GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9102026302014 | Bitki Patojenlerinin Moleküler Tanısı | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bitki Patojenlerinin Moleküler olarak tanılanmasında kullanılan hızlı ve yeni yöntemler hakkında bilgi edinilmesinin sağlanması, değişik etmen gruplarının genom analizi yöntemlerinin öğretilmesi, genetik haritalama, recombinant DNA teknolojisi, Hibridizasyon yöntemleri, çeşitli veri bankalarından yararlanarak etmenlerin analizi ve bunların birbirleri ile karşılaştırılmasının öğretilmesi amaçlanmaktadır
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç. Dr. İsmail Can Paylan
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Gen, Genom yapısı, Genetik bilgiler gibi temel konuların öğrenilmesi, Bitki Patojenleri için kullanılan moleküler yöntemlerin ve bu yöntemlerin analiz edilebilmesinin öğrenilmesi, |
| 2 | Genom analizi yöntemlerinin öğrenilmesi, Bitki patojenlerinin Genom haritasının çıkarılmasının öğrenilmesi |
| 3 | Rekombinant DNA teknolojisinin öğrenilmesi |
| 4 | Veri bankalarının, DNA kütüphanelerinin kullanılmasının öğrenilmesi |
| 5 | Moleküler çalışmaları değerlendirme, yorumlama yetisinin kazanılması, Moleküler düzeyde sentez ve problem çözme yeteneğinin kazanılması |
| 6 | Bitki patojenlerinin moleküler tanısının yapılması ve sonuçların değerlendirilmesinin öğrenilmesi |
| 7 | Tanılama ve moleküler biyoloji konularında ilgili literatürün okunabilmesi ve anlaşılabilmesi |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Bitki patojenlerinin Gen ve genom yapısı, Genetik şifre, Rekombinant DNA teknolojisi, DNA-RNA izolasyonu, Genom dizileme, Genetik haritalama, Karşılatırmalı genom analizi yöntemleri, Gen klonlama teknikleri, Kullanılan vektörler, moleküler hibridizasyon yöntemleri, bu tekniklerin fitopatolojide ve bitki hastalıklarının tanısında kullanım olanakları, DNA kütüphaneleri, veri bankaları ve bu amaçlarla kullanılan bilgisayar programları ve internet siteleri dersin içeriğini oluşturmaktadır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Uygulama | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Gen ve Genom Yapısı | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 2 | Genetik bilginin İfadesi ve Düzenlenmesi (Genetik şifre) Transkripsiyon, Translasyon, Proteinler | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 3 | Genetik Kod Rekombinant DNA Teknolojisi | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 4 | Tanıma dizileri, Vektörler, Klonlama, Gen aktarımı | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 5 | DNA izolasyonu ve DNA kütüphaneleri | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 6 | Genom Dizileme- Genetik Haritalama – Gen haritaları karşılaştırmaları | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 7 | Karşılatırmalı genom analizi yöntemleri | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 8 | Gen klonlama teknikleri , Klonlama ile gen izolasyonu Belirli bir geni içeren klon elde etme Doğrudan seçim, Gen kütüphanesinden saptama, Klon saptama yöntemleri | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 9 | Arasınav | |||
| 10 | Klonlanan bir genin transkripsiyonunu inceleme DNA-RNA hibrit analizi | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 11 | Primer uzatma, Northern hibritleme, RT-PCR- cDNA uçlarının hızlı çoğaltımı, RNA dizileme | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 12 | Nükleik asit hibridizasyon yöntemlerinin temel prensipleri ve kullanım alanları, Southern ve Northern blot yöntemleri ve hastalık etmenlerinin tanısında kullanım olanakları DNA saflaştırma, Total Hücre DNA hazırlaması, Genomik DNA hazırlanması, Plazmit DNA hazırlanması, Bakteriyofaj DNA hazırlama | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 13 | PCR ürünlerini klonlama PCR ürünlerini dizileme Sanger-Coulson metodu: zincir sonlandıran nükleotitler Otomatik DNA dizileme | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 14 | Fitopatolojide Hibridizasyonun uygulama alanları ve örnekler | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 15 | Moleküler tanılamada yeni ve gelecek teknikler | Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
• Genetik Kavramlar – William S. Klug, Michael R. Cummings • Principles of Diagnostic Techniques in Plant Pathology- R.T.V. Fox • Gene Cloning and DNA Analysis – T. A. Brown, 2009 • Principles of Diagnostic Techniques in Plant Pathology R.T.V. Fox , 1993 • Bitki Biyoteknolojisi Sebahattin Özcan-Ekrem Gürel-Mehmet Babaoğlu, 2001 • Moleküler Biyoloji, Semih ERKAN, 1992 • The Nucleic Acid Protocols, Ralph Rapley , 2000 • Moleküler Biyoloji, Ahmet Yıldırım-Fevzi Bardakçı Mehtmet Karataş-Bahattin Tanyolaç ,2010 • Handbook of Molecular Technologies in Crop Disease Management, P.Vidhyasekaran , 2006 • Biyoteknolojide hızlı yöntemler ve Çalışma Prensipleri – Prof. Dr. İsmail KARABOZ-2002 • Plant Pathology , George N. Agrios, 2004, • Testing Methods For Seed-Transmitted Viruses : Principles and Protocols, S.E.Albrechtsen 2005 • Gen Bankaları • DNA KÜTÜPHANELERİ • Bilgisayar programları
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Uygulama/Pratik | 14 | 4 | 56 |
| Laboratuvar | 14 | 2 | 28 |
| Bireysel Çalışma | 9 | 4 | 36 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 40 | 40 |
| Okuma | 14 | 1 | 14 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 240 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 4 | 5 | 3 | 3 | 4 | 5 | 3 |
| ÖÇ 2 | 3 | 5 | 3 | 5 | 5 | 5 | 3 |
| ÖÇ 3 | 4 | 5 | 3 | 3 | 4 | 5 | 4 |
| ÖÇ 4 | 4 | 5 | 5 | 3 | 3 | 3 | 3 |
| ÖÇ 5 | 3 | 5 | 5 | 3 | 3 | 4 | 4 |
| ÖÇ 6 | 4 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 |
| ÖÇ 7 | 4 | 4 | 4 | 3 | 4 | 3 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek