GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9105016272018 | Biyoteknolojide Moleküler Modelleme Yöntemleri | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 8,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Biyoteknoloji alanında, ilaç tasarımlarında gerekli olan muhtelif moleküler modelleme yazılımlarının kullanımının ana hatlarını ve detaylarını öğrenmek, bu yazılımların giriş/çıkış formatları arasındaki bağlantıları anlamak, bunlar arasında gerekli format dönüşümlerini yapabilmek, bu yazılımlarla, moleküllerin yapılarının ve birbirleriyle etkileşimlerini öğrenmek.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç. Dr. Ozan ÜNSALAN
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Moleküler modelleme yazılımlarını kullanabilme |
| 2 | İlgili yazılımlarda giriş dosyalarını uygun formatta hazırlayabilme |
| 3 | Yapılacak modellemelerin sonuçlarını yorumlayabilme |
| 4 | Protein-ligand etkileşimlerini modelleyebilme |
| 5 | Bilgisayar destekli ilaç tasarımı temellerini kavrayabilme |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Moleküler modelleme yazılımlarından; Gaussian, Hyperchem, ArgusLab ve Avogadro gibi yazılımların kullanımlarını ve ayrıntılarını içermektedir. Öte yandan, biyoteknoloji alanında geliştirilmesi olası ilaç moleküllerinin diğer moleküllerle etkileşimlerinin incelenmesini de kapsamaktadır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Gaussian yazılımına Giriş | ||
| 2 | Gaussian yazılımı-Avogadro yazılımı | ||
| 3 | ArgusLab yazılımı | ||
| 4 | Hyperchem yazılımı | ||
| 5 | Moleküler modelleme yazılımları arasında format dönüştürme | ||
| 6 | Alıştırmalar 1 | ||
| 7 | Gaussian-Hyperchem-ArgusLab-Avogadro karşılaştırması (Alıştırmalar 2) | ||
| 8 | Arasınav | ||
| 9 | Yazılımlar kullanılarak moleküler modellemeler ve hesaplamalar | ||
| 10 | Moleküler titreşim modlarına ait toplam enerji dağılımlarını veren yazılımların incelenmesi | ||
| 11 | Yazılımlar ile hesaplanan moleküler yapı ve spektrumların analizi | ||
| 12 | Sonuçların incelendiği yazılımlar 1 | ||
| 13 | Sonuçların incelendiği yazılımlar 2 | ||
| 14 | İleri alıştırmalar 1 (Gaussian-Hyperchem-ArgusLab-LEV-Avogadro) | ||
| 15 | İleri alıştırmalar 2 (Gaussian-Hyperchem-ArgusLab-Avogadro) | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Moleküler modelleme yazılımlarından; Gaussian, Hyperchem, ArgusLab ve Avogadro gibi yazılımların kullanımlarını ve ayrıntılarını içermektedir. Öte yandan, biyoteknoloji alanında geliştirilmesi olası ilaç moleküllerinin diğer moleküllerle etkileşimlerinin incelenmesini de kapsamaktadır.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Etkinlikler ayrıntılı olarak "Değerlendirme" ve "İş Yükü Hesaplaması" bölümlerinde verilmiştir.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 40 |
| Rapor Sunma | 1 | 60 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 3 | 3 |
| Final Sınavı | 1 | 3 | 3 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Proje Hazırlama | 8 | 6 | 48 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 3 | 42 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 8 | 2 | 16 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 8 | 2 | 16 |
| Okuma | 14 | 5 | 70 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 240 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 |
| ÖÇ 2 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 |
| ÖÇ 3 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 |
| ÖÇ 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 |
| ÖÇ 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek