GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| 9105016092024 | Moleküler Virolojinin Esasları | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 10,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Virüsler hemen hemen her yerde bulunurlar ve hem sayı hem de toplam kütle olarak çevremizdeki biyolojik varlıkların büyük bir bölümünü oluştururlar. Tüm canlılar her gün hava, su ve gıdalarda bulunan milyarlarca virüs parçacığı ile temas etmektedir. Bunun bir sonucu olarak prokaryotik canlıları ve ökaryotik hücre tiplerini enfekte ederler ve hepsi zorunlu parazittirler. Bu ders kapsamında virüs yapısının oluşumunda etkili olan protein-protein, protein-nükleik asit ve protein –lipid etkileşimler ve ayrıca transkripsiyonel ,translasyonel ve post translasyonel mekanizmalar moleküler düzeyde anlatılacaktır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. İhsan YAŞA
Öğrenme Çıktıları
| 1 | 1. Virüslerin konakçılarından faydalanmak için kullandıkları moleküler mekanizmaları ve bunların virüs patogenezindeki güncel paradigmalarla ilişkisini karşılaştırabilecek; |
| 2 | Virüs araştırmalarındaki güncel soruları yanıtlamak için deneysel tasarım yapabilecek ve ilgili verileri analiz edebilecek |
| 3 | Virüs genom verilerini analiz etmek için uygun biyoinformatik araçları kullanabilecek |
| 4 | İlgili konularda literatür ve veri tabanlarını araştırmak ve verileri sunabilecek |
| 5 | Viral yapı taşlarının tanı ve tedavideki potansiyelleri |
| 6 | Virus konak etkileşimlerinin modellenmesi |
| 7 | Virüs araştırmalarına ilişkin güncel yayınların veri ve bulgularını eleştirel bir şekilde değerlendirebilecektir |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Bu derste,moleküler virolojideki son gelişmeler ışığında; virüs enfeksiyon döngüsü ve tek basamaklı büyüme eğrisi, virus genomlarının yapısı ve analizi, virüs yapı bileşenlerinin paketlenmesi ve üç boyutlu yapısal özellikleri, RNA sentez stratejileri, DNA virüslerinde genetik çeşitliliğin kökenleri, gen ifadesini inhibe eden küçük RNA'ların üretimi ve işlevi, viral translasyon stratejilerinin çeşitliliği, viral enfeksiyon sırasında translasyonun düzenlenmesi, paketleme, hücreden çıkış ve olgunlaşma sürecinin çeşitliliği konu edilecektir.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Virüslerin tanımlayıcı özellikleri, neden virüsleri inceliyoruz? | ||
| 2 | Enfeksiyon döngüsü, virüslerin üretilmesi, virüs miktar analizleri, tek basamaklı büyüme döngüsü. | ||
| 3 | Viral genomların yapısı ve karmaşıklığı: viral genomların kökeni. | ||
| 4 | Virüs yapısı: koruyucu kabuk oluşum, genomunun paketlenmesi ve zarflı virüsler. | ||
| 5 | Virüslerin hücrelere bağlanması, kabuk çıkarılma mekanizmaları ve viral genomların nükleusa aktarılması. | ||
| 6 | RNA kalıplarından RNA sentezi: Viral RNA sentezinin yapıldığı hücre kısımları, RNA virüslerinin genom çeşitliliğin kökenleri | ||
| 7 | Reverse Transkripsiyon ve Entegrasyon | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | Transkripsiyon: viral DNA kalıplarından transkripsiyon için stratejiler | ||
| 10 | Genom çoğaltma stratejileri: DNA virüslerinde genetik çeşitliliğin kökenleri. | ||
| 11 | Viral Pre-mRNA'nın işlenmesi | ||
| 12 | Viral translasyon stratejilerinin çeşitliliği | ||
| 13 | Virüs bileşenlerinin bir araya gelme sürecindeki gereksinimler | ||
| 14 | Viral genom ve diğer virion bileşenlerinin seçici paketlenmesi | ||
| 15 | Viral patojenite: konak savunmalarının aşılması | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1.Flint, S.J., Racanıello, V. R., Enquıst, L. W. And Skalka, A. M. 2009. “Principles Of Virology “,3rd Ed. 2009 ASM Press . ISBN 978-1-55581-443-4. 2.Zuckerman,A.J. Banatvala,J.E.,Barry D. Schoub,B.D., Griffiths,P. D., Philip Mortimer, P.”Principles and Practice of Clinical Virology” ,sixth ed. 2009 John Wiley & Sons Ltd. ISBN: 978-0-470-51799-4. 3.Cann,A. J.” Principles Of Molecular Virology”, Fifth ed., 2012, Elsevier Ltd .ISBN 978-0-12-384939-7. 4.Dimmock,N.C., Easton, A.J., Leppart, K.N.2007 , “Introduction to Modern Virology” 6th Edition, Blackwell Publishing Ltd,MA.USA. 5.Harper ,D. R., Abedon , S.T., Burrowes ,B.H.,Mc Conville M.L.2021.”,Bacteriophages: Biology, Technology, Therapy.”, ISBN 978-3-319-41987-9 (print and electronic bundle) https://doi.org/10.1007/978-3-319-41986-2. 6. Forterre, P., Prangishvili, D., 2009. “The great billion-year war between ribosome- and capsidencoding organisms (cells and viruses) as the major source of evolutionary novelties”. Ann.N. Y. Acad. Sci. 1178, 65e77. doi: 10.1111/j.1749-6632.2009.04993.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 75 |
| Rapor Hazırlama | 1 | 10 |
| Rapor Sunma | 1 | 15 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Derse Katılım | 12 | 3 | 36 |
| Rapor Hazırlama | 5 | 7 | 35 |
| Proje Hazırlama | 5 | 5 | 25 |
| Proje Sunma | 5 | 7 | 35 |
| Makale Kritik Etme | 6 | 8 | 48 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 4 | 56 |
| Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma | 5 | 5 | 25 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 3 | 10 | 30 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 12 | 12 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 302 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | |
| ÖÇ 1 | 3 | 5 | 2 | 3 | |||
| ÖÇ 2 | 5 | 3 | 3 | ||||
| ÖÇ 3 | 3 | 5 | 5 | 2 | |||
| ÖÇ 4 | 4 | 4 | |||||
| ÖÇ 5 | 4 | 2 | 4 | ||||
| ÖÇ 6 | 2 | 4 | 5 | 3 | |||
| ÖÇ 7 | 3 | 4 | 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek