GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101026602018 | Evrimsel Biyolojide Özel Konular | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu ders, evrimsel biyolojide anahtar kavramları ve soruları keşfetme fırsatı sunar. Ders kapsamında ayrıca insansı türler ve modern insan türünün dünya üzerine yayılışı üzerine arkeolojik ve moleküler bulgular derinlemesine tartışılacak, insanlık tarihinin son 10.000 yılı ıslah edilmiş bitkiler ve evcil hayvanlar üzerine elde edilmiş genetik bulgular ile birlikte değerlendirilecektir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç Dr. Evren KOBAN BAŞTANLAR
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Dersi tamamladığında, öğrenci; 1. Moleküler düzeyde evrimsel değişimi kavrayabilme |
| 2 | 2. evrimsel sürecin ardındaki itici güçleri tartışabilme |
| 3 | 3. çeşitli moleküler mekanizmaların genler, proteinler ve genomlar üzerindeki etkileri üzerine çalışabilme anlayabilme ve kendi sorularını üretebiliyor olabilme |
| 4 | 4. moleküler verilerle evrimsel bir perspektiften ilgilenebilme metodolojisini anlamış ve uygulayabiliyor olabilme |
| 5 | 5. Modern insanın dünya üzerine yayılışı ile ilgili literatürü anlayabiliyor ve tartışabiliyor olabilme |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Ders kapsamında öncelikle DNA ve genom bilgisi, DNA ve kromozom mutasyonları, DNA mutasyonları üzerine bir genel bilgi hatırlatması yapılacaktır. Daha sonra evrimsel değişime etki eden süreçler detaylı tartışılacak, mutasyon hızı hesaplamaları, evrimsel değişimin hızı, türler ve türleşme üzerine tartışılacak ve tarih hesaplamalarının nasıl gerçekleştirildiği irdelenecektir. Bundan sonra türler arası evrimsel ilişkilerin ortaya konulmasında kullanılan filogenetik ağaçlar üzerine temel bir bilgi birikimi sağlanacak ve insan ve insansı türlerin geçmişi üzerine makaleler okunup tartışılacaktır. Ayrıca modern insanın son 10.000 yıldaki yayılışı sırasında tarım ve evcilleştirme üzerine elde edilen genetik bulgular da farklı bir perspektif sağlayacaktır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Nükleotid dizileri, aminoasit dizileri, DNA mutasyonları, SNP’ler, mutasyon hızlarının hesaplanması, genom: transposonlar, SINE, LINE, Alu, retrovirusler | ||
| 2 | Neutral teori, genetik yük, genetik sürüklenme, neutrality, popülasyon büyüklükleri, inbreeding, substitüsyon modelleri, saturasyon problemi | ||
| 3 | Tür ve türleşme üzerine temel kavramlar. Taksonomi: monophyly, paraphyly, polyphyly | ||
| 4 | Hız ve Tarih hesaplamaları: evrimsel değişim hızı, evrimsel hızın nükleotid pozisyonları arasında varyasyonu, hızların karşılaştırması, fosilleşme, türlerin ayrılması, fosil bilgilerin kullanımı, moleküler tarihleme | ||
| 5 | Evrimsel ilişkilerin yeniden yapılandırılması: filogenetik ağaçlar, moleküler belirteçler (otosomal DNA, mitokondrial DNA ve Y kromozomu). Filogenetik ağaçlardan çıkarımlar | ||
| 6 | Paleolitik ve Neolitik zamanlar: Insan ve insansı türlerin yayılımı üzerine kayıtlar – Afrika ve sonrası. Neanderthal ve Denisovan türleri üzerine genomik bulgular | ||
| 7 | Paleolitik ve Neolitik zamanlar: Insan ve insansı türlerin yayılımı üzerine kayıtlar – Afrika ve sonrası. Neanderthal ve Denisovan türleri üzerine genomik bulgular | ||
| 8 | ARA SINAV | ||
| 9 | Literatür okuma: Genetik bulgular ile Hint yarımadasına insanların yayılımını anlamak | ||
| 10 | Literatür okuma: Genetik bulgular ile Pilipinler'e insanların yayılımını anlamak | ||
| 11 | Literatür okuma: Genetik bulgular ile Avusturalya'ya insanların yayılımını anlamak | ||
| 12 | Literatür okuma: Genetik bulgular ile Avrupa’ya insanların yayılımını anlamak | ||
| 13 | Literatür okuma: Genetik bulgular ile Amerika kıtasına insanların yayılımını anlamak | ||
| 14 | Literatür okuma: Yerleşik hayata geçiş ve tarım, bitki ıslahı ve hayvan evcilleştirme üzerine.. (arkeolojik ve genetik bulgular) Neolitik Demik Difüzyon | ||
| 15 | Literatür okuma: Yerleşik hayata geçiş ve tarım, bitki ıslahı ve hayvan evcilleştirme üzerine.. (arkeolojik ve genetik bulgular) Neolitik Demik Difüzyon | ||
| 16 | FİNAL SINAVI |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1. An Introduction to Molecular Evolution and Phylogenetics Yazar: Lindell Bromham 2. Molecular Evolution and Phylogenetics Yazarlar: Masatoshi Nei and Sudhir Kumar 3. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics Yazarlar: Bruce S. Lieberman and E. O. Wiley 4. The phylogenetic handbook: a practical approach to dna and protein phylogeny Eds: Philippe Lemey, Marco Salemi, Anne-Mieke Vandamme 5. Ders materyalleri ve seçili makaleler.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Quiz | 2 | 1 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Rapor Hazırlama | 2 | 6 | 12 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 1 | 14 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 15 | 15 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Okuma | 14 | 2 | 28 |
| Quiz için Bireysel Çalışma | 2 | 10 | 20 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 157 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 4 | 4 | 5 | 5 | 4 | 5 | 3 |
| ÖÇ 2 | 5 | 4 | 5 | 5 | 4 | 5 | 3 |
| ÖÇ 3 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 3 |
| ÖÇ 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 3 |
| ÖÇ 5 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek