GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9308045122013 | Mikrobiyal İnformatik | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 6,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu ders mikrobiyolojide biyoinformatiklerin kullanımı ile ilgili bir giriş yapmayı ve mikrobiyal organizmalar ve sistemlerden elde edilen verilere biyoinformatik yöntemlerin uygulanmasın amaçlar.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç. Dr. Hüseyin Taşlı, Doç. Dr. Bayrı Eraç
Öğrenme Çıktıları
| 1 | WWW üzerinde mikrobiyolojik kaynaklara erişebilme ve kullanabilme |
| 2 | Sekans veritabanlarında arama yapabilme ve veri alabilme |
| 3 | Araştırma dizilerini DNA, RNA ve protein veritabanlarında saklanan bilinen dizilerle karşılaştırmak için WWW üzerindeki BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) servisini kullanabilme |
| 4 | WWW üzerinde ikili ve çoklu dizi hizalama araçlarını kullanarak iki veya daha fazla diziyi hizalayabilme |
| 5 | WWW üzerinden uygun programları kullanarak restriksiyon haritası oluşturabilme |
| 6 | WWW üzerindeki yazılımları kullanarak PCR amplifikasyonu ve hibridizasyon analizi için primer dizayn edebilme |
| 7 | Filogenetik analiz yöntemlerini kullanabilme |
Öğretim Sistemi
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Mikrobiyolojide biyoinformatikler, WWW’de mikrobiyal biyoinformatik kaynakları, DNA sekans analizi, veri formatları ve ham verilerin analizi, İkili ve çoklu dizi hizalama, filogenetik analiz, epidemiyoloji ve antibiyotik direncinde biyoinformatik uygulamalar
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Mikrobiyal genom | ||
| 2 | Mikrobiyolojide biyoinformatik | ||
| 3 | WWW’de mikrobiyal biyoinformatik kaynakları | ||
| 4 | Veritabanlarında sorgulama, indirme | ||
| 5 | PCR için primer dizaynı ve restriksiyon analizinde kullanılan bilgisayar programları | ||
| 6 | DNA sekans analizi; veri formatları ve ham verilerin analizi | ||
| 7 | İkili ve çoklu dizi hizalama | ||
| 8 | Arasınav | ||
| 9 | Filogenetik analiz-1 | ||
| 10 | Filogenetik analiz-2 | ||
| 11 | İnfeksiyöz hastalıkların genetik epidemiyolojisi | ||
| 12 | Antibiyotik direncinde biyoinformatik uygulamalar | ||
| 13 | Mikroarray ve mikrobiyolojideki uygulamalar | ||
| 14 | Öğrenci sunumları | ||
| 15 | Öğrenci sunumları | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Ussery DW, Wassenaar TM, Borini S. Computing and compatative microbial genomics: Bioinformatics for microbiologists. Springer, 2009
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 1 | 1 |
| Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 2 | 14 | 28 |
| Bireysel Çalışma | 1 | 70 | 70 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 30 | 30 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 50 | 50 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 180 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | |
| ÖÇ 1 | |
| ÖÇ 2 | |
| ÖÇ 3 | |
| ÖÇ 4 | |
| ÖÇ 5 | |
| ÖÇ 6 | |
| ÖÇ 7 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek