GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9103035902022 | Protein Structure-Bioinformatic and Experimental Methods | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
İngilizce
Dersin Amacı
Ders, moleküler düzeyde proteinler hakkında fikir vermeyi, deneysel ve hesaplamalı protein yapı çözme tekniklerini ve proteinlerin yapı-işlev ilişkisini anlamak için olanları analiz etmeyi öğretmeyi amaçlamaktadır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Dr. Burcu Kaplan Türköz
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Genetik kodu ve protein sentezini anlamak |
| 2 | Protein ikincil ve üçüncül yapısını anlamak |
| 3 | Protein yapı-fonksiyon ilişkisini anlamak |
| 4 | Protein yapısını analiz etmek, görselleştirmek ve değiştirmek için biyoinformatik araçların ve bilgisayar programlarının kullanımını öğrenmek |
| 5 | Deneysel ve hesaplamalı protein yapısı belirlemede kullanılan teknikleri öğrenmek |
| 6 | Biyoinformatik veri tabanlarının nasıl kullanılacağını ve araştırılacağını öğrenmek ve farklı veri tabanlarından gelen bilgileri bir arada değerlendirmeyi öğrenmek |
| 7 | Araştırma planlaması ve proje sunumu yapmayı öğrenmek |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Protein sentezi ve amino asitler Protein katlama, ikincil ve üçüncül yapı Protein motifleri Protein yapı-fonksiyon ilişkisi Protein yapısını ve işlevini anlamada hesaplamalı yöntemler ve biyoinformatik araçlar X ışını yöntemleri, NMR ve diğer yöntemleri kullanılarak deneysel yapı belirleme Protein-protein etkileşimi ve fonksiyon düzenlemesi Yapısal Mikrobiyoloji
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Dersin tanıtımı, moleküler yapı tanımı, veritabanlarının tanıtımı | ||
| 2 | Santral Dogma, DNA replikasyon | ||
| 3 | Genetik kod ve protein sentezi | ||
| 4 | Amino asitler, peptit bağı ve ikincil yapı | ||
| 5 | Üçüncül yapı I: Katlanma türleri | ||
| 6 | Üçüncül Yapı II: Protein katlanmasında termodinamik | ||
| 7 | Yapı-Fonksiyon ilişkisi | ||
| 8 | Öğrenci Sunumları | ||
| 9 | Biyoinformatik ve Veritabanları Dizi hizalaması | ||
| 10 | Peptid ve Protein Yapısı Modellemesi ve Analizi Bölüm 1- Biyoaktif Peptitler | ||
| 11 | Peptid ve Protein Yapısı Modellemesi ve Analizi Bölüm 2- Yapısal modelleme | ||
| 12 | Deneysel Teknikler: Makromoleküler Kristalografi | ||
| 13 | Deneysel Teknikler: Cryo-EM, NMR ve SAXS | ||
| 14 | Protein yapısının görüntülenmesi ve yapı analizi | ||
| 15 | Yapısal hizalamalar, karşılaştırmalar ve yapıdan fonksiyon tahmini | ||
| 16 | Öğrenci Proje raporu sunumları ve sunumları |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Carl Branden and John Tooze, Introduction to Protein Structure, Garland Publishing, 1999 Gregory A. Petsko, Dagmar Ringe, Protein Structure and Function, New Science Press, 2004
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 80 |
| Ev Ödevi | 1 | 20 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 14 | 2 | 28 |
| Uygulama/Pratik | 1 | 10 | 10 |
| Rapor Hazırlama | 1 | 40 | 40 |
| Rapor Sunma | 1 | 1 | 1 |
| Proje Hazırlama | 1 | 50 | 50 |
| Proje Sunma | 1 | 1 | 1 |
| Makale Kritik Etme | 1 | 20 | 20 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 40 | 40 |
| Okuma | 1 | 40 | 40 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 231 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | |||||||
| ÖÇ 2 | |||||||
| ÖÇ 3 | |||||||
| ÖÇ 4 | 4 | ||||||
| ÖÇ 5 | 3 | ||||||
| ÖÇ 6 | 3 | 3 | |||||
| ÖÇ 7 | 4 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek