GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9301095242014 | Tıbbi Biyolojide Bilgisayar Uygulamaları II | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 6,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
“Tıbbi Biyolojide Bilgisayar Uygulamaları II” dersinin amacı ve hedefi insan ve model organizma genom veri bankalarını tanıtmak, değişik sorular sorarak çözüm yollarını uygulamalı olarak bularak, hakkında bilgi sahibi olmaktır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç. Dr. Buket Kosova
Öğrenme Çıktıları
| 1 | İnsan genomu veri bankalarını bilme |
| 2 | Model organizma genomlarının veri bankalarını bilme |
| 3 | Hastalık modeli olarak uygun model organizmaların seçimi |
| 4 | Hedef gen bilgilerinin saptanması |
| 5 | Hedef protein bilgilerinin saptanması |
Öğretim Sistemi
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
İnsan ve model organizma genom veri bankaları: National Center for Biotechnology Information (NCBI). University of California, Santa Cruz Genome Browser (UCSC). Ensembl. Uygulmalar: Gen lokalizasyonunun saptanması, STS’lerin bulunması istenilen gen bölgesinin BAC’ının sağlanması, Alternatively spliced transcript’lerin bulunması, intron-exon-promoter bölgelerinin dizilerine ulaşılması, insan gen aile üyelerinin tesbiti, Veri bankalarına veri girilmesi, proteinlerindeki fonksiyonel bölgelerin tesbiti, homolog genlerin tesbiti
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Uygulama | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Tıbbi Biyolojide Bilgisayar Uygulamaları Dersine Giriş | |||
| 2 | National Center for Biotechnology Information (NCBI) İnsan Genomu Veri Bankası | National Center for Biotechnology Information (NCBI) İnsan Genomu Veri Bankası Uygulamaları | ||
| 3 | University of California, Santa Cruz Genome Browser (UCSC) İnsan Genomu Veri Bankası | University of California, Santa Cruz Genome Browser (UCSC) İnsan Genomu Veri Bankası Uygulamaları | ||
| 4 | Ensemble İnsan Genomu Veri Bankası | Ensemble İnsan Genomu Veri Bankası Uygulamaları | ||
| 5 | The Jackson Laboratory Fare Genomu Veri Bankası | |||
| 6 | Gen lokalizasyonunun saptanması | Gen lokalizasyonunun saptanması uygulaması | ||
| 7 | STS’lerin bulunması istenilen gen bölgesinin BAC’ının sağlanması | |||
| 8 | Alternatively spliced transcript’lerin bulunması | Alternatively spliced transcript’lerin bulunması uygulaması | ||
| 9 | İntron-exon-promoter bölgelerinin dizilerine ulaşılması | |||
| 10 | İnsan gen aile üyelerinin tesbiti | İnsan gen aile üyelerinin tesbiti uygulaması | ||
| 11 | Veri bankalarına veri girilmesi | Veri bankalarına veri girilmesi uygulaması | ||
| 12 | Proteinlerindeki fonksiyonel bölgelerin tesbiti | Proteinlerindeki fonksiyonel bölgelerin tesbiti uygulaması | ||
| 13 | Homolog genlerin tesbiti | |||
| 14 | Çoklu Dizileme | Çoklu Dizileme uygulaması | ||
| 15 | Restriction Endonuclease' ların kesim yerlerinin tayini | |||
| 16 | Primer dizilerinin belirlenmesi ve PCR reaksiyon şartlarının oluşturulması | Primer dizilerinin belirlenmesi ve PCR reaksiyon şartlarının oluşturulması uygulaması |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Wolfsberg T.G., Wetterstrand K.A., Guyer M.S., Collins F.S., Baxevanis A.D., “User's Guide to the Human Genome ” Supplement to Nature Genetics, Second Edition (2003) Ders Notları Öğretim Üyesi tarafından dağıtılmaktadır
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Bütünleme Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 16 | 2 | 32 |
| Uygulama/Pratik | 10 | 2 | 20 |
| Tartışma | 16 | 1 | 16 |
| Soru-Yanıt | 16 | 1 | 16 |
| Bireysel Çalışma | 16 | 2 | 32 |
| Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma | 5 | 6 | 30 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 10 | 10 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Sözlü Sınav | 1 | 10 | 10 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 192 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | |
| ÖÇ 1 | |
| ÖÇ 2 | |
| ÖÇ 3 | |
| ÖÇ 4 | |
| ÖÇ 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek