GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9303056932019 | İlaç Geliştirmede Moleküler Modelleme II | Seçmeli Ders Grubu | 2 | 3 | 10,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Yeni ilaç keşfinde üzerinde yoğun olarak çalışılan güncel bir konu olan bilgisayar destekli ilaç tasarımının temelini oluşturan moleküler modelleme yöntemlerinin esaslarının anlatıp uygulamalarla pekiştirmektir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Assist. Prof. Dr. Ayşe Hande TARIKOĞULLARI DOĞAN, Assist. Prof. Dr. Özlem AKGÜL
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Moleküler modellemede molekülün enerjisini hesaplayabilmek için gerekli teorik bilgiye sahip olabilme |
| 2 | Enerji minimizasyonunu uygulayabilecek bilgiye sahip olabilme |
| 3 | Moleküler modellemede konformasyonel analizin önemini kavrayabilme |
| 4 | Moleküler modellemede karşılaşılabilecek sorunları ön görüp çözüm üretebilme |
| 5 | Yeni moleküllerin dizaynında ve keşfi için moleküler modelleme bilgisini kullanabilme |
Öğretim Sistemi
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Ampirik güç alanları modelleri Enerji minimizasyonu ve enerji yüzeyinin araştırılması için ilgili yöntemler Konformasyonel analiz Moleküler modellemede karşılaşılan sorunlar Yeni moleküllerin dizaynı ve keşfi için moleküler modellemenin kullanımı
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Uygulama | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Ampirik güç alanları modellerine giriş a)Moleküler mekanik güç alanlarının bazı genel özellikleri | Deneme çalışmaları | ||
| 2 | b)Bağ gerilmesi, açı eğilmesi, torsiyonel terimler | Deneme çalışmaları | ||
| 3 | c)Elektrostatik etkileşmeler | Deneme çalışmaları | ||
| 4 | d)Van der Waals etkileşmeleri | Deneme çalışmaları | ||
| 5 | e)Moleküler mekaniklerdeki hidrojen bağları | Deneme çalışmaları | ||
| 6 | f)Suyun simülasyonu için güç alan modelleri | Deneme çalışmaları | ||
| 7 | g)Güç alanı kullanılarak termodinamik özelliklerin hesaplanması h)Güç alanının parametrizasyonu | Deneme çalışmaları | ||
| 8 | Arasınav | |||
| 9 | ı)Güç alan parametrelerinin transferi i)Metal ve inorganik sistemlerde güç alanı | Deneme çalışmaları | ||
| 10 | Enerji minimizasyonu ve enerji yüzeyinin araştırılması için ilgili yöntemler a)Nonderivative minimizasyon yöntemleri b)Derivative minimizasyon yöntemlerine giriş c)Birinci derece minmizasyon yöntemleri | Deneme çalışmaları | ||
| 11 | d)İkinci türev yöntemleri | Deneme çalışmaları | ||
| 12 | e)Enerji minimizasyonunun uygulama alanları | Deneme çalışmaları | ||
| 13 | Konformasyonel analiz | Deneme çalışmaları | ||
| 14 | Moleküler modellemede karşılaşılan üç sorun: a)Serbest enerjiler b)Solvasyon c)Reaksiyonların similasyonu | Deneme çalışmaları | ||
| 15 | Yeni moleküllerin dizaynı ve keşfi için moleküler modellemenin kullanımı | Deneme çalışmaları | ||
| 16 | Final Sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Molecular Modelling-Principles and applications, Andrew R. Leach, Addison Wesley Longman Limited, England, 1996
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Uygulama/Pratik | 14 | 3 | 42 |
| Rapor Sunma | 2 | 2 | 4 |
| Proje Hazırlama | 2 | 16 | 32 |
| Proje Sunma | 5 | 4 | 20 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 12 | 12 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 15 | 15 |
| Okuma | 14 | 2 | 28 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 199 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | |
| ÖÇ 1 | 4 | 4 | 4 | |||||||
| ÖÇ 2 | 4 | 4 | 4 | |||||||
| ÖÇ 3 | 4 | 4 | 4 | |||||||
| ÖÇ 4 | 4 | 4 | 4 | |||||||
| ÖÇ 5 | 4 | 4 | 4 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek