GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9358025112015 | Bağımlılıkta Proteomik Yaklaşımlar | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu dersin amacı, öğrencilerin Proteomik’in temel kavramlarını öğrenmesini, proteinlerle ilgili analitik düşünceye sahip olabilmesini, proteomun bir hücre veya organizma tarafından belli koşullar altında üretilen proteinler olduğunu, bu moleküllerin birbirleri ile nasıl ilişkilendiğini ve nasıl bir biyolojik sistemi oluşturduğunu ve proteomik uygulamalarının diğer bilim dallarındaki kullanımını öğretmektir
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç.Dr.Görkem Yararbaş
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Proteomun bir hücre veya organizma tarafından belli koşullar altında üretilen proteinler olduğunu öğrenebilmesi |
| 2 | Proteinlerin birbirleri ile nasıl ilişkilendiğini ve nasıl bir biyolojik sistemi oluşturduğunu anlayabilmesi |
| 3 | Proteomu, dizi, yapı, bolluk, yerleşim, düzenlenme, etkileşimler ve biyokimyasal fonksiyonlar olarak tanımlayabilmesi |
| 4 | Protein ayrımının, tanımlanmasının ve tayin prensiplerinin öğrenilmesi |
| 5 | Proteomik veritabanı hakkında temel bilgilerin öğrenilmesi |
| 6 | Proteomik hakkında elde ettiği bilgileri sözlü ya da yazılı aktarabilme |
| 7 | Deneysel mantık, analitik düşünce, nicel analiz ve problem çözümü arasındaki bağlantının kurulmasını sağlayabilme. |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Genomikten Proteomiğe Geçiş; Proteinlerin Genel Özellikleri; Proteom analizlerinde kullanılan ayırım teknikleri; Proteinlerin tanımlanmasında kullanılan teknikler; Proteomik ve protein dizilerinin analizi; Yapısal proteom analizleri; Protein-protein etkileşimleri ve proteomik; Proteom analizlerinde protein modifikasyonlarının yeri; Protein çipleri ve fonksiyonel proteom analizleri; Proteomik Uygulamaları
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Genomikten Proteomiğe Geçiş: DNA ve RNA seviyesinde işlevsel genomik; Proteomik’in faaliyet alanı; Proteomik’in zorlukları | ||
| 2 | Proteinlerin Genel Özellikleri: Proteinlerin yapısı ve işlevi | ||
| 3 | Proteom analizlerinde kullanılan ayırım teknikleri (I): Iki boyutlu jel elektroforezinin prensipleri; Proteomikte iki boyutlu jel elektroforezinin kullanımı | ||
| 4 | Proteom analizlerinde kullanılan ayırım teknikleri (II): Sıvı kromatografisinin proteomikteki prensipleri; Çok boyutlu sıvı kromatografisi | ||
| 5 | Proteinlerin tanımlanmasında kullanılan teknikler (I): Antibadilerle protein tanımlanması; Protein dizilerinin kimyasal bozunma ile belirlenmesi | ||
| 6 | Proteinlerin tanımlanmasında kullanılan teknikler (II): Proteomikte kütle spektrometrisinin kullanımı; kütle spektrometrisi bilgileri kullanılarak protein tanımlanması | ||
| 7 | Protein tayininde kullanılan teknikler: Standart iki boyutlu jel ile kantitatif proteomik; kütle spektrometrisi ile kantitatif proteomik | ||
| 8 | Arasınav | ||
| 9 | Proteomik ve protein dizilerinin analizi: Protein aileleri ve evrimsel ilişkiler; Protein dizisi karşılaştırmanın temel ilkeleri | ||
| 10 | Yapısal proteom analizleri: Protein yapılarının proteomikteki önemi; Protein yapılarının anlaşılmasını sağlayan teknikler; Protein yapılarının karşılaştırılması | ||
| 11 | Protein-protein etkileşimleri ve proteomik: Protein etkileşim analizlerinin prensipleri; Protein etkileşim haritaları; Proteinler ve küçük moleküller | ||
| 12 | Proteom analizlerinde protein modifikasyonlarının yeri: Fosfoproteomik, protein fosforilasyonuna genel bir bakış; Glycoproteomics, hücrede glikoproteinlerin rolü | ||
| 13 | Protein çipleri ve fonksiyonel proteom analizleri: Protein çiplerinin farklı tipleri; Protein çip teknolojisinin ortaya çıkışı | ||
| 14 | Proteomik Uygulamaları (I): Tıbbi proteomik, hastalık teşhisi; Farmasötik proteomik, ilaç geliştirme | ||
| 15 | Proteomik Uygulamaları (II): Proteomik ve bitki biyoteknolojisi; Genetiği değiştirilmiş bitkilerin analizi için proteomik | ||
| 16 | Final Sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
•Principles of Proteomics; R.M. Twyman; Taylor&Francis Publisher, 2004
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 3 | 3 |
| Final Sınavı | 1 | 3 | 3 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Rapor Hazırlama | 4 | 2 | 8 |
| Seminer | 1 | 1 | 1 |
| Bireysel Çalışma | 12 | 4 | 48 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 12 | 12 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 14 | 14 |
| Okuma | 12 | 8 | 96 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 227 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | |
| ÖÇ 1 | 5 | |||||||
| ÖÇ 2 | 5 | 5 | ||||||
| ÖÇ 3 | 5 | |||||||
| ÖÇ 4 | 5 | |||||||
| ÖÇ 5 | 3 | |||||||
| ÖÇ 6 | 3 | |||||||
| ÖÇ 7 | 4 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek