GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101026642020 | Moleküler Sistematik II | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu dersin amacı, tür ve daha yüksek taksonların DNA tabanlı filogenetik analizlerinde uzaklık, maksimum benzerlik, maksimum tutumluluk ve Bayesian yaklaşımları ile ilgili uygulamaların öğretilmesidir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Bekir KESKİN, Prof. Dr. Nurşen ALPAGUT KESKİN
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Filogeni tahminlerinde temel yaklaşımları kavrayabilme |
| 2 | Çeşitli moleküler belirteçler temelinde filogenetik ağaçları inşa edebilme |
| 3 | Büyük verileri interaktif platformlarda kullanabilme |
| 4 | Filogenetik ağaç okuyabilme |
| 5 | Analiz sonuçlarını yorumlayabilme |
| 6 | Moleküler verileri morfolojik verilerle karşılaştırılabilme |
| 7 | Veri setini coğrafi bilgi sistemi ile örtüştürebilme |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Bu derse kayıtlanabilmek için Moleküler Sistematik-1 dersini başarı ile tamamlamış olmak gerekir. Moleküler Sistematik-1 dersini almamış, fakat laboratuvarda PCR, Elektroforez, dizi düzenleme ve hizalama işlemlerini yapabilen öğrenciler de bu derse kayıtlanabilir.
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
-
Dersin İçeriği
Ders konuları moleküler sistematik araştırmalarda DNA dizi varyasyonlarının belirlenmesi ve filogenetik/filocoğrafik analizlerde kullanılan güncel yaklaşım ve uygulama platformlarının incelenmesini kapsamaktadır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Uygulama | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Haplotip ağları oluşturma-1 | Splits Tree programı | ||
| 2 | Haplotip ağları oluşturma-2 | Splits Tree programı | ||
| 3 | Filogenetik analizler-1: Distance | PAUP programı | ||
| 4 | Filogenetik analizler-2: Parsimoni | PAUP programı | ||
| 5 | Filogenetik analizler-3: Likelihood | CIPRES platformu kullanımı | ||
| 6 | Filogenetik analizler-4: Maksimum Likelihood Bootstrap | CIPRES platformu kullanımı | ||
| 7 | Filogenetik analizler-5: Bayesian Yaklaşım-1 | MrBayes programı | ||
| 8 | Arasınav | Arasınav | ||
| 9 | Filogenetik analizler-6: Bayesian Yaklaşım-2 | MrBayes programı | ||
| 10 | Filogenetik analizler-7: Bayesian Yaklaşım-3 | Beast programı | ||
| 11 | Filogenetik analizler-8: Bayesian Yaklaşım-4 | Beast programı | ||
| 12 | Filogenetik analizler-9: analiz parametrelerinin test edilmesi | Tracer programı | ||
| 13 | Filocoğrafya-1 | GenGIS programı | ||
| 14 | Filocoğrafya-2 | GenGIS programı | ||
| 15 | Filogenetik Ağaç okuma ve düzenleme | FigTree programı | ||
| 16 | Yıl Sonu Sınavı | Uygulama Yıl Sonu Sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Lemey, P., Salemi, M., & Vandamme, A. (Eds.). (2009). The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing. Cambridge: Cambridge University Press. Avis, C. J., 2000. Phylogeography-The History and Formation of species. Harward University Press, Cambridge, Massachusetts, London, England, 447 pp. Beiko et al., 2013. GenGIS 2: Geospatial analysis of traditional and genetic biodiversity, with new gradient algorithms and an extensible plugin framework. PeerJ, PrePrint,s 1:e15, http://dx.doi.org/10.7287/peerj.preprints.15. Drummond A. J., Suchard. M.A., Xie, D. & Rambaut, A., 2012. Bayesian phylogenetics with beauti and the beast 1.7. Mol Biol Evol 29: 1969–73. Drummond, A.J. & Bouckaert R.R., 2015. Bayesian Evolutionary Analysis with BEAST. Cambridge University Press, ISBN: 978-1-107-01965-2, 249 pp. Huson, D.H. & Bryant, D., 2006. Application of phylogenetic networks in evolutionary studies. Molecular Biology and Evolution, 23:254–267. Miller, M.A., Pfeiffer, W., & Schwartz, T., 2010. "Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees" in Proceedings of the Gateway Computing Environments Workshop (GCE), 14 Nov. 2010, New Orleans, LA pp. 1-8. Rambaut, A., Drummond, A.J., Xie, D., Baele, G. & Suchard, M.A., 2018. Posterior summarisation in Bayesian phylogenetics using Tracer 1.7. Systematic Biology. syy032. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy032. Ronquist, F., & J.P. Huelsenbeck. 2003. MRBAYES 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics, 19:1572-1574. Swofford, D.L. & Bell, C. D., 2017. Phylogenetic Analysis Using PAUP. 522 pp. https://paup.phylosolutions.com
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
-
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 2 | 28 |
| Uygulama/Pratik | 14 | 2 | 28 |
| Problem Çözümü | 14 | 1 | 14 |
| Soru-Yanıt | 14 | 1 | 14 |
| Takım/Grup Çalışması | 14 | 2 | 28 |
| Alan Çalışması | 14 | 1 | 14 |
| Rapor Hazırlama | 3 | 3 | 9 |
| Rapor Sunma | 3 | 1 | 3 |
| Proje Hazırlama | 2 | 3 | 6 |
| Proje Tasarımı /Yönetimi | 2 | 3 | 6 |
| Makale Kritik Etme | 4 | 2 | 8 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 3 | 42 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 4 | 1 | 4 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 4 | 2 | 8 |
| Okuma | 14 | 1 | 14 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 230 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 |
| ÖÇ 2 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 |
| ÖÇ 3 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 |
| ÖÇ 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 2 | 5 | 5 |
| ÖÇ 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 2 | 5 | 5 |
| ÖÇ 6 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 |
| ÖÇ 7 | 5 | 5 | 5 | 5 | 2 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek