GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101026632018 | Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji için Hesaplamalar | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji için Matematiksel Hesaplamalar dersi araştırmacıların moleküler biyoloji ve biyoteknoloji tekniklerini kullanırken hangi tür hesaplamanın kullanılacağını ve nedenini anlamalarına yardımcı olacaktır. Biyoteknoloji ve moleküler biyoloji alanında yapılan araştırmalar çok miktarda hesaplama gerektirir. Bir veri kümesinin sonuçları metnin temeli haline gelir. Denklem tipini seçmede yapılan yanlış bir hata , başarılı bir araştırma projesi veya haftalarca süren çalışma ve araştırmaları gerçek bir başarısızlığa dönüştürebilir. Bu ders ile birçok öğrenci, teknisyen ve araştırmacı için bir bağlantı noktası olan biyoteknoloji ve moleküler biyoloji laboratuvarlarının günlük fonksiyonları ile ilgili matematik ve istatistikleri incelenecektir. Bu ders, bu tür laboratuvar çalışmaları için gerekli tüm temel matematiksel ve istatistiksel işlemleri kapsamaktadır ve hem öğrenciler hem de deneyimli profesyoneller için vazgeçilmez bir araçtır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. İhsan Yaşa, Prof Dr. Tansel YALÇIN
Öğrenme Çıktıları
| 1 | 1. Moleküler biyolojide ve biyoteknolojide kullanılan temel hesaplamaları bilme ve uygulama. |
| 2 | 2. Moleküler biyolojide ve biyoteknolojide kullanılan temel analiz yöntemlerini ve bu yöntemleri kullanarak elde edilen sonuçların ilgili analiz yöntemini temel alarak yorumlayabilme ve bu sonuçları temel alarak uygulamanın optimizasyonunu yapabilme. |
| 3 | 3. Moleküler biyoloji ve biyoteknolojide kullanılan hesaplamaları kendi araştırma ve meslek alanlarında nasıl uygulamaya koyacaklarını öğrenme. |
| 4 | 4. Moleküler biyolojide ve biyoteknolojide karşılaşılan problemler için gerekli deneysel uygulamayı seçebilme uygulayabilme ve yorumlayabilme. |
| 5 | 5. Nükleik asit miktarının tespiti, oligonükleotid sentez verimi, polimeraz zincir reaksiyonu etkinliğinin belirlenmesi , gerçek zamanlı PZR’da reaksiyon kinetiği İle nispi miktar hesabı, rekombinat DNA teknikleri gibi konular hakkında bilgi ve deneyim sahibi olma. |
| 6 | 6. Moleküler biyoloji tekniklerinin adli bilimlerde kullanımı ve uygulanması |
| 7 | Toplumun sağlık ve refahı için; endüstriyel ilgilenilen alanındaki bilimsel gelişmeler doğrultusunda temel kuramsal ve uygulamalı bilgilere sahip olabilme. |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
yok
Dersin İçeriği
Bilimsel Gösterim ve Metrik Önekleri, Çözeltiler, Karışımlar ve Ortamlar, Hücre Büyümesi:Bakteriyofaj ile Çalışmak;Nükleik Asit Miktarının Belirlenmesi;Nükleik Asitlerin Radyoizotoplarla Etiketlenmesi; Oligonükleotid Sentezi: Sentez Verimi; Polimeraz Zincir Reaksiyonu Etkinliği; Gerçek Zamanlı PZR ile Gen İfadesinin Ölçülmesi;Gerçek Zamanlı PZR’da Reaksiyon Kinetiği İle Nispi Miktar Hesabı; Rekombinant DNA: Fragment Uçlarının Miktarının Hesaplanması; Promotor Aktivitesi ve Gen İfadesinin İzlenmesi için β-Galaktosidazın kullanılması; Raportör Analizinde Lüsiferazın Kullanımı; Adli Tıp ve Babalık: Genotip Sıklığı Hesaplama.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | 1 Bilimsel Gösterim ve Metrik Önekleri | ||
| 2 | 2 Çözeltiler, Karışımlar ve Ortamlar | ||
| 3 | 3 Hücre Büyümesi: | ||
| 4 | 4 Bakteriyofaj ile Çalışmak | ||
| 5 | 5 Nükleik Asit Miktarının Belirlenmesi | ||
| 6 | 6 Nükleik Asitlerin Radyoizotoplarla Etiketlenmesi | ||
| 7 | 7 Oligonükleotid Sentezi: Sentez Verimi | ||
| 8 | 8 Ara sınav | ||
| 9 | 9 Polimeraz Zincir Reaksiyonu Etkinliği | ||
| 10 | 10 Gerçek Zamanlı PZR ile Gen İfadesinin Ölçülmesi | ||
| 11 | 11 Gerçek Zamanlı PZR’da Reaksiyon Kinetiği İle Nispi Miktar Hesabı | ||
| 12 | 12 Rekombinant DNA: Fragment Uçlarının Miktarının Hesaplanması | ||
| 13 | 13 Promotor Aktivitesi ve Gen İfadesinin İzlenmesi için β-Galaktosidazın kullanılması | ||
| 14 | 14 Raportör Analizinde Lüsiferazın Kullanımı | ||
| 15 | 15 Adli Tıp ve Babalık: Genotip Sıklığını Hesaplama | ||
| 16 | 16 Final Sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Ders Kitabı 1. Frank H. Stephenson “Calculations for Molecular Biology and Biotechnology” 3. Edition , Copyright © 2016 Elsevier Inc. Yardımcı kitaplar: 2. Morar,M. and Wright, G. D. “The Genomic Enzymology of Antibiotic Resistance, Annu. Rev. Genet. 2010. 44:25–51. 3. Larry L. Barton.2005 “Structural and Functional Relationships in Prokaryotes”. Springer Science_Business Media, Inc. 4. Dworkin, M., Falkow, S., Rosenberg, E.,Schleifer, K.H., Stackebrandt, E., 2006 “The Prokaryotes Volume 2: Ecophysiology and Biochemistry” Springer Science Business Media, LLC.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 75 |
| Beyin Fırtınası | 1 | 15 |
| Rapor Sunma | 1 | 10 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 10 | 10 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Rapor Hazırlama | 5 | 5 | 25 |
| Proje Hazırlama | 5 | 2 | 10 |
| Proje Sunma | 5 | 6 | 30 |
| Makale Kritik Etme | 5 | 5 | 25 |
| Bireysel Çalışma | 6 | 5 | 30 |
| Okuma | 12 | 3 | 36 |
| Ev Ödevi | 4 | 4 | 16 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 224 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 3 | 5 | 4 | 5 | 5 | ||
| ÖÇ 2 | 5 | 3 | 4 | 2 | 3 | ||
| ÖÇ 3 | 4 | 5 | 2 | 4 | 3 | ||
| ÖÇ 4 | 5 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 |
| ÖÇ 5 | 5 | 4 | 5 | 4 | |||
| ÖÇ 6 | 1 | 3 | 4 | 1 | 2 | ||
| ÖÇ 7 | 4 | 3 | 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek