GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101026672020 | Moleküler Sistematik I | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu dersin amacı, tür ve daha yüksek taksonların sınıflandırılmasında DNA tabanlı yaklaşımların ve uygulamalarının öğretilmesidir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Bekir KESKİN Prof. Dr. Nurşen ALPAGUT KESKİN
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Moleküler yöntem ve grubu uyumlu olarak seçilebilme |
| 2 | Belirteçleri doğru şekilde belirleyebilme |
| 3 | Uygulamaları dikkatlice yapabilme |
| 4 | Ham veri setleri elde edebilme |
| 5 | DNA veri setlerini düzenleyebilme, hizalayabilme ve dönüştürebilme |
| 6 | DNA evrim modellerinin temellerini kavrayabilme |
| 7 | Veri setlerine uygun evrim modelini belirleyebilme |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
-
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
-
Dersin İçeriği
Ders konuları moleküler sistematik araştırmalarda kullanılan proje dizaynı ve örnekleme, moleküler belirteçler ve PZR ile çoğaltılması, elde edilen DNA dizilerinin düzenlenmesi ve hizalanması, moleküler filogenetik analizler için veri setlerinin hazırlanması ve gerekli modellerin belirlenmesidir.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Laboratuvar | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Proje Dizaynı ve Örnekleme | Örnek seçimi, etiketleme | ||
| 2 | Örneklerin DNA izolasyonu | DNA izolasyonu I | ||
| 3 | Moleküler Belirteçler | DNA izolasyonu II | ||
| 4 | Primer Dizaynı | PZR uygulamaları için malzeme hazırlığı | ||
| 5 | Gen fragmanlarının PZR ile çoğaltılması | PZR uygulamaları | ||
| 6 | PZR ürünlerinin Elektroforez ile görüntülenmesi | Elektroforez uygulamaları | ||
| 7 | Dizileme | Sequencher 5.0.1 ve Geneious 10.2.6 programları | ||
| 8 | Arasınav | Arasınav | ||
| 9 | DNA veri dosyaları ve okuma | Sequencher 5.0.1 ve Geneious 10.2.6 programları | ||
| 10 | DNA veri dosyalarını düzenleme | Sequencher 5.0.1 ve Geneious 10.2.6 programları | ||
| 11 | DNA veri dosyalarını hizalama | Clustal V ve Mesquite 1.0 programları | ||
| 12 | DNA veri dosyalarını dönüştürme | Geneious 10.2.6 programı pluginlerini kullanma | ||
| 13 | Filogenetik Analizler için modelleme-1 | JModeltest, DnaSP programları | ||
| 14 | Filogenetik Analizler için modelleme-2 | TCS programı | ||
| 15 | Filogenetik Analizler için modelleme-3 | Python, Partitition Finder | ||
| 16 | Yıl Sonu Sınavı | Uygulama Yıl Sonu Sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Warnow, T., 2019. Bioinformatics and Phylogenetics. Springer Nature Switzerland AG, ISBN: 978-3-030-10836-6, 410 pp. Hillis, D. M., Moritz, C., and Mable, B.K. 1996. Molecular Systematics, 2nd Edition. Sinauer Associates, Sunderland MA. http://mrbayes.sourceforge.net/manual.php Drummond AJ, Rambaut A (2007) Beast: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees. BMC Evol Biol 7: 214.Beerli, P., 2006. Comparison of bayesian and maximum-likelihood inference of population genetic parameters. Bioinformatics 22: 341–345. Clement, M., Posada D. & Crandall, K. A., 2000. TCS: a computer program to estimate gene genealogies. Molecular Ecology 9 (10): 1657-1660. Drummond, A.J., Suchard, M.A., Xie, D., Rambaut, A., 2012. Bayesian phylogenetics with beauti and the beast 1.7. Mol Biol Evol 29: 1969–73. Felsenstein, J., 1981. Evolutionary trees from DNA sequences: A maximum likelihood approach. Journal of Molecular Evolution 17: 368–376. Geneious 11.1 User Manual, https://assets.geneious.com/documentation/geneious/Geneious Manual.pdf Knoop, V & Müller, K., 2006. Gene und Stammbaume, Ein handbook zur molekularen Phylogenetik. Spektrum Akademischer Verlag, Germany, 310 pp. Lanfear, R., Frandsen, P. B., Wright, A. M., Senfeld, T., Calcott, B., 2016. PartitionFinder 2: new methods for selecting partitioned models of evolution for molecular and morphological phylogenetic analyses. Molecular biology and evolution. DOI: dx.doi.org/10.1093/molbev/msw260 Squencher User Manual, https://www.uv.es/scsieweb/SCSIE/SCSIE-BIO/Documents/Sequencher _5_User_Manual.pdf
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 70 |
| Laboratuvar Sınavı | 1 | 30 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
-
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Uygulama/Pratik | 14 | 2 | 28 |
| Laboratuvar | 14 | 2 | 28 |
| Soru-Yanıt | 14 | 2 | 28 |
| Takım/Grup Çalışması | 14 | 3 | 42 |
| Alan Çalışması | 14 | 1 | 14 |
| Proje Tasarımı /Yönetimi | 14 | 2 | 28 |
| Makale Kritik Etme | 10 | 1 | 10 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 2 | 28 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 7 | 1 | 7 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 7 | 1 | 7 |
| Okuma | 10 | 1 | 10 |
| Laboratuvar Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 236 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 5 | 5 | 5 | 2 | 5 | 5 |
| ÖÇ 2 | 5 | 5 | 5 | 5 | 2 | 5 | 5 |
| ÖÇ 3 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 |
| ÖÇ 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 2 | 5 | 5 |
| ÖÇ 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 1 | 5 | 5 |
| ÖÇ 6 | 5 | 5 | 5 | 5 | 1 | 5 | 5 |
| ÖÇ 7 | 5 | 5 | 5 | 5 | 1 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek