazarlıoglu

Öğrenme Çıktıları

1 Suyun genel özellikleri anlatabilme
2 Biyomoleküllerin genel özelliklerini anlatmak için bir yetenek kazanma
3 Amino asitlerin, proteinlerin, karbohidratların, nükleotidlerin, lipidlerin ve membranların yapısal ve fonksiyonel özelliklerinin birleşmesini anlayabilme
4 Biyomoleküler yapı ve fonksiyon ilişkisini tartışabilme
5 Biyomoleküllerin yapı ve fonksiyonu hakkında bilgi elde etmek için modern kütüphane taramalarını ve bilgi bulma yöntemlerini kullanabilme
6 Bilimsel literature okuyabilme ve biyomoleküler yapı ve fonksiyona ilişkin bilgileri yorumlayabilme
7 Son gelişmeleri takip edebilme ve makromoleküler yapıyla ilgili spesifik teknikler geliştirebilme
8 Grup çalışması yapabilme ve problem çözme yeteneğini geliştirme
9 Bir takım çalışanı olarak işbirliği yapabilme ve bilimdeki yenilikleri takip ederek kendini geliştirebilme
10 Sözlü sunumlar aracılığı ile sınıfa grup çalışmasının sonuçlarını bildirebilme
11 Seçtikleri kariyerlerinde etkili bir şekilde görev alabilme
12 Son verileri takip edebilme

Öğretim Sistemi

Dersin Ön Koşulu Olan Dersler

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Dersin İçeriği

Amino asitlerin, proteinlerin, karbohidratların, nükleik asitlerin, lipidlerin ve membranların yapı ve fonksiyonunun detaylı çalışılması. Ayrıntılı olarak, bu ders moleküler fonksiyon ile biyomoleküler yapıyla ilgilidir. Protein yapısı keşfedilmekte ve hücre ve ekstrasellüler matriks gibi ortamlardaki fonksiyonu ile bağlantı kurulmaktadır. Aktif formda protein katlanmaları ve bir hastalığa neden olma gibi yanlış katlanma sonuçları da araştırılmaktadır. Medikal açıdan önemli sistemlerdeki enzimlerin etki mekanizması incelenmektedir. Öğrenciler hücresel metabolizmada membranların önemli rollerini ve proteinlere biyoinformatik uygulamasını öğrenmektedir. Bu ders protein ve gen manipulasyonunun ve fonksiyonel değerlendirmenin açılan teknolojilerinin yanı sıra proteinlerin ve genlerin yapısal karakterizasyonunda temel yöntemlerin eğitimini vermek için olanaklar sağlamaktadır. Biyomoleküllerin yapı ve fonksiyonu incelemek için kullanılan teknikler ve bunların biyoteknolojideki uygulamaları ortaya konmaktadır.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Konular (Teorik) Öğretim Yöntem ve Teknikleri Ön Hazırlık
1 Hücre biyolojisinde suyun rolü
2 Biyolojide atomik düzeyde moleküler yapılar ve akıl yürütmeler. Tarihsel bakış
3 Biyolojik makromoleküller, üç boyutlu konformasyon, zayıf etkileşimler ve yaşamdaki önemleri, hidrofobik ve hidrofilik ortamda biyolojik makromoleküller, simetri, makromoleküller ve yapılar
4 Protein tasarımı, sekans, sekonder yapı, süper sekonder yapılar, yapısal merkezler, tersiyer yapı, protein-protein ilişkisi
5 Protein katlanması & protein stabilitesi
6 Enzimler :3 boyutlu yapıları ve aktiviteleri
7 Membran proteinleri, hidrofobiklik ve protein-lipid etkileşimi, Enerji & Sinyal iletimi- Molecular makineler, Atomik düzeyde seçilmiş model sistemler (yüksek çözünürlüklü yapıları ve bakteriyorodopsin, rodopsin gibi olası fonksiyonlarını belirlemek)
8 Ara sınav
9 Yapısal proteinler, kollajen, süper heliksler,ipek, amiloidler, amilodosisler, biyopolimerler/biyomateryaller
10 Nükleik asitler: yapı & fonksiyon
11 DNA-bağlayan proteinler, Ökaryotik ve prokaryotik organizmalarda protein-DNA tanıma, protein-DNA etkileşimleri Süperkatlanmış DNA, Nükleozom yapısı
12 Karbohidratlar: yapı & fonksiyon
13 Dönem Projesi Sunumu: Polisakkaritler (Kitin, Sellüloz) & iki-fazlı protein-polisakkarit kompleks sistemleri
14 Lipid kimyası ve biyolojik membranlar
15 Dönem Projesi Sunumu
16 Final sınavı

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

David L. Nelson, Michael M. Cox, ”Lehninger Principles of Biochemistry”, Worth Publishers, (2000) D. E. Metzler,”Biochemistry: The Chemical Reactions o Living Cells”, Academic Press Inc. (1977 and 2000) C.K. Mathews, K.E. Van Holde, K.G. Ahern, “Biochemistry”, Pearson Education, (1999) D. Voet, J. G. Voet “Biochemistry”, Wiley, John and Sons, (1995)

Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları

Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.

Değerlendirme

Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60

Staj Durumu

Yok

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 2 2
Final Sınavı 1 2 2
Derse Katılım 14 3 42
Rehberli Problem Çözümü 14 2 28
Proje Hazırlama 2 10 20
Proje Sunma 2 3 6
Bireysel Çalışma 14 2 28
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 15 15
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 20 20
Okuma 10 2 20
Toplam İş Yükü (saat) 183

Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

PÇ 1
ÖÇ 1
ÖÇ 2
ÖÇ 3
ÖÇ 4
ÖÇ 5
ÖÇ 6
ÖÇ 7
ÖÇ 8
ÖÇ 9
ÖÇ 10
ÖÇ 11
ÖÇ 12
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek