GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9101036412011 | Biyokataliz-Çok Ölçekli Kuantum Modelleri | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 7,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Biyokataliz tanımı ve kavramının öğretilmesi. Çok ölçekli kuantum modellerinin biyokatalizde kullanımının anlatılması.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Cenk SELÇUKİ
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Yöntemleri kullanmak için gerekli olan yazılımları kullanma becerisinin kazanılması |
| 2 | Biyokatalizle ilgili temel prensiplerinin anlaşılması |
| 3 | Biyokataliz ile ilgili çalışmalarda hangi hesapsal yöntemin kullanılacağına karar verme yetisi kazanılması |
| 4 | Çıkan hesaplama sonuçlarını yorumlayabilme |
| 5 | Kullanılan yöntemlerin avantajlarını/dezavantajlarını irdeleyebilme ve karşılaştırabilme |
| 6 | Biyokatalizde kullanılan hesapsal yöntemlerle ilgili temel prensiplerinin anlaşılması |
| 7 | Hesapsal bilim ve teknoloji terminolojisinin kavranması |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Biyokataliz: tanım ve kavramlar. Biyokatalizde ihtiyaçlar ve sorunlar. Kuantum metodları. Klasik metodlar. Hibrit metodların özellikleri: avantajları ve dezavantajları. QM/MM, MD/QM, ONIOM ve ilgili metodlar. Biyokatalize uyarlamalar. Protonlanma dengesinin modellenmesi. Ribozim katalizinde çok ölçekli simulasyonlar.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyokataliz: tanım ve kavramlar | ||
| 2 | Biyokatalizde ihtiyaçlar ve sorunlar | ||
| 3 | Moleküler Modelleme ve Biyokataliz | ||
| 4 | Klasik Mekanik Metodları | ||
| 5 | Klasik Mekanik Metodları | ||
| 6 | Kuantum Mekaniksel Metodlar | ||
| 7 | Kuantum Mekaniksel Metodlar | ||
| 8 | Arasınav | ||
| 9 | Hibrit metodların özellikleri: avantajları ve dezavantajları | ||
| 10 | QM/MM | ||
| 11 | MD/QM | ||
| 12 | ONIOM ve ilgili metodlar | ||
| 13 | Biyokatalize uyarlamalar: Protonlanma dengesinin modellenmesi | ||
| 14 | Ribozim katalizinde çok ölçekli simulasyonlar | ||
| 15 | Dönem Projesi Sunumu | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
York, D. M., Lee, T.-S., Eds. 2009. “Multiscale Quantum Models for Biocatalysis-Modern Techniques and Applications”, Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics Volume 7, Series Ed. J. Leszczynski, Springer, Dordrecht.¬¬ Canuto, S., Ed. 2008. “Solvation Effects on Molecules and Biomolecules-Computational Methods and Applications”, Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics Volume 6, Series Ed. J. Leszczynski, Springer, Dordrecht.¬¬ Warshel, A., 1991. “Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions”, John Wiley & Sons, Inc. Fessner, W.-D., Anthonsen T., Eds. 2009. “Modern Biocatalysis”, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Uygulama/Pratik | 14 | 3 | 42 |
| Rapor Hazırlama | 1 | 10 | 10 |
| Proje Hazırlama | 1 | 30 | 30 |
| Proje Sunma | 1 | 2 | 2 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 2 | 28 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 30 | 30 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 208 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 4 | 3 | 4 | 4 | ||
| ÖÇ 2 | 5 | ||||||
| ÖÇ 3 | 4 | 4 | 5 | 4 | 4 | 4 | |
| ÖÇ 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | ||
| ÖÇ 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 4 |
| ÖÇ 6 | 5 | 4 | 5 | 4 | 4 | ||
| ÖÇ 7 | 4 | 3 | 4 | 5 | 4 | 4 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek