GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101036342008 | Protein Yapı ve Dinamiklerinde Bilgisayara Dayalı Yöntemler | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Protein yapı ve dinamiklerinin tayininde kullanılan hesapsal yöntemlerin ve yazılımların öğretilmesi.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Cenk Selçuki
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Çıkan hesaplama sonuçlarını yorumlayabilme |
| 2 | Anlatılan hesapsal yöntemler arasındaki temel benzerlik ve farklılıkların anlaşılması |
| 3 | Kullanılan yöntemlerin avantajlarını/dezavantajlarını irdeleyebilme ve karşılaştırabilme |
| 4 | Yöntemleri kullanmak için gerekli olan yazılımları kullanma becerisinin kazanılması |
| 5 | Üç boyutlu görüş ve düşünce yeteneklerinin gelişmesi |
| 6 | Hesapsal bilim ve teknoloji terminolojisinin kavranması |
| 7 | Protein sistemleri ile ilgili çalışmalarda hangi hesapsal yöntemin kullanılacağına karar verme yetisi kazanılması |
| 8 | Protein yapı ve dinamiklerinin tayininde kullanılan hesapsal yöntemlerin temel prensiplerinin anlaşılması |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Moleküler modelleme ve uygulama alanlarının genel tanımı. Biyoinformatik’e giriş. Genomik’e giriş. SCOP. CASP. Protein yapı ve dinamiklerinde kullanılan hesapsal yöntemler. Protein dizi analizi ve buna bağlı yapı tayininde izlenen yöntemler.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Moleküler Modelleme ve Uygulama Alanlarının Genel Tanıtımı | ||
| 2 | Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Moleküler Mekanik) | ||
| 3 | Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Moleküler Dinamik) | ||
| 4 | Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Monte Carlo) | ||
| 5 | Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Yarı-ampirik Yöntemler) | ||
| 6 | Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT) Yöntemleri) | ||
| 7 | Protein Yapı ve Dinamiklerinde Kullanılan Hesapsal Yöntemler (Ab initio Yöntemleri) | ||
| 8 | Arasınav | ||
| 9 | Protein Dizi Analizi ve Buna Bağlı Yapı Tayininde İzlenen Yöntemler (Konformasyonel Analiz) | ||
| 10 | Protein Dizi Analizi ve Buna Bağlı Yapı Tayininde İzlenen Yöntemler (Homoloji Modellemesi) | ||
| 11 | Protein Dizi Analizi ve Buna Bağlı Yapı Tayininde İzlenen Yöntemler (Threading, Lattice Modeli ve Ramachandran Diyagramları) | ||
| 12 | Protein Dizi Analizi ve Buna Bağlı Yapı Tayininde İzlenen Yöntemler (CASP, SCOP ve diğer veri tabanlarının sınıflandırma sistemleri) | ||
| 13 | Genomik’e Giriş | ||
| 14 | Biyoinformatik’e Giriş | ||
| 15 | Dönem Projesi Sunumu | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
A. R. Leach, Molecular Modelling Principles and Applications, 2. Ed., Prentice Hall, (2001) T. Schlick, Molecular Modeling and Simulation, Springer, (2002) K. I. Ramachandran, G. Deepa, K. Namboori, Computational Chemistry and Molecular Modeling-Principles and Applications, Springer-Verlag, (2008) A. Warshel, Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley & Sons, Inc., (1991)
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Uygulama/Pratik | 7 | 4 | 28 |
| Rapor Hazırlama | 1 | 20 | 20 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 30 | 30 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 45 | 45 |
| Okuma | 14 | 5 | 70 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 239 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 0 | 4 | 4 | 4 | 4 | |||
| ÖÇ 1 | 5 | 4 | 5 | 4 | 4 | ||
| ÖÇ 2 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 4 |
| ÖÇ 3 | 5 | 4 | 3 | 4 | 5 | 5 | |
| ÖÇ 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | |||
| ÖÇ 5 | 4 | 3 | 4 | 5 | 4 | 4 | |
| ÖÇ 6 | 4 | 5 | 4 | 4 | 4 | ||
| ÖÇ 7 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek